| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 279163 = | 75 (0.990) | 54 (0.710) | 3/438 | NT | 50.5% | intergenic (‑2/+15) | afuB/insB1 | pseudogene, CP4‑6 prophage, ferric iron ABC transporter permease gene fragment,Phage or Prophage Related/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | = 2760084 | 31 (0.410) | coding (1102/1410 nt) | yfjI | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TACACCGTATTCGCCATCTTCCACGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_000913/278928‑279397 | tacctggttttCGCCATCTTCCACGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGGTACGCGGGTAGCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGGACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTa < 1:323878/230‑1 (MQ=255) cctcGTTTTCCCCATCTTCCCCGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGGGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAAt < 1:108450/236‑1 (MQ=255) tttttcccccttttCCCCGGGGTTGGGGATGTAAGCCGGCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACt < 1:216570/227‑1 (MQ=255) tATTCGCCATCTTCCACGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCCGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCCCGCAGGCTGAGGGAGGCTTCATCGCGCGATTTATCGTTTTTGCCCGGTAATGGCTc > 2:328279/1‑239 (MQ=255) tATTCGCCATCTTCCACGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACt > 2:216570/1‑238 (MQ=255) tttCCCCATTTTCCCCGCGGTTGGGGATTGAAGCCGGCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTcc < 1:641021/238‑1 (MQ=255) ccattgtccacctgggtaaGGATGTAAGCCGTTGATACGGGGTTATCCGGCTGGACGAGGAACACAATGGCGCTGGCGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGACGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGGAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACtt < 1:323223/221‑1 (MQ=255) cTTCCACGCGGTTGAGGATGTAAGACGTCGCTAAGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGCCGGTGGTACTGGGGCGCCCAAACCTGGAACTCAGCGCCGAGAGGACTGCAGGCCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGCGCCTGATGGGAAGCAGGGACCGGGCGCGCAAGAAGGGTGAGGCTTCATAGGGCGAGTTATCGAATTGTCACGGGAAGGACTCCAAATCAtta > 1:801080/1‑238 (MQ=255) ttccaccgcgTTTAGGATGTAATGCGTCGCGACGCGGGTACCCGGGGTTACGAGGAACACAATGTCGCTGACGGTGGTAATGGCCCGCACAAAGCTGTAAATGAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 1:180767/230‑1 (MQ=255) tCCACGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACGAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGGTGGGTGAGGGTTCATCGAGCGATTTGTCGGTTGGGCCCGGGAAAGACTCCAACTTATTGAt > 1:643267/1‑239 (MQ=255) ggTTGAGGGTGTAGCCCCTGGCTACGCGGGTAGCCGGGGGGACGCGGAAAACAATGGCGGTGACGGTGGTAATGGCCCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAAACGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtt < 1:808016/238‑1 (MQ=255) gTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTa < 1:612419/196‑1 (MQ=255) gTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTa > 2:612419/1‑196 (MQ=255) gcggtgcggggggagccgggtggACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑Gccc < 1:287175/217‑1 (MQ=255) ctgcctccgattctctgcagaagcagaaagacattggatcgaattctacaaccaggtcgagtcagaaatgagaatgattggccttctttatgattttaaggattatgcttctaaaatggcggagaacatggcgaggcttgctgccttacttcattacttcagcggtgatggaggcgatatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑Gccc > 2:705077‑M1/192‑239 (MQ=255) gCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTTACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGa < 2:330323/239‑1 (MQ=255) gCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGAGCAAAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGGCGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGGGCAGGGTGAGGGAGGCTTCTTCGAGCGCTTTCTCGCTTTGGCCCGGTCATGAATCCCACTTATTGAGAGTGTTTTTGTTTCAGGTAAT‑Tccgtg > 1:569499/1‑236 (MQ=255) 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ctgcagaagcagaaagacattggatagaattctacaaccaggtcgagtcagaaatgagaatgattggccttctttatgattttaaggattatgcttctaaaatggcggagaacatggcgaggcttgctgccttacttcattacttcagcggtgatggaggcgatatatctgttaccgGGTAATGACTCTAACTTATTTATAGTGTTTTATGTTAAGATAAT‑GACCGATGACTTTTTCAt < 1:123689‑M1/62‑1 (MQ=255) cGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGGGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGAATCCAACTTATTTATAGTGTTTTATGTTCAG‑TAATATACCGAAGACTTTGTCAtgctg > 1:732355/1‑238 (MQ=255) cGTCACGAGGAACCCATTGGCGGTGACGGGGGTAATGGCCCCCAAAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGGGGAGCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGACCCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCAtgctgc < 1:689393/239‑1 (MQ=38) tGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 2:195405/1‑211 (MQ=255) cggggAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAAGGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGGGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCa < 2:413358/235‑1 (MQ=255) gAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGGGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGAt > 2:720323/1‑239 (MQ=255) 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ggtcgagtcagaaatgagaatgattggccttctttatgattttaaggattatgcttctaaaatggcggagaacatggcgaggcttgctgccttacttcattacttcagcggtgatggaggcgatatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTTTCATGCTGCTcca‑ccgcttttgagaacaaaaacgcatttcgtc < 1:727046‑M1/101‑17 (MQ=255) gcgcgcACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGCGGGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTTGCCCGGTAATGACTCCAACTTTTTGATAGTGTTTTTAGTTCAGGTAAT‑GACCGATACGATTGTCATGCTG‑TCCACCCCGTTTTGGAAACGACAGAGAATTCCGTCCCa > 1:150858/1‑239 (MQ=255) agtcagaaatgagaatgattggccttctttatgattttaaggattatgcttctaaaatggcggagaacatggcgaggcttgctgccttacttcattacttcagcggtgatggaggcgatatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGcc < 2:142207‑M1/107‑1 (MQ=255) 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tacttcattacttcagcggtgatggatgcgatagatctgttacctGGTAATGACTCCAACTTATTTATAGTTTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGc > 2:123689‑M1/46‑239 (MQ=255) tacttcattacttcagcggtgatggaggcgatatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGc > 2:675705‑M1/46‑239 (MQ=255) tacttcattacttcagcggtgatggaggcgatatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGc > 2:605251‑M1/46‑239 (MQ=255) 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tatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCa > 2:153792‑M1/15‑238 (MQ=255) tatatctgttaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCAt > 2:525080‑M1/15‑239 (MQ=255) tGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGCCGGGATTCATACACCGGCCAGCCATCCGTCTTccctttc > 2:513218/1‑233 (MQ=12) 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TACACCGTATTCGCCATCTTCCACGCGGTTGAGGATGTAAGCCGTCGCTACGCGGGTATCCGGCGTGACGAGGAACACAATGGCGCTGACGGTGGTAATGGCGCGCACAAAGCTGTAAATCAGCGCCGAGAGGATCGCCGGGCGCAGCAGCGGCAGCAGGATGTGCGTAATGGTACGCAGGGAACCGGCGCGCAGGCTGAGTGAGGCTTCATCGAGCGATTTATCGATTTGGCCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT‑GCCCGATGACTTTGTCATGCTGCTCCA‑CCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_000913/278928‑279397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |