| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | NC_000913 | 1,411,925 | Δ23,060 bp | [ttcA]–[ttcC] | 33 genes [ttcA], intR, ydaQ, ydaC, ralR, recT, recE, racC, ydaE, kilR, sieB, ydaF, ydaG, racR, ydaS, ydaT, ydaU, ydaV, ydaW, rzpR, rzoR, trkG, ynaK, ydaY, tmpR, lomR, insH1, lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, [ttcC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | * | ÷ | NC_000913 | 1411925 | 1434984 | 23060 | 110 [2] | [0] 109 | [ttcA]–[ttcC] | [ttcA],intR,ydaQ,ydaC,ralR,recT,recE,racC,ydaE,kilR,sieB,ydaF,ydaG,racR,ydaS,ydaT,ydaU,ydaV,ydaW,rzpR,rzoR,trkG,ynaK,ydaY,tmpR,lomR,insH1,lomR,stfR,tfaR,pinR,ynaE,[ttcC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1411924 | 2 (0.020) | 92 (1.380) | 67/232 | 0.0 | 99.1% | coding (25/936 nt) | ttcA | tRNA s(2)C32 thioltransferase, iron sulfur cluster protein |
| ? | NC_000913 | 1434985 = | 0 (0.000) | pseudogene (24/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related | |||||
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AAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAA > NC_000913/1434843‑1435127 | gcatggtatagctttctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 1:432109‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccatgttacgccgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 2:52834‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 1:647096‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 1:452779‑M2/1‑1 (MQ=255)gcatggtatagctgtctttaccccccgagaggcaaaccatgttgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 1:389642‑M2/1‑1 (MQ=255) atggtatagctggctctacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaaggcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACt < 2:872819‑M2/3‑1 (MQ=255) tggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgaagcagacgtttttctaatttgttcatgttgtattgttctttcttACTa > 2:553911‑M2/140‑143 (MQ=255) atagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcgtcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAAttt < 2:277690‑M2/8‑1 (MQ=255) agctgtctttacccccggagacgcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCt < 1:491871‑M2/10‑1 (MQ=255) 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tacccccggagaggcaaaccaggatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGc < 1:985840‑M2/19‑1 (MQ=255) ccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGAc > 2:595333‑M2/122‑143 (MQ=255) ccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGAc > 1:948725‑M2/122‑143 (MQ=255) cgtagtggccaaccatgatgcgttcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttctcccacgttacgacgctgacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACAtt < 2:54166‑M2/25‑1 (MQ=255) cggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctatctcACTAATTTCTTGCTTTTGCGACCtt > 2:1074647‑M2/119‑143 (MQ=255) 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gcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGc > 1:383634‑M2/112‑143 (MQ=255) gcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGc > 1:757995‑M2/112‑143 (MQ=255) gcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGc < 2:971166‑M2/32‑1 (MQ=255) gcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGc > 1:431185‑M2/112‑143 (MQ=255) aaacaatgatgcgatccccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcccccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGa < 1:897937‑M2/34‑1 (MQ=255) 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cgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGtt < 1:439003‑M2/45‑1 (MQ=255) gttcccctgcttcaatcatcttgaagtcagcactggcttcgcccacgtcacgacgcagacgtttttgttatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTta < 2:1151025‑M2/46‑1 (MQ=255) gtgcgccttcttcaaacatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTta < 2:563811‑M2/46‑1 (MQ=255) cgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttggattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTatat < 1:443750‑M2/49‑1 (MQ=255) ccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtactttgtccaggttgtcttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATgg > 2:1339456‑M2/93‑143 (MQ=255) ccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGttatatag < 2:967741‑M2/51‑3 (MQ=255) ttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtcttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCa > 2:208252‑M2/91‑143 (MQ=255) tcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttcttccttACTCATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGAGACTCAATTCGTTATATGGCAt > 1:986976‑M2/90‑143 (MQ=255) tcgtcaatcatattgaagtcagcaatagcttcgcccacgttatgacgcagacgtctttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCAt < 1:665738‑M2/54‑1 (MQ=255) tcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCag > 1:1059261‑M2/87‑143 (MQ=255) tcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCCACATCTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCag > 1:1190379‑M2/87‑143 (MQ=255) aatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgttcttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTATTGATTTTGCGAGATTTAAAAGCGCCTCAATTCCTTACATGGCATaagag > 2:560063‑M2/85‑142 (MQ=255) aatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcacacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATATTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGTCATCacaa > 2:592511‑M2/85‑143 (MQ=255) atcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCagaag > 1:1165178‑M2/84‑143 (MQ=255) tattgaattcagtaatggcttcgcccaggttacgtcgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTa < 2:1096315‑M2/64‑1 (MQ=255) 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gttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGt > 1:795177‑M2/19‑143 (MQ=255) gttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTAGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGCAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAACACTCTGGCGTGTATGGt > 2:958211‑M2/19‑143 (MQ=255) tgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTAc > 1:568932‑M2/17‑143 (MQ=255) gtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACg > 2:628535‑M2/16‑143 (MQ=255) attgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGa < 1:194668‑M2/130‑1 (MQ=255) attgttcttccttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGa < 1:863922‑M2/130‑1 (MQ=255) ttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGgag > 1:1238132‑M2/13‑142 (MQ=255) ttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGAt > 1:255840‑M2/13‑143 (MQ=255) ttgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGCATGGTACGGAt < 1:1305795‑M2/131‑1 (MQ=255) gttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGTCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTa < 1:377574‑M2/133‑1 (MQ=255) ctttcctCCTAATTTCTTGATTTTGCGAAATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATAGGGCATCAGACGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTagag < 2:513546‑M2/136‑1 (MQ=255) tttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAgg < 2:431185‑M2/137‑1 (MQ=255) tttcttACTAATTTCATGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAgg < 1:113855‑M2/137‑1 (MQ=255) tcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGCgggg > 1:95233‑M2/5‑143 (MQ=255) aCTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGaaaa < 2:684691/143‑1 (MQ=255) | AAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAA > NC_000913/1434843‑1435127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |