| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 85 (0.970) | 52/424 | NT | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | = 2290111 | NA (NA) | intergenic (‑32/+1) | insH1/yejO | IS5 transposase and trans‑activator/pseudogene, autotransporter outer membrane homology,putative transport, Not classified, putative ATP‑binding component of a transport system | |||||
ATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGC‑TTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAC‑AGAAAATACCCATAGCTCCATACCCGGAGTCAGTTTTTAAAAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCG > NC_000913/2289879‑2290345 | aTAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGCCGCTTCCTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGCTGACTCATGCTGAACCCTGTTCTATGGCTCCCGATGCCAAACATAAGCTCA‑TATCAGGGAATTTTTCCCACCTTCCAAAAca > 2:844359/1‑238 (MQ=11) tAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACg < 1:844359/238‑1 (MQ=32) aaGGTTCCCCGCCCTTTCCAGCCTTGGGGTAAAACGGCCCGATGGATTCCCACATTGTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCt < 2:579794/239‑1 (MQ=11) ataagtacacgttcccAGCCTTGGAGTAAAACGGCTCGATGAATTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTACATGCGTGACAAGAAAACCTCGTTGCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTa < 1:658797/225‑1 (MQ=11) tCGGCGGCCATTGCCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTa < 1:1020688/238‑1 (MQ=21) cGGCCTTTCCCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGAGGCCTTCCACAATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGcca‑c < 2:163737/239‑1 (MQ=255) cGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCCGTTCTATGGCTCCAGATGCCAAACATGATCCCA‑TATTCAGGACTTGTTCGACCCTTCCCTACCGCTgatgccc > 1:264813/1‑232 (MQ=11) 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ggggTAAAACGGCTCGATGAATTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTATGACGACGCTTACTGCTGACTTCAATGTCGGCATAGGTAAGTTTATGACTCCTCATGAACCCTGTTCTTTGGCCCCAGCTGACAAACAT‑AAGTCACTATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACGCTGTAcccccagtaccccgaccctttt > 2:658797/1‑220 (MQ=11) ggTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAAc < 1:863514/226‑1 (MQ=40) aaaCGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGACATTGCGGAACGAc > 1:314425/1‑239 (MQ=255) 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gTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGC‑TTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAC‑AGAAAATACCCATAGCTCCATACCCGGAg > 1:370742/1‑238 (MQ=255) cGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGC‑TTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAC‑AGAAAATACCCATAGCTCCATACCCGGAGTc < 1:894347/238‑1 (MQ=255) atgatgAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGC‑TTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAC‑AGAAAATACCCa < 1:673788/196‑1 (MQ=255) atgatgAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTAATGCATTGAGC‑TTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAC‑AGAAAATACCCa > 2:673788/1‑196 (MQ=255) 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ATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCA‑TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACGCTGTAGCCA‑CCAGAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGC‑TTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAC‑AGAAAATACCCATAGCTCCATACCCGGAGTCAGTTTTTAAAAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCG > NC_000913/2289879‑2290345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |