| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 75,953 | IS2 (–) +5 bp | coding (1343‑1347/1656 nt) | sgrR ← | transcriptional DNA‑binding transcriptional activator of sgrS sRNA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 75953 = | 2 (0.060) | 48 (1.320) | 44/250 | 0.0 | 95.8% | coding (1347/1656 nt) | sgrR | transcriptional DNA‑binding transcriptional activator of sgrS sRNA |
| ? | NC_000913 | 381260 = | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 75957 | 2 (0.060) | 45 (1.250) | 39/248 | 0.1 | 95.6% | coding (1343/1656 nt) | sgrR | transcriptional DNA‑binding transcriptional activator of sgrS sRNA |
| ? | NC_000913 | = 382590 | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
TCTCGCCATTGCGCCAGCGAGCAGCGTCGGCTTGCCAGTCAATGGGAATGCAATGTTGTAGCAGTGGCACTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGCATGATCCCGGCAATCACCCGATGCTCACTGTGATCCTGATAAAAGGTTAGGGTGAGGCTTTCCAGGC > NC_000913/75811‑76101 | ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTc > 5:95575‑M1/143‑145 (MQ=255)ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTc > 5:153155‑M1/143‑145 (MQ=255)ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTc > 8:5115‑M1/143‑145 (MQ=255)tctcGCCATTGCGCCAGCGAGCAGCGTCGGCTTGCCAGTCAATGGGAATGCAATGTTGTAGCAGTGGCACTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtg > 7:94304‑M1/1‑147 (MQ=255) tgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTCGATCTCTCCt > 1:54211‑M1/137‑149 (MQ=255) tGCGCCAGCGAGCAGCGTCGGCTTGCCAGTCAATGGGAATGCAATGTTGTAGCAGTGGCACTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgccc > 4:133045‑M1/1‑138 (MQ=255) gcCAGCGAGCAGCGTCGGCTTGCCAGTCAATGGGAATGCAATGTTGTAGCAGTGGCACTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgccccta < 8:94304‑M1/149‑15 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTCGATCTCTCCTGTATGc > 1:132750‑M1/130‑148 (MQ=255) gcagcGTCGGCTTGCCAGTCAATGGGAATGCAATGTTGTAGCAGTGGCACTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttcca < 3:133045‑M1/149‑23 (MQ=255) 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cTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccct > 8:106479‑M1/1‑78 (MQ=255) cGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGTGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt < 5:91611‑M1/114‑40 (MQ=255) cGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGAGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 6:91611‑M1/1‑75 (MQ=255) aaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATctgc < 8:25887‑M1/79‑1 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATctgctg > 4:114663‑M1/69‑149 (MQ=255) tattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTTCGATCTCTACTGAATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTACAGCGTGCCCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGAAAGATc < 5:45178‑M1/88‑1 (MQ=255) tgCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 5:94004‑M1/112‑48 (MQ=255) tgCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt > 6:94004‑M1/1‑65 (MQ=255) ttaagactttcacttatttaagtgattttggttgtctggagtttcagtgggccagtctaTTCGTTCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGTTTTTGAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATctgc > 6:37974‑M1/60‑138 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtataTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGAACCTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATctgc < 5:37974‑M1/79‑1 (MQ=255) cGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttcc > 7:123848‑M1/1‑63 (MQ=255) cGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttcc < 8:123848‑M1/84‑22 (MQ=255) gAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgca < 5:31244‑M1/126‑65 (MQ=255) 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aGCCAGATATCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgtta > 6:141704‑M1/1‑19 (MQ=255) aGATATCACTTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGa > 4:90966/1‑74 (MQ=255) aGATATCACTTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGa < 3:90966/74‑1 (MQ=255) gccagtctaTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGCATGATCCCGGCAATCACCCGATGCTCACTGTGATCCTGATAAAAGGTTAGGGTGAGGc < 6:154236‑M1/140‑1 (MQ=255) atCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc > 2:107635‑M1/1‑11 (MQ=255) atCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc < 5:130709‑M1/136‑126 (MQ=255) atCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc > 6:130709‑M1/1‑11 (MQ=255) atCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc < 1:107635‑M1/136‑126 (MQ=255) tCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataac > 5:179107‑M1/1‑10 (MQ=255) tCACTTTCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataac < 6:179107‑M1/98‑89 (MQ=255) tctaTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGCATGATCCCGGCAATCACCCGATGCTCACTGTGATCCTGa < 7:59290‑M1/121‑1 (MQ=255) tctaTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGCATGATCCCGGCAATCACCCGATGCTCACTGTGATCCTGa > 8:59290‑M1/5‑125 (MQ=255) tttCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgca < 5:50605‑M1/144‑139 (MQ=255) tttCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgca > 6:50605‑M1/1‑6 (MQ=255) tttCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg > 2:186349‑M1/1‑6 (MQ=255) tttCGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg < 1:186349‑M1/89‑84 (MQ=255) ttCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGCATGATCCCGGCAATCACCCGATGCTCACTGTGATCCTGATAAAAGGTTAGGGTGAGGCTTTCCAGGc > 5:96083/1‑149 (MQ=255) | TCTCGCCATTGCGCCAGCGAGCAGCGTCGGCTTGCCAGTCAATGGGAATGCAATGTTGTAGCAGTGGCACTTCGCATAAATGTGCGAAAACAGAGAAGTCCAGCGGCAGGGTAAAGTTGGCGCTGTTTAGCCAGATATCACTTTCGATCTCTCCTGTATGCCACTGATCGTAGTCGATCTCTTTGATTTTCAGCGTGACCTGGTGACTTGCCAGAATCTGCTGCATGATCCCGGCAATCACCCGATGCTCACTGTGATCCTGATAAAAGGTTAGGGTGAGGCTTTCCAGGC > NC_000913/75811‑76101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |