New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 704375 = | 151 (1.090) | 3 (0.020) | 3/500 | NT | 2.0% | coding (432/1947 nt) | nagE | N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme IIC, IIB, and IIA components |
? | NC_000913 | 704405 = | 141 (1.050) | coding (462/1947 nt) | nagE | N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme IIC, IIB, and IIA components | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAA‑CACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGGGTACGGTTTTCCACGGTGACATTAACCGCTTCTATGCCGGTGACGGCACCGCGGGGATGTTCATGTCCGGCTTCTTCCCGATCATGATGTTCGGTCTGCCGGGTGCGGCGCTGGCGATGTACT > NC_000913/704117‑704691 | ggCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACa < 1:1033353/288‑1 (MQ=255) acatcatgatcgggaagaagccggacatgaacaaccccgcggtgccgtcaccggcatagaagcggttaatgtcaccgtggaaaaccgtacccgccgcgttggtgaattcaccaatctggaaccaggcgatggtgttcagtacctgatgcagaccggttgggatcagcagacggttgatgaaaccaaagataccggaacccagcgcgcccgcagaaacgatccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTAc < 1:226491‑M2/5‑1 (MQ=255) aTCCAGCTGGTCGAAGGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACGTTGTGTTAACCAAAGCGTTGGTGACCATCAACCCAGAAGTTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:1087667/288‑1 (MQ=255) cTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCCTCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTCCTGGCGGGTATCATTAACGGTCCGGTTGGTGGGGCAGCCTCTTAACGGTGGTCCGATATTTAACTGTCGGACTTCCTGTGCTTCCTCGGCGGCAAACGCTTTTCTCCGGGTGCCCCC‑G‑GTCTCTTCTGCCTGGGGGTTGC‑GGCCATTTTTGGTTTCCT‑CTGGCCGCCGGTACAGccagctgt > 2:148084/1‑281 (MQ=255) gcgcTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTAACGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTTCGCTATTTAACTGCCGGACTTCCTGTGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCCCC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGGGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTTCCT‑TTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:53973/1‑289 (MQ=255) gcggcgCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCCGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACCGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTTTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTTCCTGGTGCTGGG‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCCTGCAGGCGCTGAGTGGATTGttt > 2:1022754/1‑289 (MQ=255) cTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCCGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCCGAGCTTTTTCGGCGGCAAACGCTTTTGGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTTGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACCGCACGCCATCCATGCTGGCCGCGGGGGGGTCGTTTCTgtcg > 2:311931/1‑286 (MQ=255) cTGGCGGGTGCGGTAGGGTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGGTGGGGGCGCGGCCCTTAACCGTTGTTTCCATATTTAACTGCCGGACTTCCGGCGCTTCTTCCGCGGCCAAAGCTTTTGGCCGCTTTCCCCC‑GCGTTTCTT‑TGCCTTGTTCTGGCGGGCCATTTTT‑GTTTCGTGTTGGCGCCCGGTCCAGCACGCT‑TCCTTGCAggggggcaggtgtacgttttgtcgg > 2:374516/1‑269 (MQ=255) tGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCt < 1:148084/288‑1 (MQ=255) tGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCt < 1:410614/288‑1 (MQ=255) tAGGTTACTTTGTGTTATCCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCGGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGtt < 1:89472/288‑1 (MQ=255) gTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCg < 2:265499/288‑1 (MQ=255) ttggtgtTAACCAAAGCGATGGTGGCCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCTTTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCt < 1:586892/286‑1 (MQ=255) 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gATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAAcc < 1:1022754/287‑1 (MQ=255) ggTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTctg < 2:752278/289‑1 (MQ=255) cATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACCGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGCTCGGTTCTGCGGGCGCGCCGGGGTCCGGGATCTTTGGGTTCATCAAACGTCTGCTGAt > 1:369968/1‑288 (MQ=255) 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cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAA‑CACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGGGTACGGTTTTCCACGGTGACATTAACCGCTTCTATGCCGGTGACGGCACCGCGGGGATGTTCATGTCCGGCTTCTTCCCGATCATGATGTTCGGTCTGCCGGGTGCGGCGCTGGCGATGTACt > 1:430902‑M2/2‑288 (MQ=255) | CGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACC‑G‑GATTCTTCTGCCTGGTGCTGGC‑GGCCATTTTTGGTTACGT‑CTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCTTTGGTTTCATCAACCGTCTGCTGATCCCAACCGGTCTGCATCAGGTACTGAA‑CACCATCGCCTGGTTCCAGATTGGTGAATTCACCAACGCGGCGGGTACGGTTTTCCACGGTGACATTAACCGCTTCTATGCCGGTGACGGCACCGCGGGGATGTTCATGTCCGGCTTCTTCCCGATCATGATGTTCGGTCTGCCGGGTGCGGCGCTGGCGATGTACT > NC_000913/704117‑704691 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |