| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 5 (0.120) | 32 (0.780) | 29/278 | 0.4 | 86.7% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458645‑458929 | ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaccacccttaagttagcgcttatg < 2:233751‑M1/1‑1 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg > 1:662914‑M1/143‑143 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgcgagagtaattcacaactttgtttgatcatatcaggcgtaataccacaacacttaagttagcgcttatg < 1:497262‑M1/1‑1 (MQ=255) ttcggcacgtaatgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatggaccagaattgctgaccagttatagtgagagtaatgcataggcacggtaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 2:710108‑M1/2‑1 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgtgccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:723678‑M1/142‑143 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:435529‑M1/142‑143 (MQ=255) cAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCCTACAATTGGTTGTTAGAAAACCCCCAAATTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTATCGGCGTTGAATGTggg > 1:335699/1‑143 (MQ=255) ccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgcgagtaattcatcggaacgttaattcataccacgcgtaacaccacaaccctcaggttatggcttatggg < 2:708430‑M1/3‑1 (MQ=255) agagcGTTTCTGAGTTATGGCAAGCTGGAATCGCAGCAGGCATCTGGTGAATGGTTGACCATTCCCATGCTCGTGGTAAACCAAAAAGGGGGGATTTTATTTCGCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgggg < 2:121308/139‑1 (MQ=255) 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2:643970‑M1/132‑143 (MQ=255) cctggCAAGGCGGAGGCGCAACAGGCGTCTGGTGCATAATTAATCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataag < 1:322951‑M1/141‑6 (MQ=255) aaGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCGTTAATGTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaa < 1:168696‑M1/143‑12 (MQ=255) ccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtgattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttctGGGGCAAcatccccatatccacacc < 2:702360‑M1/25‑8 (MQ=255) agttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTa > 2:405749‑M1/117‑143 (MQ=255) ggAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaa > 1:681113‑M1/1‑127 (MQ=255) 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acaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCATGAAGCACAGTCGTGTCCACTGATTACCTGGCGGAACTTAACCTCAGAGAGAGCTCTAGGAATCCTGAgcgttgta < 2:52194‑M1/120‑4 (MQ=255) tctcGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtc < 1:155598‑M1/143‑114 (MQ=255) ttaaggtagcgctgatGGGGAAACCTCCACATAGACTGACGTACATGTTCATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCAt > 1:181016‑M1/17‑143 (MQ=255) ctcGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcc > 1:601798‑M1/1‑29 (MQ=255) gttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGaa < 1:662398‑M1/131‑1 (MQ=255) tGAATGCGGGGGAAAGTTCCCatacgcgctaacttaagggttgaaccagctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatccctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatg < 2:234377‑M1/143‑123 (MQ=255) cttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCg > 1:443441‑M1/6‑143 (MQ=255) tatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAGATTAAACTAAGGGAGTGCTCTCTGGTTCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCgtg < 1:5140‑M1/140‑2 (MQ=255) gggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgcagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgatttgtaggctgtcagggacactgtcccaccaatgtcatact > 2:625315‑M1/1‑14 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgagccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggccacctg < 2:438363‑M1/143‑131 (MQ=255) | GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458645‑458929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |