| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 279163 = | 75 (0.990) | 54 (0.710) | 3/438 | NT | 50.5% | intergenic (‑2/+15) | afuB/insB1 | pseudogene, CP4‑6 prophage, ferric iron ABC transporter permease gene fragment,Phage or Prophage Related/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | = 2760084 | 31 (0.410) | coding (1102/1410 nt) | yfjI | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein | |||||
AATTGTTAATGAGAGCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAAGCAGAAAGACATTGGATCGAATTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTAAAAAAGAAGAGTTTTCTTTAGATGTTTCAGAAGCAGATGAGCTTTATTGTTGGATAAAAGATTACTGCACGCAAAAATTTTCTTCCTGCATCAAGAAAAATATTATCTTACAATTTGGGCCAAATAAATTTAGAAATCGTGACAAGGCAAATGAATTAATTAGAATCTTAAT > NC_000913/2759849‑2760319 | aaTTGTTAATGAGAGCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAAGCAGAAAGACATTGGATCGAATTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCa < 1:199595/238‑1 (MQ=255) 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catcatTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAAGCAGAAAGACATTGGATCGAATTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCCAGGCTTGCTGCCTTACTTCTTTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTgg > 2:428750/1‑239 (MQ=255) catcatTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCAGATTCTCTGCAGAAGCAGAAAGACATTGGATCGAATTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGCGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGGATTATCTGTTACCCCAGTAAAACCCGCAgggg > 1:192969/1‑239 (MQ=14) aaaTTAAAGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCCCTGCAGAAGCAGAAAGACATTGGATCGAATTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTg < 2:661711/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |