| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009273 | = 3649852 | 153 (2.190) | coding (249/333 nt) | hdeA | stress response protein acid‑resistance protein | |||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGTT > CP009273/3649704‑3649998 | ttttAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACg > 1:1104445/1‑149 (MQ=255) ttAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGAt > 1:953545/1‑149 (MQ=255) aagaagATATTAAGAACTGGTCAAGGTACACGGAAGGAAGTAGTGAAGCAATCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTACCATTCATCTTTAACTTTATCTTTAAAATTGGCTTGTGTATCCTGATTTCCAGCTTGAACGATatg > 2:938497/1‑147 (MQ=255) agaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCt < 1:415157/149‑1 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTCCATGTCTTTCTTAACTTTGTCCCATTCGCCTTTACCTTTATCTTTACAGTTGGCTTGTTTAGCCTGAGTACAAGCCTGAACGCAAGCTg > 1:437531/1‑149 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTCCATATTGCCCCATACTACTTTTTCTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGcgg > 2:444098/1‑147 (MQ=255) aagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTgg > 2:170137/1‑149 (MQ=255) gaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTgggg < 1:988770/149‑1 (MQ=255) gaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAACTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGCTAGCTgggg > 2:786988/1‑149 (MQ=255) gaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCGTAATTGTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTgggg > 2:1060221/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACgg > 1:441458/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGt < 1:1155903/149‑1 (MQ=255) ggCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGtt < 2:1046078/149‑1 (MQ=255) gCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTg < 1:496354/149‑1 (MQ=255) cTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCa < 1:972331/149‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCaa < 1:1136012/149‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCaa < 2:343290/149‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCaa < 2:338865/149‑1 (MQ=255) 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cTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaccttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgcc < 1:1036911‑M2/149‑131 (MQ=255) tACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAg > 2:727345/1‑149 (MQ=255) tACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAg > 2:679387/1‑149 (MQ=255) cAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGt > 1:995134/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTGGTCGACAGCCAGGAAATCTTCACAGGtg > 1:321340/1‑148 (MQ=255) aaGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTc < 1:765439/149‑1 (MQ=255) gCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGGTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTACa > 1:623229/1‑149 (MQ=255) gAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAg > 1:183716/1‑149 (MQ=255) gAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAg > 2:340668/1‑149 (MQ=255) aaCGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGt > 2:72706/1‑149 (MQ=255) aCGGTAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGtt < 2:920747/149‑1 (MQ=255) aCGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAACACCGGCTCTTCTTGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGtt < 1:1209224/149‑1 (MQ=255) | TTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGTT > CP009273/3649704‑3649998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |