| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,023,805 | (CTTTA)2→1 | intergenic (+127/‑159) | fliR → / → rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2023796 | 2023800 | 5 | 51 [0] | [0] 53 | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2023801 = | 0 (0.000) | 47 (1.280) | 38/266 | 0.1 | 100% | intergenic (+123/‑167) | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| ? | NC_000913 | = 2023795 | 0 (0.000) | intergenic (+117/‑173) | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis | |||||
CGATAATTCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2023943‑2023801‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaagtaaaTGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCACTAA < NC_000913/2023795‑2023656 CGATAATTCCCCTGATCTGAAGATTGCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAAGGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTAACCCATAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA < 2:320081/143‑1CGATAATGCCCCTTACCTGAATATTCCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA < 1:526210/143‑1 GATAATTCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAAT > 1:34623/1‑143 TCCCCTTAGCTGTCTAGTTCATCTGGGCTCGTCGTAACACCATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCG < 2:657010/143‑1 TCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAGTGTTGCG > 1:291974/1‑143 CTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATAT < 2:318621/143‑1 CCTGCATACTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGA < 2:679722/143‑1 CTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAG > 2:189522/1‑143 CTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAG > 1:43477/1‑143 cCATAATAACTAGGCGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAA < 1:59220/142‑1 ATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAA < 1:520258/143‑1 TGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAA < 2:116756/143‑1 TAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGAGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAACTTAAAACAAATATT > 2:25052/1‑143 AACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCATTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAATTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTACAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAATCAATTATTTC > 1:47168/1‑143 ACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCAGTAAAGTGTTGTATAATTGGCCTGGAATTGTCGTAAAGTAAATGTTGCGATATGCGGGTGAGCTTAAAACAAATATTTCG > 2:368211/1‑143 CAACCTGGGTCGCCTAATGCGCCACGCTCGCGATTTTTCAGGCGGACGTACTATCCCGTAAAGTGGTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAG < 2:212673/143‑1 GTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCC > 1:218845/1‑143 AATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGGCTTGTATAGTTTGCCTGGAAATGTACTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTCAAGACAAATATTTGGCAGCAGGAGTAGCGTGGccga > 2:647487/1‑139 cccccCTCTCGCGTTTCTTCAGGCGGCCTTACTACCCCGGAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCGTAAACTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAAGATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTT < 1:302571/138‑1 CGCCACTCTCGCCATTCTACAAGCTGACTTACTACCCCCTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAACTGTCTTAAATGCAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTT < 1:301936/143‑1 GCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTC > 2:188143/1‑143 ACTCTCGCGTTTTTTCTGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTA < 2:629482/143‑1 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTc > 2:68553/1‑142 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGAAGCATGGAAGATGTTCGTAGGTA > 2:41374/1‑143 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGAAGTATACTGGAAGATGTTGGTAGGTA > 2:8610/1‑143 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTCAACTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCGTGGAAGATGTTCGTAGGTA > 1:406574/1‑143 TTTCATGCGGACTCACTATCTCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGTAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTT < 2:426368/143‑1 TTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTT > 2:240576/1‑143 TTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATAATTTTT > 2:298001/1‑143 gTCAGGCGGACGTACTAGCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTC < 1:252464/142‑1 TCATGCGGTCTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGATGTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGTGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCG < 2:35689/143‑1 CGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAATGTAGTGGGTATTATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAA < 1:330259/143‑1 TTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTT < 1:51257/143‑1 aACTATACGGGAAAGGGATGTATAATTGGCCGGGAATTGTCTTAAAGGAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTA < 1:189522/142‑1 ACTATCCCGTAAAGTGTTGTATACTCTGCCTCGCAGTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAG < 1:297565/143‑1 CCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAAC > 1:616993/1‑143 CGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACA > 1:234923/1‑143 GTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACAT < 2:34623/143‑1 TAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAAGATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATTACATG < 2:595158/143‑1 gttTTGTATTATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTTAATGTTGCGAGATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACACGATAA < 2:129031/140‑1 TGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGT < 1:548187/143‑1 TATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTA > 1:459031/1‑143 TAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGGTAAACGTTACG > 2:213929/1‑143 TAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACG < 1:476448/143‑1 CCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTGAGTGAAAGATACCGCGGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTAT < 1:521000/143‑1 TGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAATAAATTTTTCGCCACAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGG < 1:520830/143‑1 TCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGACA > 2:276083/1‑143 TTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAACTATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACCAGATAAACCTTATAGCATGATAATAATGACAAT > 2:614359/1‑143 TTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAAT > 1:117750/1‑143 AAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATGAATGTCAATTta > 2:678298/1‑141 AAGCAAATTTTGCGATATGTGAGTGAGCGTAAAACAAATATTTCGATGCAGGAGCATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCA < 1:273532/143‑1 AGTAAATGTTGCGATATGTAAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCAC < 1:253214/143‑1 AAATGTCGCGATAGGGGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCACTAA < 1:324031/143‑1 CGATAATTCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2023943‑2023801‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaagtaaaTGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCACTAA < NC_000913/2023795‑2023656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |