New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1102930 | 124 (1.250) | 8 (0.080) | 4/456 | 8.9 | 6.1% | coding (267/651 nt) | csgD | csgBAC operon transcriptional regulator |
? | NC_000913 | = 1103037 | 129 (1.350) | coding (160/651 nt) | csgD | csgBAC operon transcriptional regulator | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TAGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGT‑CGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACC > NC_000913/1102680‑1103169 | taGGCGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGGTCTCTTTTTCCCGGTGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGc < 2:940265/251‑1 (MQ=255) taGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGc < 1:951745/251‑1 (MQ=255) aGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGTTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGAAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGACTAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTAAATGTTGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCg > 1:667330/1‑251 (MQ=255) gcgcCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGGTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCCGGACGCCTTGCAACCAATTGACAACACGTTCTTGATCCCCCATGGAATAAACAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTAtt > 2:82144/1‑251 (MQ=255) gcgcCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACATGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTAtt > 1:401022/1‑251 (MQ=255) cgcCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTAttt > 1:45210/1‑251 (MQ=255) gCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATAtt < 1:82100/251‑1 (MQ=255) tctTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGTAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGTCGGACGCCTTGCAACCTATCGATAACACGTTCTTGATCATCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGTGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGTAACAACTTTTTGATTTTgttgtt > 2:240793/1‑251 (MQ=255) cGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAACCAGTTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCATCCATGGAATAAAAAAAGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGGCGCGGTAAGGGTAATCTCTAGGTGTCTGTAGCAACAATATTTTGATATTTTTGTTTTTCCTGCt > 2:28687/1‑251 (MQ=255) gATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCg > 1:569880/1‑210 (MQ=255) aggGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTg < 1:240732/251‑1 (MQ=255) ggCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGcc > 1:189149/1‑251 (MQ=255) aTTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGat < 1:576981/214‑1 (MQ=255) tGTTATAACGATAGTTACCTCAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTTACGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACTACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAACACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGc < 1:525064/251‑1 (MQ=255) ttATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCtt > 1:1018904/1‑251 (MQ=255) ataACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGTCGACTTGCAACCCATGGACAACACGTTCTTGATCCCCCATGGAATAAAAAACGCCGTGGATATGAGGCCAGCTTTCAATGTCGCGGTACGGGCAAGCTTCAGGCGTAGTTAGGAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCTTGCTCAAAGTATCTTGCCAGTAATGGATAAGCttgt > 2:525171/1‑249 (MQ=255) taACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTAttt < 2:780588/183‑1 (MQ=255) taACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCttttt < 1:241094/251‑1 (MQ=255) taACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTGTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCttttt < 1:464950/251‑1 (MQ=255) gATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGACTTGCAACCCATTGTCAACACGTTCTTGATCCTCCAAGGAATAAAAAACGCCGTCGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTCAAGGCGTCTTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCACAGTATCCTGCCATCAATGGATTAGCTGTTTAccc > 1:1038046/1‑251 (MQ=255) aTAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATCTGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACACTATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAACGTATCCTGCCACTAATGGATAAGCTTTTTATCCg > 1:187221/1‑251 (MQ=255) ttACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTc > 1:798666/1‑251 (MQ=255) aCCTGAATGCGTAATCAGGTACCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCca < 2:798816/251‑1 (MQ=255) tGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTTCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGc < 2:74403/232‑1 (MQ=255) tGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGAAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATc > 1:401826/1‑251 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |