| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 65 [0] | [0] 65 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 62 (0.930) | 51/264 | 0.2 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
CAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815799‑3816081 | cacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttccgtttctacagacaaaaaacaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagctccgccttctacCg > 1:1153986‑M2/142‑143 (MQ=255) ctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcc > 2:1006250‑M2/139‑143 (MQ=255) ctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgcattaaaaatcaggttgccagcgccgccttctgcCGGcc > 1:104819‑M2/139‑143 (MQ=255) tgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttccttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgcctgaaaaatcagtttgccagcgccgacttccgccggcga > 2:901219‑M2/138‑139 (MQ=255) gcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcccc > 2:826182‑M2/137‑143 (MQ=255) gctacgcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgcgcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCa < 1:633610‑M2/11‑1 (MQ=255) gctaagcgcaaattcaataaactggcgccgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttaccagcgccgcctcctgcCGTCCCCCGCa > 1:546945‑M2/133‑143 (MQ=255) ctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacaggcaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagcttgccagcgccgccttctgcCGTACCCTGcaa > 2:1094996‑M2/132‑142 (MQ=255) gcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCa > 1:298695‑M2/128‑143 (MQ=255) gcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcaacttacttttatacagaccaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttagaaatcagattgccagccccgccttctccCGCCCCCACcactccc > 1:697118‑M2/128‑140 (MQ=255) gcgaaaattcaataacctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacatacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCa < 2:1110881‑M2/16‑1 (MQ=255) cgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctccagacaaaaaaaagccgactcatcagtcgccttacaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTCCCCTCCaa > 1:901478‑M2/127‑143 (MQ=255) cgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgcattcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa < 1:792163‑M2/17‑1 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccgtaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGGCCCCGTCACGTCAat > 2:543983‑M2/126‑143 (MQ=255) aattcaaaaaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgat < 2:274689‑M2/21‑1 (MQ=255) attcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgcctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgatg < 1:222098‑M2/22‑1 (MQ=255) caataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgatcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatccgtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTGCCCTGCACTTCAATGATgcgc > 2:52122‑M2/119‑143 (MQ=255) ataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACATCACTGACGCGcc > 1:518232‑M2/118‑143 (MQ=255) ataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaacggcgactcatcagtcgccctaaaaatcagactgccagcgccgccttctgcCGCCCCGCGCCCTCCCATGATACAccc > 1:991550‑M2/117‑143 (MQ=255) tgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacacaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 2:1195828‑M2/105‑143 (MQ=255) tgatatgatttcatcccctcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 2:336684‑M2/39‑1 (MQ=255) gatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttcggcCGTCCCCTCCACTTGAATGATGCGCCCgctttcggctatcc > 1:1145629‑M2/103‑137 (MQ=255) atatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaagaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:656990‑M2/103‑143 (MQ=255) atatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttccacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 2:850981‑M2/41‑1 (MQ=255) atatagtttcatgccttcgctcctcctcgttcttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcaggcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 1:419262‑M2/41‑1 (MQ=255) atggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgcctcctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt > 2:294320‑M2/101‑143 (MQ=255) ggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaacaatcagtttgccagcgccgccttgtgcCGTCCCCCGCACTTCAATGCTCCGCCCGTCTTCGGTCATCactcc > 1:1077338‑M2/99‑141 (MQ=255) tttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCCTCGGTCACCACTACGt > 1:1234898‑M2/97‑143 (MQ=255) tcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc < 2:1170408‑M2/49‑1 (MQ=255) atgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaagcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATACGCCCGTCTACGGTCACCCCTCCGTTCAt > 1:420358‑M2/93‑143 (MQ=255) gccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGt < 2:977993‑M2/53‑1 (MQ=255) tcctcctcttacttttctacagacaagaaaaaggcgactcagcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACGTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct < 1:32538‑M2/61‑1 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga > 1:857032‑M2/75‑143 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga < 2:1051191‑M2/69‑1 (MQ=255) acttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGGACGTCTTCGGTCACCACTCCGCTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGt > 2:169969‑M2/73‑143 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 2:451663‑M2/71‑143 (MQ=255) ttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTc > 2:74680‑M2/69‑143 (MQ=255) acagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAacc > 1:92107‑M2/65‑142 (MQ=255) acagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACCTTCCTGTCGGTCTCTGCGGCAGAGCCTtcaagg > 1:676136‑M2/65‑141 (MQ=255) agacaaaaaaaaggcgactcatcagtagccttaaaaagcagtttgccagcgccgcctgctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCCCAACGTTCATGGAGgactctgcaccagagcccactccgta > 1:297303‑M2/63‑132 (MQ=255) cacaaaagacgcgactcaccagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTc < 1:346917‑M2/84‑1 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTAGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTcc > 2:226803‑M2/59‑143 (MQ=255) aaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCa < 2:734412‑M2/86‑1 (MQ=255) gaacaggcggctcttcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGa < 1:1168435‑M2/88‑1 (MQ=255) gcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTGCACGTATTCCAGATCGcac > 1:525459‑M2/50‑142 (MQ=255) gcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCAATTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGACATCACTCCGTTCATGCGGATCTCTGCGGCAGAGTCGTCAACGTAttcccgaatgccc > 1:907847‑M2/50‑137 (MQ=255) ctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCg < 1:1006250‑M2/98‑1 (MQ=255) atcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCtt < 2:672337‑M2/101‑1 (MQ=255) tcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATGCCAAATCGCACACCGCTTc > 1:630083‑M2/42‑143 (MQ=255) tcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTACCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTc < 2:282665‑M2/102‑1 (MQ=255) agtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGc > 2:342832‑M2/40‑143 (MQ=255) ggcttaaaaagcatttcgccagcgccgccgtctgcCGCGCCCTGCACTTGAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGtt < 1:364069‑M2/108‑1 (MQ=255) ccgcaactgcattttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTca < 1:734501‑M2/110‑1 (MQ=255) taaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCCGAGTCTTCAACGTCTTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTcaca > 1:884430‑M2/32‑143 (MQ=255) aaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCCAACCGCTTCGCCgttcacgct > 1:249773‑M2/30‑140 (MQ=255) aatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTc < 2:628041‑M2/116‑1 (MQ=255) aatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTc < 2:1067537‑M2/116‑1 (MQ=255) tcagctggcctgcgccgccttctgcCGTCCCCTGCATTTCTATGTTGTTCTCGTCTTTGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCGCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCg < 2:43870‑M2/118‑1 (MQ=255) ggtgtgccagcgccgcctgctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGAc < 2:832637‑M2/120‑1 (MQ=255) tttgccagcgccgcctaaagaCGTCTCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGACAGAGTCTTCAACGTCTTCCAGATCGCAAACCGCTGCGCCGTTCACAATTCCAACAg > 1:1096913‑M2/22‑143 (MQ=255) ccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAAc < 2:298695‑M2/126‑1 (MQ=255) caacgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGATCATCACTACGTTCATGCCGATCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTCTTCCAATTCGCAAACCGCTTCGCCGTACACAACACcgacagccaca > 1:73995‑M2/17‑138 (MQ=255) tgcCGTCCCCTGCACTTCAATGCTGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATcc < 2:469113‑M2/140‑1 (MQ=255) tgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATcc > 2:380217‑M2/4‑143 (MQ=255) cCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCt > 1:77156‑M2/2‑143 (MQ=255) | CAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815799‑3816081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |