| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 58 (0.600) | 41 (0.430) | 34/426 | NT | 41.8% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CTGCCACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATA‑AGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCT‑CACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAG > NC_000913/607773‑608242 | cTGCCACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGA‑TTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCa < 2:1143340/238‑1 (MQ=255) gCCACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCCTa > 2:447714/1‑239 (MQ=255) gCCACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCGTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGGATGAACGTAAGATTGAGTTTAAGTCTGGTCTAGCTTCCGAACCGAGAAAGAAGCCGTTGTGGCGGGAGGAATCCCaca > 1:224975/1‑237 (MQ=255) ccACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGGCTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATa‑a > 2:955765/1‑239 (MQ=255) ccACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGGGTAATCCCATa‑a > 2:222469/1‑239 (MQ=255) cTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATA‑Agcg < 2:491999/239‑1 (MQ=255) tCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATA‑Agcgc < 2:573425/239‑1 (MQ=255) 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aaTTTTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATA‑AGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCT‑CACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGa < 2:4546/237‑1 (MQ=255) gatTGAGTTTAAGGCAGGTATCGCTTACGAAGCGAAGAAGGAGCCGTTGTGCGGGTAGTAATCCCATA‑AGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCT‑CACGATAGCTGGCCAGCGAGTGTGGACCATAGTGGTAAGCCCg < 1:803802/173‑1 (MQ=18) gtgTTTGAGGCTGTCCGCGCGTACCGACCGAAGAAGTGGACGTTGGTCGGGGAGTTATCCTAGA‑AGCGTTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACTCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAACTACTCC‑CACTATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCTCGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCaa < 1:1012489/237‑1 (MQ=14) aGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGGAGAAGTAGCCGCTGGGCGGGGAGTAATCACGTC‑AGCGCTAACTTCAGGGTTGTGGTATTACGCATGATATGTTTTAACGTGCCGCTGCATTACTCT‑CACGATAACTGGTCAGCAATTCTGTCCCCATTTGGTAATACCCAATAACTGGATAATTTCACATCTAATGCCGGGGCATAAACCCGCCACCGCGAAAGTCGAGAtgttcctaa > 1:1076774/1‑232 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CTGCCACTCCAAACCCGAACAATTTGGATGGTAGTCCCTTCTTCGCATGGAGGCAATATAAACATGCTGACGAAATATGCCCTTGCGGCAGTCATAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATA‑AGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCT‑CACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAG > NC_000913/607773‑608242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |