| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 458799 | 20 (0.190) | 82 (0.800) | 48/424 | NT | 80.7% | intergenic (+99/‑89) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | = 609347 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CGACATAATCCAGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG‑CTTTACACTTTCGCCCGTGGT‑CAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCA‑TTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGATAGTCCAGAAA > NC_000913/609114‑609584 | caccaaactCCAGCCTCCGGTGGATTTCCCCCACAAGAGGTCCCGAGCCTAAAAGAAGAACTACATCCGTGTGGAGAAGAACAAAAATGGTCAACTGGAGCGTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCGGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAg < 1:328488/231‑1 (MQ=11) gaccataTCCGGCCAACCCCGGATTTCCCCCCCAAAAGTACCGGAGCCGCAAAGAAGAACTAACCCGTTGTGGAGAATAAAAAAAAGGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGt < 1:840099/233‑1 (MQ=11) gacATAATCCAGCCATCGCTGGTTTTCCCCCCCAGAAGGGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGGGGGACAGTAGCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAg < 2:798162/238‑1 (MQ=2) cATAATCCAGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTa < 2:796239/238‑1 (MQ=31) aaTCCAGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGGGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑cc < 2:791343/239‑1 (MQ=18) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCat > 2:1292338/1‑238 (MQ=34) tCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTACGTTACAC‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCAAATcc > 1:1289723/1‑239 (MQ=255) ttttCCCCCCAGATGTGCCGTATCCGAAAAGAAGAATTAACTCGTTGGGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTTGCCATTCGTGGGACAGTATTCCTGAAAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTgtc < 1:448986/238‑1 (MQ=14) cccccccAAAAGGGCCGGGTCCGGAAAGAAGAACTAACTGGTTGGTGAGAATAACAAAAATGGTCATCGGGAGCATACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGGCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTgtcaggt < 1:374011/239‑1 (MQ=14) ccccAGAAGGGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAATCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTgtcaggtcag < 2:1289723/239‑1 (MQ=255) ccAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGAAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGa > 2:847929/1‑239 (MQ=255) ccAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGACGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGAGGGTTCAACCCTTAGGTTAGCC‑CTTATGGGCGGAAA‑CCCCGCAAATCCCGTTGTCAGATAAGGa > 1:58155/1‑239 (MQ=11) gTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGGCTTAACGAGGCACCGAGGCGTAGCATTCTTCAGATGTTTCAACCCTTAAGTTATCG‑CTTATGGGAGTAAC‑CCCCCCAAATCCGGTTTTCAGGTCAAGATGGGaa > 1:717903/1‑239 (MQ=14) ccGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAACTGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCCGCTTAACGAGGCACCTAGGCGTCGCACTCTTCCGATCGTTAAACCTTTACGTTAGCC‑CTACAGGGGGTAAT‑CACCGCATATCCGGATGTCAGGCCAAGAGGGTAAgga > 1:663785/1‑238 (MQ=14) ggATCCGAAAAGAAGAACTAACCCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc < 2:759798/239‑1 (MQ=255) gATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCa > 2:882480/1‑237 (MQ=255) taactCGTTTAGGGGAATAAAAAAAATGGCCATTGGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTAGCCCTGACAACCTACAAAACGCAATTGAAGGACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGGCGCAGTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCCCCTG‑CTTTACACTTTCGcc < 1:1227564/239‑1 (MQ=18) actCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGTCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGCTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGGGTAAT‑CCCCTCATATCCCGTTGCCAGGTAAGGTTGTTACGGCACTTG‑CCTAACACttagtcccg > 1:264645/1‑232 (MQ=14) tCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAg > 2:1072100/1‑213 (MQ=255) 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tgtgGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGAGGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGCCCAGTAAGGCTGGTAAGGCCCCTG‑CTTTACACTTTCGCCCGTGGT‑cc > 1:1168855/1‑238 (MQ=17) tAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCCACCAAACGAAACTGAAGAGTGCGAGGCATCGTCTTAACTAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGGTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTCAGGGCGGAAT‑CCCCGCATATCCGGTAGTTCGGTCGGCGTGGAAAGGGACCGA‑CTTTTAACTTTCGCACCAGGT‑CCGGGATGGcg > 1:749803/1‑238 (MQ=14) cAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG‑CTTTACACTTTCGCCCGTGGT‑CAGTGATGGCTGCg > 2:253970/1‑239 (MQ=255) 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ggTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGGGGGAAAGTACCCCGGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTG‑CTTTACACTTTCGCCCGTGGT‑CAGTGATGGCTGCGGGCGAAt < 1:7885/239‑1 (MQ=255) gTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGGGAGAAAT‑CCCCCCATTTCCGGTGGTCAGGCAAGGATGGAAAGGAACCGC‑CCTTACACTTTCGCCCGTGGT‑CAGGGATGGCGGCGGACGAAtg > 1:152141/1‑238 (MQ=17) gTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTATTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCG‑CTTATGCGAGTAAT‑CCCCGCATATCCGGTTGACAGGCCCGGATGGTAAGTAACCTG‑CTTTACACTTTCGCCCGTGGT‑CAGTGATGGCGGCGGGGGAATc > 1:1136315/1‑239 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |