| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 3 (0.050) | 64 (1.020) | 52/278 | 0.1 | 95.6% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑TACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTAT > NC_000913/458645‑458927 | gCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgg < 2:544794/143‑1 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaagtcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaccccttaagttagcgcttatg < 1:241008‑M1/1‑1 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagtgatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagtgagcgcttatg < 2:234420‑M1/1‑1 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 2:210854‑M1/142‑143 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgtaacatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 2:767203‑M1/142‑143 (MQ=255) aaaCCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTCATTTTCCATCTATCCCCGGCCTTGAATGCgggg > 1:1001153/1‑143 (MQ=255) cgctttacgtgccgtagtatccagttcttcgggctttccaatatgggccaggattgctgaccatttatcggtagagtaactcatcggcacgttaaatcttatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGa > 1:481279‑M1/139‑143 (MQ=255) aCCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGa > 1:243569/1‑143 (MQ=255) gccgtacgggccgaaggagccagttcgtggggctgaccaacattggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGaa > 2:366781‑M1/138‑143 (MQ=255) gcagtacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccgtaagttagcgcttatGGGGaa > 1:168135‑M1/138‑143 (MQ=255) ttacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaaggtagcgcttatggcaacaac < 1:99358‑M1/9‑8 (MQ=255) ccggccggagtatcgagtgctgcgggcttaccaatatgggccagacttgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaagcatatcaggcgtaataccacaacgcttaagttagcgcttatGGGGAAACATcc > 1:809332‑M1/132‑143 (MQ=255) cTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCC < 2:1093819‑M1/143‑1 (MQ=255) gATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTCACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCga > 2:393028‑M1/1‑141 (MQ=255) aagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgatgcctagaagtcgtgagagtaattcctcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagtcagcgcttctGGGGCAACATCcccatcta < 1:1094289‑M1/19‑4 (MQ=255) cAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCGTTCGCGGCCAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAAGGTGGGGGAGACATCCCgtaagcgcta > 1:611936‑M1/1‑133 (MQ=255) cAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgcta > 2:330378‑M1/1‑133 (MQ=255) tccaggtcttcgggcttactaatatgggccaggattgctgaccagttatcgtgagagtaatgcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGAc > 1:310133‑M1/120‑143 (MQ=255) ccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACg > 2:893393‑M1/119‑143 (MQ=255) cagttcttcgggcttaccaatattggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑t > 2:958592‑M1/118‑143 (MQ=255) cagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑t > 2:499905‑M1/118‑143 (MQ=255) agttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑Ta < 2:599404‑M1/27‑1 (MQ=255) gttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaagtcatcggcgcgttaaatcatatcaggcgtaataccacaaccctcaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGAcg‑tcc < 1:89674‑M1/28‑3 (MQ=255) aaGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagg < 2:940610‑M1/143‑19 (MQ=255) 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tcttacctagatcggccagaattgctgaccagatatcatgcgctatattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑TACATGTTAATa > 1:788589‑M1/107‑143 (MQ=255) gcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑TACATGTTAATa > 2:858952‑M1/107‑143 (MQ=255) taccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑TACATGTTAATAGAt > 2:493379‑M1/104‑143 (MQ=255) taccaagatgggccggagtggctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑TACATGTTAATAGAt > 1:382610‑M1/104‑143 (MQ=255) aTCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataggcgctaacttaagggttaaaacatctg > 2:153802‑M1/1‑112 (MQ=255) 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gggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaagcatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgtcttgtaggctgtcagggataccttcacacgaacggccaccg > 1:110366‑M1/1‑14 (MQ=255) | GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACG‑TACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTAT > NC_000913/458645‑458927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |