| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 458799 | 24 (0.390) | 32 (0.540) | 24/410 | NT | 57.6% | intergenic (+99/‑89) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | = 609347 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
AGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGAT > NC_000913/609125‑609574 | aaccATCGCTGGATTGCACCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGt < 1:625375/227‑1 (MQ=11) ccATCGCTGGCTTTCCCCCTCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGGGACGAATAAAAAAAATGTTCATCTGGAGCTTACAGTGGGCCATTCGTGGGCCATTCTCCCTGTCATCCTACAAAACGCCATTGAAGAACTCGTGGCCTCCTCTTACTGCGCCCCCGAGTCTTCGCATTCTTACGAGTGTTTACCCCTTAACTTAGCGCCTAGGGGAgaa > 2:587703/1‑226 (MQ=2) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCCTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGAATATGGCAGTaa > 1:289483/1‑229 (MQ=9) ccATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACAAGGCACCGAGGCGTGGCCTTCTCAAACGGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAGGGGAGTa > 2:478246/1‑228 (MQ=11) cctccttGGTTTTTCCCCCCAGAAGGTCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt < 2:356357/223‑1 (MQ=255) cATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACCCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt < 1:83995/229‑1 (MQ=17) cGCTGGATTTCCCCCCCAAAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAGAGAAGTGGTTGTGGAGAAAAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTAAAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAGCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATccc < 2:749141/229‑1 (MQ=11) gATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCat < 1:380728/229‑1 (MQ=35) ccAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgt < 1:96277/229‑1 (MQ=40) agggCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACCCGTTGTGGAGAATAAAAAAAATGGGCATCTGGAGTTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt < 2:51857/226‑1 (MQ=255) atcGAAAAGAAGAACTAACTTGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCAATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGt < 1:557544/227‑1 (MQ=255) cGAAAAGAAGAACGGACGGCTTGGTGGGAAAAACAAAAATGGTACTGTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCAGGGGAAAGTAACCATGGCAGCCTACAAAACGCAAGTGAAGAACGCGGGGCATCGTCTTAACGGGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTaa < 2:41320/229‑1 (MQ=17) aagaagATCTAGCTGGTTGTGGGGAATAACAAAAATGGCCATGTTGAGCTTACAGGGGTGCATGCGTGGGACTGTATCCCTGACAGCCTACGAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGc < 2:260645/228‑1 (MQ=17) ggaataaCGAACGCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACGGTATCCTTGACAGCCTAAATAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTGAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc < 2:154407/228‑1 (MQ=17) atgagaaCTACAGCGTAGTGGAGATAACCAAAAAGGGTCATCGGGAACTATCAGGTTGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGACTACAAAACACAATTGAAGAACGGGAGGCATCGGCTTAACGAGGCACCGAGGAGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAATTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc < 1:727148/226‑1 (MQ=17) agaagaACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc < 1:99662/229‑1 (MQ=255) 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2:670948/223‑1 (MQ=18) gaATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGAAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCTTg > 1:31665/1‑229 (MQ=255) tAACAAAAAGTGGCATCGGGAGCTTACAGGTGGCCAGTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAAGTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTc < 2:401949/229‑1 (MQ=255) aaaaaTGGTCATCGGGAGCTTATAGGTGGCCATTCGGGGGACAGGATCCCTGACAGCCTAGAAATCGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTGTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTg < 2:155561/229‑1 (MQ=255) 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1:448579/1‑222 (MQ=18) aCAGTAGCCCTGGCAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAAt < 1:251072/228‑1 (MQ=255) cTGACAGCCTACAAAACGCAATTTAGGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGAACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTAAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTAGGGTCAGGATGGTAAGGCACCTTCTTTACACATTCGACCTGTGG‑CAGTGATGTCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATAGTGTTGGc > 2:180291/1‑228 (MQ=21) tGACATCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGca < 2:595606/228‑1 (MQ=255) 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1:17140/1‑229 (MQ=255) ccTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTAAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTCCACTTTCG‑CCCGTGGTCCGGGATGGCTGCGGGCGAACCGT‑ACCAGATTTTGTCAATTAAtgggttgggcccatcgat > 2:650893/1‑212 (MQ=25) ccTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCATCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTACGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGCGATGGCTGCGGGCGAAACGT‑CCCAGATTTTGTCAATTAAACGTGTTGACACGACGtt > 2:341469/1‑229 (MQ=25) tACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTCCG‑CCCTTGTGCAGGGATGGCTGCGGCCGAGTCGT‑CCCCAATTTTGTCAATTAATCGGTTTggaccggggtaag > 2:512513/1‑218 (MQ=21) 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< 1:586968/224‑1 (MQ=255) gttgacccgtaggtgcgcgcTTTTGGGATGATTCCCCGAATAGCCGGTTGTCGGGTAAGGGTGATAGGGGACCTGCTTTGCACTTTGA‑CCCGTTGCCAGTGATGGCACCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTTTCAATTAATCGTGTTGGCACACCTTTATGACTATCGTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGt < 2:396506/213‑1 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTc > 1:288700/1‑132 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTc < 2:288700/132‑1 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATTTGCCAGTGCACAGCAAACATCCCATTCTCCCGATGAATTTTGACCTTCTGtt > 2:494195/1‑229 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTTCACAGAAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGtt > 1:38091/1‑229 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGtt > 1:111317/1‑229 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTCCTGtt > 1:364466/1‑229 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGCGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCCGTGCCCAGCAAACATCTCATTCTCACGATGACTGATGACCTGCTGTTTATTCCAGc > 1:368283/1‑229 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTCCCAGCGCACAGCAAACCTCTCATTCTCACTATGAATTATGACCTGCTGTTTATTCCAgt > 2:365327/1‑228 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGc < 1:177738/228‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCCTATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGAGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGCTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGAGCACAGCAACCATCGCATTCTCACGATGAATGTTTACCTGCTGTTTATTCCAGCTCAt > 1:732940/1‑228 (MQ=255) gcgcTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAAtt > 1:120369/1‑228 (MQ=255) tATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTTTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGa < 2:632423/229‑1 (MQ=255) aTGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACCGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTATCACGTTGAATGATGACATGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGAt > 2:502248/1‑229 (MQ=255) | AGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCG‑CCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGT‑ACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGAT > NC_000913/609125‑609574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |