| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 668251 | 57 (0.890) | 5 (0.080) | 5/266 | 8.4 | 8.5% | coding (465/468 nt) | rlmH | 23S rRNA m(3)Psi1915 pseudouridine methyltransferase, SAM‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 668256 | 54 (0.900) | coding (460/468 nt) | rlmH | 23S rRNA m(3)Psi1915 pseudouridine methyltransferase, SAM‑dependent | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACC > NC_000913/668116‑668396 | cACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGt < 1:507898/143‑1 (MQ=255)cACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGt > 1:476951/1‑143 (MQ=255) cGCCGGTCAGCAGCAAAACCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGa < 2:956593/143‑1 (MQ=255) cagcagCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGAt < 2:476951/143‑1 (MQ=255) gcagcaAAAGCCCCAGAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCGGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGAtgg < 2:7103/143‑1 (MQ=255) agcaAAATCCCCAAAATGGCGCCCCGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGTCTCTCCCGTATAGTCGCGACAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGAtggtt < 2:529548/143‑1 (MQ=255) caAAATCCCCACAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGAtggttgg < 1:313229/143‑1 (MQ=255) tCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGgtggtg > 1:473367/1‑143 (MQ=255) cgccAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGa < 1:32997/141‑1 (MQ=255) ccAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGGTGGTGGTGATg > 2:773879/1‑143 (MQ=255) ccAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGATTCATCCGCAGCGTATACTACTCAAAGCTCCCTTATCACTAACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGAGATg > 1:281050/1‑143 (MQ=255) aaaGGCGAGCATCGGCCTGCGCACTAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTATCCTCCGCTTCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTcc < 2:1062751/143‑1 (MQ=255) aaaGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATAATTCACGGTGAGAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTcc > 1:209827/1‑143 (MQ=255) aaGGCGTCCAGCGCCCGGCCGACAGACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCAGTTGAGTCATCCGCTGCGTTCCATCCTTAATGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCa < 2:137495/143‑1 (MQ=255) gACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGCGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTTGTGCTGCTCCCCGccc > 1:33217/1‑143 (MQ=255) gACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGCGGTGCTGCTCCACGccc > 2:719126/1‑143 (MQ=255) aGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTAGCGAAAAGAGTGCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGAGATAAGGATGGTTGGTGGGGATGCTCCACGCCCGGTa > 1:904206/1‑143 (MQ=255) gcgcACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTAGAGGCGGGAAAAGAGATCTGTAGTTTCATCGACGGCGGTTTCTACTAAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGCTAAGGAGGGGTGGTGGTGACACTACAAGTCAGGTACAGActcc > 2:1151166/1‑142 (MQ=255) gcACAAACAGCGCGGACTCTGCGGGATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGActctct < 1:572378/143‑1 (MQ=255) cacaAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGGCTCATCCGCTGCGTTGTCTACTCAAAGCTCCCTTATCTCTCACGGTGATAAGTATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTg < 1:21742/143‑1 (MQ=255) acaAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTGCTGTAGTTTCATCCGCTGCGGTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACACACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTGTCGGc > 2:648015/1‑143 (MQ=255) caAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAAGCTGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCg > 1:781797/1‑143 (MQ=255) cAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGTGTTCTGTAGTTTCATCCGATGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCa > 2:604230/1‑143 (MQ=255) cAGCGCGGACCCTTCCGTATAGTCGCGAAAGGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCATAGCTCCCTTATCTCTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCa < 2:478760/143‑1 (MQ=255) cgcgcGGACTCTGCCGTACAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCACAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGTATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAg < 1:64983/142‑1 (MQ=255) cgcgGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCa > 2:309880/1‑143 (MQ=255) gcgGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAAGTGGGTTAGTTTTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCAc < 1:1036525/143‑1 (MQ=255) cgGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCCcg > 1:472226/1‑143 (MQ=255) cgGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCAGCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCAcg < 1:765658/143‑1 (MQ=255) ggcctctGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCAcgc < 1:345061/140‑1 (MQ=255) ggACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCAcgc < 1:184444/143‑1 (MQ=255) aCTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAATTCCGCAGCGTCGGCGGCTGCGGTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTATGCGACCAGCACGCGa > 1:489504/1‑143 (MQ=255) gctGCCGTATAGTCGCGAGAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTGTCTACTCAACGCTCCCTTACCCCTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCGCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAAc < 1:82324/142‑1 (MQ=255) gCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAg < 1:974219/143‑1 (MQ=255) tataGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGa < 1:309880/143‑1 (MQ=255) cgcgAGAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTACCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCT‑CACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGa < 2:241408/143‑1 (MQ=255) gcgAAAGGGGTTCTGGGGGTTGAGCCGCTGCGTGTTCTGCTCAAAGCGCCCTTGGCACTCGCGGTCATACGGATCGTTGGTGGTGATGCTCCGCGGCCGGTACAGACTCGCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGa < 1:1119166/143‑1 (MQ=255) gcgAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGa > 1:425162/1‑143 (MQ=255) gcgAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATACTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGCTGGGGGa > 1:340245/1‑143 (MQ=255) gcgAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGCGGTGATGCTCCACGCCCGGTCGCGACTCACACCCACCAGCACGCGCACCAGCGCACGGGGGa > 2:810065/1‑143 (MQ=255) gccaaaaGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATACGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGa < 1:1022321/140‑1 (MQ=255) gAAAACAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAgg < 1:384465/143‑1 (MQ=255) ttCGTCCGCTGCGTGTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGa < 2:834284/143‑1 (MQ=255) gCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGGGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGctc > 1:732196/1‑143 (MQ=255) tGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTg < 1:983278/143‑1 (MQ=255) gCGGTTTCTACTCAACGCTCCCTTACCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGc < 2:209827/143‑1 (MQ=255) cGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATTCGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGACCCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCCCCCACAGGGCCCAGGTCTgat > 2:328767/1‑141 (MQ=255) ttCTACTCAAAGCTCCGTTGTCACCCACGGTGATAAGGAGGGTTGGGGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACGCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgc < 2:28776/143‑1 (MQ=255) tCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACCGCGACCAGCTCTGCTCAGCcgccgc > 1:309033/1‑143 (MQ=255) tCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGACGGGGGAGGGTCCGCGCCGACAGCCACCCGCTCCGCCCAgccgcccg > 2:905322/1‑141 (MQ=255) tCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGGGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCcgccgc < 2:453823/143‑1 (MQ=255) tcTCCCTTATCACTCCCGGTGATAAGGATGGTTGGTGCTGATGCTCCACGCCCGGTACCGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATCGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAc < 2:1033889/142‑1 (MQ=255) tCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGTCCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcag < 1:604230/143‑1 (MQ=255) ttATCACTCACGGTGATTCCTATACTTATTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcaggcag < 1:773879/143‑1 (MQ=255) ctATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcaggcag < 1:860378/142‑1 (MQ=255) tATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACATCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTCacggcagg > 2:737976/1‑143 (MQ=255) acGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACAAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAAcc > 1:468267/1‑143 (MQ=255) | CACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACC > NC_000913/668116‑668396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |