| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 3 (0.040) | 71 (1.010) | 62/278 | 0.1 | 96.0% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458645‑458929 | ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttgagttagcgcttatg < 1:1106916‑M1/1‑1 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaagcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:997237‑M1/1‑1 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccacaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaaccctcaagttagcgcttatg < 1:502381‑M1/1‑1 (MQ=255)ccccggcattacgtgccgaagtatccagtgcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg > 2:621447‑M1/143‑143 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:487802‑M1/2‑1 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatacgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcacgcgtaataccccaccccttaagttcccgcctatgc < 1:28386‑M1/2‑2 (MQ=255) ccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 2:914826‑M1/141‑143 (MQ=255) ccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcgacacgtgaaatcatatcagccgtaatactacgacccttaagttagagattatggg < 1:176726‑M1/3‑1 (MQ=255) aCCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGa > 1:388315/1‑143 (MQ=255) cgtggcggggttATGGCAAGCGGGAAGCGAAACGGGGATCTGGTGATGGAGTAACCATTCCCATACAGGTAGTTATCCAAAAAGGGGGGATTTTATCGCCCCTTTAATTTTTCCTCGATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGaaa 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agttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTa > 2:356119‑M1/117‑143 (MQ=255) agttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccaggtatcgtgagagtacttcatcggcccgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttacgttagcgcttatGGGGAAACCTCCGCCTGTACTGACGTa < 1:920633‑M1/27‑1 (MQ=255) tcttcgggcttaccaatacgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACAt > 1:1039826‑M1/114‑143 (MQ=255) atgcgcaaCAGGCATCTGGCGAATAATGAACCCGTCTCACACAATTAGTTACCCAAAAAGGGGGGATGGTATCTGCCCTTTAATTTTTCCTCTAATCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagg < 1:902495‑M1/141‑19 (MQ=255) aaGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGGTTTTCTCTCCCCTTTCATTTCTCCTCTGAACTCGTCTTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagg < 2:1246661‑M1/143‑19 (MQ=255) aaGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagg < 2:1093997‑M1/143‑19 (MQ=255) ttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGt > 2:832‑M1/112‑143 (MQ=255) cgcAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggtt > 1:1031426‑M1/1‑122 (MQ=255) cAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagccctaacttacgggatcc > 2:275377‑M1/1‑120 (MQ=255) cacaatatggcccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg > 1:134036‑M1/103‑143 (MQ=255) 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ccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACCAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTc < 1:198809‑M1/118‑1 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCt > 2:50645‑M1/25‑143 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTg < 2:963629‑M1/120‑1 (MQ=255) tctATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgacgaatgcgacgcctccgtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcggtttgtgggctgtcagggaga > 2:814142‑M1/1‑35 (MQ=255) tATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGCAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttccatcgcgttttgccggctctcagggacact > 1:326741‑M1/1‑33 (MQ=255) 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cGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacga < 2:290613‑M1/143‑120 (MQ=255) ttGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcaggggtactgtcccacgaat > 2:616702‑M1/1‑22 (MQ=255) tGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagagtgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggcggtcagggatactgtcccacgaatg < 1:102608‑M1/143‑123 (MQ=255) aaTGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggc < 2:1002350‑M1/143‑125 (MQ=255) ggggAAACATACCataagcgctaacttaagggttgaaccaactgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatacctcgagttcttcaattgcgtttgctaggctgtaaggtatacgttcccacgcatgtccccctg > 1:527573‑M1/1‑13 (MQ=255) | GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458645‑458929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |