| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1201875 | 94 (1.040) | 3 (0.030) | 3/250 | NT | 3.3% | coding (210/309 nt) | ymfJ | e14 prophage; uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | = 1201898 | 85 (0.980) | coding (187/309 nt) | ymfJ | e14 prophage; uncharacterized protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAG > NC_000913/1201751‑1202045 | cgcAGGCTTACCTCCGTCTGCGGCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTACATTACGATCTTACGCCTACGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTCACCATTGTGTCGTGATAACCACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGg > 4:274068‑M2/1‑148 (MQ=255) cATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggt > 3:205553‑M2/1‑146 (MQ=255) cATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggt > 1:29620‑M2/1‑146 (MQ=255) cATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggt > 5:224504‑M2/1‑146 (MQ=255) tGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggtga > 2:138479‑M2/1‑144 (MQ=255) gCTTACTTCCTTCTGCTTCCTTAGATGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTAGATTATTAAAGCCTTAAACATTGTGTCGTGATAAAAAAGGCTCAACTACTCTCAATAGCAATGCAGAGGtgtgag < 5:225914‑M2/149‑7 (MQ=255) cTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAgt < 7:73798/149‑1 (MQ=255) ttACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCAAACAAGGTCGATTCTTAAAGCCTTAACAATTGTGACGTGATAAACACGCATCACATTCAATCAATTCAATGGCAGAGGGGTGAgtg > 8:20706/1‑149 (MQ=255) cTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAgtgtgt < 1:4400/149‑1 (MQ=255) cTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAgtgtgt < 5:316248/149‑1 (MQ=255) tCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGTCAGAGGGGTGAgtgtgt > 3:225775/1‑147 (MQ=255) ccGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAATCACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTa < 4:55029/148‑1 (MQ=255) ccGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTa < 2:169784/148‑1 (MQ=255) tGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCAt > 4:314302/1‑148 (MQ=255) cTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaa < 7:285546/149‑1 (MQ=255) ttCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaaa > 3:21249/1‑149 (MQ=255) ttCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaaa > 3:154238/1‑149 (MQ=255) ttCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaaa > 3:32147/1‑149 (MQ=255) 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ttAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCa > 6:13/1‑149 (MQ=255) acttGGTAACGATTTCGTGCATTCCGAGCTTACGCCTACGCCCCTCAAGCTCGATTCTTTACGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGGGAGTGTGTTAGCCATGAACTTCAt < 1:289308/146‑1 (MQ=255) aGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCa < 4:225775/147‑1 (MQ=255) aGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTATTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGTCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCAt < 3:78886/148‑1 (MQ=255) ttGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAACCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGaa < 3:384560/149‑1 (MQ=255) 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1:231812/148‑1 (MQ=255) gTTCATTTCGATCTTACGCCTAACCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAg < 7:20706/149‑1 (MQ=255) gTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCa < 5:49050/148‑1 (MQ=255) gTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAg > 3:338781/1‑149 (MQ=255) gTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAg < 2:134840/149‑1 (MQ=255) ttACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAgtg < 2:224899/108‑1 (MQ=255) 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aTCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATg > 3:138536/1‑149 (MQ=255) aaGCTCGATTCTTATAGCCTTAAACATTGTGTCGTGATAAACACGTCTTACCTTCTCTCCATTGCTTGGCTGAGGGGTGAGTGTGTTAGACATGAAATTGATGTACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCTCTAGTCTTTAATGCCt < 6:225914/149‑1 (MQ=255) gCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGt > 1:286887/1‑149 (MQ=255) cGATTCTTAAAGCCTTAACCTTTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGtttt < 2:111303/149‑1 (MQ=255) gATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAAGTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTg > 4:39361/1‑149 (MQ=255) 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ggCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaagga > 4:7718‑M2/1‑31 (MQ=255) ggCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaagga < 3:7718‑M2/134‑104 (MQ=255) aCCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctg > 3:79363/1‑149 (MQ=255) ccTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAg < 6:273090/126‑1 (MQ=255) ccTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAg > 5:273090/1‑126 (MQ=255) cTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct < 3:205944/149‑1 (MQ=255) cTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct > 3:142142/1‑149 (MQ=255) ttCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgctg > 3:252147/1‑149 (MQ=255) tcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgc > 6:401625/1‑142 (MQ=255) tcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgc < 5:401625/142‑1 (MQ=255) cATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGt > 6:109120/1‑149 (MQ=255) aTTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGtt < 2:101667/149‑1 (MQ=255) ttGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGttt < 5:390264/149‑1 (MQ=255) gCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAg > 1:108159/1‑149 (MQ=255) cATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGc < 7:110374/149‑1 (MQ=255) gagGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTcc < 3:314302/149‑1 (MQ=255) agGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCa < 6:357689/149‑1 (MQ=255) gggTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAg > 2:330051/1‑148 (MQ=255) | CGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAG > NC_000913/1201751‑1202045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |