| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,859 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815859 | 3815940 | 82 | 49 [0] | [0] 49 | [rph]–[rph] | [rph],[rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815858 | 0 (0.000) | 48 (1.080) | 42/262 | 0.1 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815941 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH | |||||
AAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815801‑3816082 | gcctgcttgcgaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGt < 1:589286‑M2/3‑1 (MQ=255) ttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggttacatgccttagctcatcatctgacttttctacagacaaaaaaaaggccactcatcagtcgccttacacatcagtttgccagcaccgcctcctgaCgtccccgg > 2:387304‑M2/135‑141 (MQ=255) aagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACtt < 1:527732‑M2/14‑1 (MQ=255) cgcaaattcaatacactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa < 1:69793‑M2/17‑1 (MQ=255) aaattcaatacactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatga < 1:51972‑M2/20‑1 (MQ=255) aaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTcaatta > 1:585206‑M2/124‑141 (MQ=255) aattccacaaactggcgctgatatggtttcatgccctcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgat < 1:137608‑M2/21‑1 (MQ=255) aattcaatagactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTTCCCTGCACTTCAatgat < 2:808015‑M2/21‑1 (MQ=255) attcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgatg < 1:689954‑M2/22‑1 (MQ=255) aaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgaCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCcgc > 2:598093‑M2/115‑142 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 1:270847‑M2/34‑1 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttgtctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtctccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:715442‑M2/34‑1 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcatgccttcactcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg > 1:370431‑M2/110‑143 (MQ=255) gctgatagggttacatgccgtcgctcctcatcttactttgctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtc < 1:514936‑M2/37‑1 (MQ=255) tgatatggtttcatgccttcgctcctcgtcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 2:127542‑M2/39‑1 (MQ=255) atatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 1:679926‑M2/103‑143 (MQ=255) atggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCCTCACt > 1:650861‑M2/101‑143 (MQ=255) atggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGCCCCCTGCCCTTCAATGCTGCCCCCGCCTTCGGTCCTCCCt > 1:391699‑M2/101‑143 (MQ=255) gttgcatgacgttgcgcctcatcttgcgtttctgcaggcaagaagaaggcgactcttcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGCCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACg < 2:490392‑M2/46‑1 (MQ=255) ttcatgccatcgctcctcatcttactgttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt < 2:626148‑M2/48‑1 (MQ=255) gccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCCCTACGTTCATGt > 1:226942‑M2/91‑143 (MQ=255) cttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtagccttaaaactcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTCACATGATGCGCCCGCCCTCGGTAATAACTAcgctcacgacg > 2:673705‑M2/89‑138 (MQ=255) tcgctcctcatctgaacttgctccacacaaaaaacaggcgactcatcagtcccgctaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATTCCCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGt < 2:511470‑M2/57‑1 (MQ=255) cgctcctcatcttacttttctacatacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtc < 1:633640‑M2/58‑1 (MQ=255) cgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtc > 1:262310‑M2/86‑143 (MQ=255) ctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtctc > 1:207210‑M2/84‑143 (MQ=255) ctcatctttcttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGc < 1:519783‑M2/63‑1 (MQ=255) ctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGTCCCTTTTCGTTCATCACTACGTTCATGTcgttctcctc > 1:395346‑M2/81‑140 (MQ=255) tcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCa < 1:60485‑M2/67‑1 (MQ=255) tacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagattgccagcgccgcctgctgcCGTCCCCTGGACTTCAATGCTGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGATCTCTGCGGCACGGGCTTCAAc > 2:60598‑M2/66‑143 (MQ=255) cagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGt > 2:271395‑M2/64‑143 (MQ=255) atttttaaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTcc > 1:493944‑M2/59‑143 (MQ=255) aacaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaagatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGACTCTTCAACGTATTcc < 2:743262‑M2/85‑1 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTcc > 1:527069‑M2/59‑143 (MQ=255) aaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCAATTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCa > 1:539240‑M2/58‑143 (MQ=255) aaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCCTCCCCTGCGCGACAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCCTCACTACCTCCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGCCGTCCGCGCATTCcac > 2:424955‑M2/57‑142 (MQ=255) tttaaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCGTGTCTGTCTCTGCGGCACAGTCTTCAACGTATTCCAGa > 1:41994‑M2/56‑143 (MQ=255) tcatcagtcgccttaacaatcaggttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGc < 1:799104‑M2/99‑1 (MQ=255) aaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCCTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCACAGTCTTCAACGTATTCCAGAGCGCAAACCCCTTCGCCGTtcaaaact > 1:854432‑M2/29‑141 (MQ=255) aaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATCATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGCCTCTGCGGCAGCGTCTTCACCGTATTCCAGACCGCAACCCGCCTCGCCCCTCACACtt > 2:832097‑M2/29‑143 (MQ=255) cagtcttccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAAGCATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCCCTCCGGCACAGTCTTCAACGTACTCCAGCTCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 2:239727‑M2/119‑1 (MQ=255) gtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTCTTCCAGATCGCAAACAGCTTCGACGTTCACACTACCGact > 1:73288‑M2/23‑142 (MQ=255) ttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTCTTCCAGATCCCCCACCCCTTCGCCGTTCACAATTCCGAAAGa > 1:316820‑M2/21‑143 (MQ=255) agcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTCCGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTCCAACGTATTCAAGATAGCGACCCGCTTCGCCGCTCACCACTCCGCCACAACCTg > 1:595947‑M2/16‑143 (MQ=255) gcgccgccttctgcCGTCCCCAGCACTACAACGACGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGc < 1:43061‑M2/129‑1 (MQ=255) cgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCg > 1:64798‑M2/14‑143 (MQ=255) ccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGc > 1:882143‑M2/12‑143 (MQ=255) ccgcctcctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCACCCCTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGGCTGCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGc < 1:13666‑M2/132‑1 (MQ=255) cCGTCCGCCGCAGTTCACTGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTCCGTTCATGTCGTTCTCTGCGGCAGAGTCTTCTACTTATTCTAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCt < 2:542853‑M2/142‑1 (MQ=255) | AAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815801‑3816082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |