| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4235570 = | 96 (1.390) | 3 (0.050) | 3/236 | NT | 3.1% | intergenic (+163/‑336) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| ? | NC_000913 | 4235593 = | 99 (1.540) | intergenic (+186/‑313) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTT > NC_000913/4235423‑4235714 | caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggtgatttatctgataaaaaa > 6:276955‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 6:7894‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 6:180955‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 1:36274‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 1:54327‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 6:299340‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 8:330268‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 4:84526‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 6:46053‑M1/148‑148 (MQ=255)caataaaaatcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcctatattccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgaattccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaa > 5:20249‑M1/148‑148 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACa < 8:336/147‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGcc > 7:246770/1‑147 (MQ=255) atcataaacttaaaataaaaacaaaagcaattaatctgcgtattttccgaaataaacaacgattaaaaatctattttaggattaacctcacggtatgatttccgttaaattacagacaaggggatttatctgataaaaaAATGCCGAc > 2:314483‑M1/140‑148 (MQ=255) ccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAt > 1:145594/1‑148 (MQ=255) ccGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAttttttt > 3:51337/1‑148 (MQ=255) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑t < 5:268238/148‑1 (MQ=255) gCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑Tc < 3:166996/148‑1 (MQ=255) aCCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGa < 4:259074/148‑1 (MQ=255) ccGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGa > 2:225007/1‑147 (MQ=255) gATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATaa < 4:51337/148‑1 (MQ=255) gcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTa < 1:225007/147‑1 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATcc < 7:60141/130‑1 (MQ=255) tCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACg > 7:271267/1‑147 (MQ=255) cAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCa > 6:145032/1‑148 (MQ=255) aGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCAt < 5:145032/148‑1 (MQ=255) ggCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATa < 2:145594/148‑1 (MQ=255) ggCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATa > 1:85391/1‑148 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATc < 7:105685/114‑1 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTaa < 1:248770/132‑1 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGa < 6:302863/136‑1 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGa > 5:302863/1‑136 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAAt > 7:51974/1‑139 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAAt < 8:51974/139‑1 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGt > 5:286924/1‑147 (MQ=255) aCAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGt > 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4:33607/126‑1 (MQ=255) aGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa > 6:168190/1‑147 (MQ=255) aGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa > 4:55117/1‑147 (MQ=255) aGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTAGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATACCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGATAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa > 2:200122/1‑147 (MQ=255) gCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 3:273380/147‑1 (MQ=255) gCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 5:168190/147‑1 (MQ=255) 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tgattAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgt > 6:54716/1‑125 (MQ=255) gattAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAATTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAg < 8:194530/147‑1 (MQ=255) aaaTAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTa < 3:55117/147‑1 (MQ=255) aTAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAAtt > 8:198615/1‑148 (MQ=255) aTAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAAtt > 1:228628/1‑148 (MQ=255) atctgataaaaaAATGCCGACATAACGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGc < 4:109640‑M1/136‑1 (MQ=255) ttAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtttt > 3:248591/1‑148 (MQ=255) aataaCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTGACGGAAATCATACCGTGAGGGTACTACTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGt > 7:233363/1‑148 (MQ=255) aaCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt > 6:273225/1‑148 (MQ=255) aaCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt > 6:245958/1‑148 (MQ=255) aCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt > 7:8275/1‑147 (MQ=255) | AGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTA‑TCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTT > NC_000913/4235423‑4235714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |