| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 0 (0.000) | 54 (1.120) | 43/278 | 0.1 | 100% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTAT > NC_000913/458645‑458927 | ccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 2:235619‑M1/1‑1 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaggtatccagttcaacgggtttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 2:51335‑M1/142‑143 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgacccgttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccccaacccttaagttagcgcttttgg < 1:127471‑M1/2‑1 (MQ=255) cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:31129‑M1/142‑143 (MQ=255) ccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatataggccagaattgatgaccagttatcgtgagaggaatgcatcggcacgttacaccatatcaggcgtattaccacaacccataatctagcgctaatgag < 2:338530‑M1/3‑3 (MQ=255) ccggcattacgtgccgaagtatccaggtcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 2:225465‑M1/141‑143 (MQ=255) ggcattacgtgccgaagtagccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGa > 1:473471‑M1/139‑143 (MQ=255) ggcaccacgtgccgaattatccagctctacgggcttaccattttgggccagaattgctgaccatttatcgtgagagtaattaatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGa > 1:272234‑M1/139‑143 (MQ=255) catgacgtgccgatctatccagttcttcgggctgaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGaaa > 2:116568‑M1/137‑143 (MQ=255) gtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatctggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggggatgtttccc > 1:820015‑M1/131‑135 (MQ=255) aaggagttagttcttcggtgttacaaatatcggaaagaaatgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcgtcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaaccctcaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCAtata > 2:22593‑M1/125‑143 (MQ=255) tccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacgcatcagtcagcgcttatGGGGAAACATCCCCACAAACTGAc < 2:117220‑M1/24‑1 (MQ=255) aaGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCatacacgctaa > 2:63462‑M1/1‑132 (MQ=255) aaGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATGAACCAGTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaa > 2:796769‑M1/1‑132 (MQ=255) 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cacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACCAAGAGAGAGCTCCATGAATCCTGAgcgtgct < 2:173857‑M1/119‑4 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatTGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGAGTCACCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCACTATGAATACCGagcgtgccg < 2:541700‑M1/120‑5 (MQ=255) tctATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgagacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaagtgcgttctgtaggctgtcagggata > 2:490790‑M1/1‑35 (MQ=255) tATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaacaatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatact > 2:33091‑M1/1‑33 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCGCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAAc < 2:65976‑M1/123‑1 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGGAAACAATATCATTTACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAGTTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCa < 1:400417‑M1/126‑1 (MQ=255) cctaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCa > 1:235619‑M1/18‑143 (MQ=255) tcGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgacgaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgactcgcgttgttcgattgcgtgttgtagggtgtaagggagactttccg > 2:544987‑M1/1‑28 (MQ=255) gttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACGTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGaa < 2:419995‑M1/131‑1 (MQ=255) ttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGaaa > 1:729384‑M1/12‑143 (MQ=255) cGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaggaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacggtgcctcgcgttgttcaacggcgttctgtaagctgtcagggatactgtcccacga > 2:485038‑M1/1‑24 (MQ=255) gAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatgg < 1:290489‑M1/143‑124 (MQ=255) gcatatGGGGAAACATCTCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATcccc > 1:700557‑M1/7‑143 (MQ=255) gtgtggGGGAACCATCCCatcagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggcc < 2:759423‑M1/142‑126 (MQ=255) tatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTCTGAATCCTCAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTa < 2:569504‑M1/140‑1 (MQ=255) atGGTGAAACCTCCCCATATACTGTCGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAACCTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTAt > 1:145566‑M1/3‑143 (MQ=255) | GCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTAT > NC_000913/458645‑458927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |