New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1604785 = | 34 (1.370) | 4 (0.170) | 4/256 | 2.6 | 10.6% | coding (739/993 nt) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein |
? | NC_000913 | 1604815 = | 35 (1.490) | coding (769/993 nt) | lsrD | autoinducer 2 import system permease protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGT > NC_000913/1604641‑1604921 | gTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGTGTCGTTTCTGATGCCCGc > 6:7161/1‑149 (MQ=255) cccgatctagcgcaccggaaagggcgctggacacctgatttggcactcctgccatttgcaaaccttgttgcaaatatcccactaataaaaccgcaatggcggtgccgataatggaaccggaaccaccataaatattggcCCCGCCa > 3:43093‑M1/140‑146 (MQ=255) gcgcGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCgtg > 2:4893/1‑149 (MQ=255) gcgcaccggaaagggcgctggacacctgatttggcactcctgccatttgcaaaccttgttgcaaatatcccactaataaaaccgcaatggcggtgccgataatggaaccggaaccaccataaatattggcCCCGCCa < 4:43093‑M1/7‑1 (MQ=255) accggaaagggcgctggacacctgatttggcactcctgccatttgcaaaccttgttgcaaatatcccactaataaaaccgcaatggcggtgccgataatggaaccggaaccaccataaatattggcCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCt < 2:107479‑M1/23‑1 (MQ=255) cGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCaa > 3:153145/1‑149 (MQ=255) aTGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGTGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTAt < 5:7161/148‑1 (MQ=255) ccATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTggttccggttc < 4:149519/148‑1 (MQ=255) cGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATc < 1:4893/149‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCAcc > 5:134280/1‑149 (MQ=255) tCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATAGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCAt > 5:110753/1‑149 (MQ=255) tGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCAcc > 3:158942/1‑142 (MQ=255) tGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCAcc < 4:158942/142‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATAGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGtt < 6:110753/149‑1 (MQ=255) tgctgGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTggttc > 3:79047/1‑106 (MQ=255) tgctgGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTggttc < 4:79047/106‑1 (MQ=255) ctgGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTttatta > 2:61781/1‑141 (MQ=255) ctgGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTttatta < 1:61781/141‑1 (MQ=255) cgcaatggcggtgccgataatggaaccggaaccaccataaatattggcCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCggg < 2:3604‑M1/30‑1 (MQ=255) cgcaatggcggtgccgataatggaaccggaaccaccataaatattggcCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCggg > 1:3604‑M1/49‑78 (MQ=255) gtgttttGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCAGTTTTATTAGTGGGATATTTGcaa > 1:5684/4‑148 (MQ=255) tttGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAgg > 4:60453/1‑149 (MQ=255) ggTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGata < 1:10381/134‑1 (MQ=255) ggTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGata > 2:10381/1‑134 (MQ=255) gTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGATTCTGATGACCGCAAT‑CACAGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTAATGGAGGTTCCGCTTACATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTGTATAAGTCGGATATTTGCAACAAGGttag > 2:123389/1‑147 (MQ=255) gCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCa < 2:133909/91‑1 (MQ=255) gCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCAGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAAt < 2:5684/149‑1 (MQ=255) cACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTg < 2:26150/122‑1 (MQ=255) cACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTg > 1:26150/1‑122 (MQ=255) aCGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATgg > 3:69348/1‑149 (MQ=255) aCGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATgg < 3:60453/149‑1 (MQ=255) gTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCa > 6:59202/1‑149 (MQ=255) gATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATTCCCGACAA‑AACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCAAATATTTATGGTGGTTCCGGTGCCATTATCGGCACCGCCATAGCGGTTTTATAAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAgg > 6:106213/1‑148 (MQ=255) tctcGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGc < 4:100330/93‑1 (MQ=255) tctcGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGc > 3:100330/1‑93 (MQ=255) ggTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGc < 4:153145/145‑1 (MQ=255) tcgtTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAg < 1:5968/147‑1 (MQ=255) tcgtTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAg > 2:5968/1‑147 (MQ=255) tcgtTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGgt < 6:134280/149‑1 (MQ=255) ataaatattggcCCCGCCAAGCACCACGGCGGTGAT‑GGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGgt < 1:107479‑M1/137‑1 (MQ=255) | GTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCAT‑CACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGT > NC_000913/1604641‑1604921 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |