| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 458799 | 6 (0.090) | 78 (1.170) | 61/276 | 0.0 | 93.0% | intergenic (+99/‑89) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | = 609347 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
GGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGA > NC_000913/609210‑609484 | ggAGCTTACAGGTCGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAg < 2:160029/143‑1 (MQ=11) ttACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTACTc > 1:258803/1‑143 (MQ=17) cAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATcccc < 1:948180/143‑1 (MQ=37) ggTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACTCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGc < 1:679151/143‑1 (MQ=38) ggTGGCCATTCGTGGGACAGTATCACGGACAGCATACAGAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGc < 2:570442/143‑1 (MQ=255) ccATTGGTGGGACAGTGTGCCTGACAGCCTACAGAGCGCAAGTGAAGGACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGTGTCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATc < 2:1105447/143‑1 (MQ=14) aTTCGTGGGACAGTAACCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCACGCATATCCg > 2:917148/1‑143 (MQ=255) tGGGACCGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCCAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCCGATGGTTCAACCCTTAAGTTCGCGCTCATGGGAGTACACCCCGCATCTCCGGttct > 2:432361/1‑141 (MQ=11) gagaGTATACCTGACAGACGACGAAACGCAGTTGAGGATCGCGGGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTAAGATGGTTCACCTCGTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcag < 2:210269/140‑1 (MQ=17) gACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGACTTAACGAGGCACCGACGCCACGCCTTCTCCAGACGCTTCCACCCTTAAGTTAGCGCCTAAGGGACTAATCCCCACAGAACCggcgccaac > 2:241049/1‑136 (MQ=11) tATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgccaggtcag > 2:707084/1‑143 (MQ=255) ccTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATg < 2:875656/143‑1 (MQ=255) gACAGGCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTATCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTa < 2:393077/143‑1 (MQ=255) aCAGCCTACAAAACGCACTCGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTaa < 1:413211/143‑1 (MQ=255) aGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTCAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCACATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAgg > 2:182028/1‑143 (MQ=255) aGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAGGGTAggg > 1:1196503/1‑143 (MQ=255) ccTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATGTCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGcc > 1:778874/1‑142 (MQ=255) ccTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCa > 1:776529/1‑143 (MQ=255) ccTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTCCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCGTAATCCCCGCACATCCGGTTGTCAGGTCGGGATGGTACGGCa > 2:495105/1‑143 (MQ=17) tACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCCTATCCGGTTGTCCGGTCAGGATGGTCAGACAcc > 1:112231/1‑143 (MQ=255) aaagCGCAATTGAAGAACGCGGGGCAGCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGc < 2:340574/143‑1 (MQ=255) cGCAATTGAAGAACGCGAGGCCTCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCAGGTCGTCAGGGCAGGGTGGTAACGCCCCTGCTTTa > 2:133908/1‑143 (MQ=18) cGCAATTGAAGAACGCGAGGCAGCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTAAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTa < 2:1105657/143‑1 (MQ=255) gCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTac < 2:1055522/143‑1 (MQ=255) aaTTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTacac > 2:29595/1‑143 (MQ=255) ttGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACtt > 2:619726/1‑143 (MQ=255) gatggaCGCGAGGCAGCGGCTGAGCGAGGCACCGAGGCGTCGCAGTCTTCAGATGGTTCGACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCTGGTTTTCAGGTCAGTATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTc < 2:476528/138‑1 (MQ=21) aagaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCg < 1:670210/143‑1 (MQ=255) aagaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCg > 1:570725/1‑143 (MQ=255) agaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCga > 1:174529/1‑142 (MQ=255) agaaCGCGAGCCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGc < 1:496432/143‑1 (MQ=255) gaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGcc > 2:714694/1‑143 (MQ=255) gaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGcc > 1:662358/1‑143 (MQ=255) gcgAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTg < 2:580864/143‑1 (MQ=255) gcgAGGCATCGTCTTAACGAAGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCGTATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGTCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTg > 1:782857/1‑143 (MQ=255) ccgATGCATTGTTTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAATGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGtc < 2:768393/142‑2 (MQ=255) cgAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTCTCGCACGTgg > 2:611958/1‑143 (MQ=255) cGTCTTAACGAGGCACCGAGGAGACGCATTTATTAGCAGAGCGAGGTCTGTAGGTAGCGCTTATGGGAGTAATACTCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGAt < 1:1183799/143‑1 (MQ=255) gtattAACGAGTCACCGAGTCGTCGTAGTCGTCAGGTGCGCCAACCCTCAAGTTAGCGCTGATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGGTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATg < 2:526242/140‑1 (MQ=255) gTCTTAGCGAGGCACCGATGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAGCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATg < 2:229598/143‑1 (MQ=255) tCTTAGCGAGCCAGCGAGGGGCCGTATTCTTCAGGTGGTTCATCCCGTATGTTAGCGCTTATGGGAGTAATGCCAGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTTAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATgg < 2:404091/143‑1 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCCGGCGGAGCATCCCGTAAGTGAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCACCCGTGGTCAGTGAtag > 2:143905/1‑141 (MQ=37) cTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGc > 1:151651/1‑143 (MQ=255) ttAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCt > 2:1017386/1‑143 (MQ=255) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTACGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTCGTCAGTGACGGCTGc > 1:74390/1‑143 (MQ=255) gAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCggg < 1:938380/143‑1 (MQ=255) gTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATCGCTGCGGGCGAACCGTACCAg > 1:254440/1‑143 (MQ=255) tCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGa > 1:783784/1‑143 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTTCCAGAtg > 2:219167/1‑143 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGCAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGAtg > 1:844881/1‑143 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGACTCGTACCCGAtgtt > 2:313559/1‑143 (MQ=255) tcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGGTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGAtgttgt < 2:996115/143‑1 (MQ=255) cttcGGATGGTCCAGCCCTTAGGTTAGCGCTTATGCGAGTACTCCCCGCATATCCGGTTGTCGGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTc < 2:823073/143‑1 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTc < 2:620970/143‑1 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCCGGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGCATCGTACCCGACGTTGTCa > 2:1047136/1‑143 (MQ=39) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCaa > 1:81600/1‑143 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAAtt > 2:914210/1‑143 (MQ=255) ttCAACCCTTTAGTCATGGTTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCgt < 2:698051/143‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACCTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGCTGTTGTCAATTAATCGTGtt > 1:531121/1‑143 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGAAAGGCACCTGCTTTGCACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGACGCGTACCAGATGTTGTGACTTAATCGGGtt > 2:752134/1‑143 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAAGTAATCGTGTTGGcac > 1:736784/1‑143 (MQ=255) gcTTATGGGGGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGa < 2:1082930/143‑1 (MQ=255) | GGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGA > NC_000913/609210‑609484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |