| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 78 [0] | [0] 79 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 74 (1.180) | 63/268 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
CGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTAT > NC_000913/1979140‑1979421 | tctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtata > 1:1158851‑M2/140‑143 (MQ=255) ctttattcttatctaagatttttcttaaagcgacgccactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgtttttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 2:667770‑M2/5‑1 (MQ=255) tttacacttatttaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 2:702534‑M2/6‑1 (MQ=255) tttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactgcacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattgcttaacataaatgTATAAg > 1:691027‑M2/138‑143 (MQ=255) ttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcacaacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaataTataaat > 2:657726‑M2/137‑141 (MQ=255) tctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacagacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACtttt < 2:873776‑M2/16‑1 (MQ=255) agatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttt > 1:460591‑M2/124‑143 (MQ=255) gatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt < 1:139832‑M2/21‑1 (MQ=255) atttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacgaaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacccaaaacactcaattacttaacatagatgTATAAGTCATActtttgtcttc > 1:140212‑M2/122‑142 (MQ=255) 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CGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTAT > NC_000913/1979140‑1979421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |