New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2070250 = | 108 (0.570) | 3 (0.020) | 3/460 | NT | 2.7% | noncoding (22/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | NC_000913 | 2070480 = | 116 (0.630) | intergenic (+6/‑180) | yoeA/yeeP | CP4‑44 prophage; putative disrupted hemin or colicin receptor;Phage or Prophage Related; interrupted by IS2 and C‑terminal deletion/pseudogene, CP4‑44 prophage; 50S ribosome‑binding GTPase family;Phage or Prophage Related; putative histone | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTT‑ACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCGTACTGTACGGTTCACAGGCAATTGGCGGTATTGTTAACTTCATCACCAAAAAGGGTGAATCTCCGGACTCCCTATATCACTTAAATTGATACAACTTTTTAGAGTAGTCAT > NC_000913/2069977‑2070526 | tgtgtcgccagaaatactcatccacagacagggcacggtcatcggctttaatcagccacagtaccaggtcaagttcaggcagaatgtcacggtacccgcttacgcgagagcaataagtggctggccaccattctcgatacaaaactctgctgaatagcagcgattttcccagcgtggtgcgtcttttgcattttactggttctgagttatcaattatctgttcactaatgactactctaaaaagttgtatcaatttaagtgatatagggagtccGGAGATTc < 2:457880‑M1/8‑1 (MQ=255) gtgtcgccagaaatactcatccacagacagggcacggtcatcggctttaatcagccacagtaccaggtcaagttcaggcagaatgtcacggtacccgcttacgcgagagcaataagtggctggccaccattctcgatacaaaactctgctgaatagcagcgattttcccagcgtggtgcgtcttttgcattttactggttctgagttatcaattatctgttcactaatgactactctaaaaagttgtatcaatttaagtgatatagggagtccGGAGATTCa < 1:1540610‑M1/9‑1 (MQ=255) gtcgccagaaatactcatccacagacagggcacggtcatcggctttaatcagccacagtaccaggtcaagttcaggcagaatgtcacggtacccgcttacgcgagagcaataagtggctggccaccattctcgatacaaaactctgctgaatagcagcgattttcccagcgtggtgcgtctcttgcattttactggttctgtgttatcaattatctgttcactaatgactactttaaaacgttgtatcaatttaagtgatatagggagtccggatgttcacc < 2:644969‑M1/11‑9 (MQ=255) gcgACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTT‑ACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGc > 1:1081950/1‑281 (MQ=31) 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gctgctACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAgcgcg > 2:653691/1‑282 (MQ=255) ctACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCg < 1:1621911/281‑1 (MQ=255) cgaaacCATGTTGCCGGGCAACGAGGTGGACCGGCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGTTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGTTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGCCTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCg < 2:1318495/277‑1 (MQ=255) 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tGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCg > 1:942986/1‑273 (MQ=255) tGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCg < 2:893504/273‑1 (MQ=255) tGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCg > 1:893504/1‑273 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |