New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1201211 | 139 (1.080) | 3 (0.020) | 3/406 | NT | 2.1% | intergenic (‑179/‑286) | xisE/ymfI | e14 prophage, putative excisionase/e14 prophage, uncharacterized protein |
? | NC_000913 | = 1201229 | 151 (1.230) | intergenic (‑197/‑268) | xisE/ymfI | e14 prophage, putative excisionase/e14 prophage, uncharacterized protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGG > NC_000913/1200980‑1201447 | ttACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAgg > 1:1039611/1‑237 (MQ=255) ttCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAATAActg < 1:386989‑M2/239‑4 (MQ=255) ttCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGAATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATAGACCCTGCACGGTCGGTTAGATTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGTTCGGGTTATTAACCCGTCATCAGGGGATAATCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGTCTAAGGAAAACActg < 2:616364‑M2/239‑4 (MQ=255) cacacgcccttcCTTCAAGATTTAACTTTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTCCTACACTATCTGCTTAGTCTCAGCATAGCGCCCCTGCACGGTGGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCCCCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGTTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCCCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAActggt > 2:584874‑M2/6‑234 (MQ=255) ttcttcAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAActggtaccgcccttt > 2:374036‑M2/1‑224 (MQ=255) cAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCCCCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAActggtaccgccctttttaca > 1:1209650‑M2/1‑219 (MQ=255) cAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTac > 1:1297040/1‑238 (MQ=255) 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aaaCATTTGAAGCATAGCCGACCCCCTTATTACTACCCTAACTGCTTAGTCTAGGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTACCCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCa < 2:1331316/238‑1 (MQ=255) aaCATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTacaca > 1:880025/1‑233 (MQ=255) aaCATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCAt > 1:1331316/1‑239 (MQ=255) 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cacTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGc > 1:934815/1‑239 (MQ=255) cacTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGc > 2:311381/1‑239 (MQ=255) cacTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGc > 1:1117551/1‑239 (MQ=255) cacTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGc > 1:680328/1‑239 (MQ=255) tctacgccTTAGTCTCAGCAAATCGACCCTGCACGGACGGTTAGTTTCTCCCCAAAACAGAAAAA‑AGCCCTGGTGGCCACAGCTTCAAGGATGGGTGGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCGGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAAAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGa < 2:76732/232‑1 (MQ=255) cTAACTGCTTAGCCCCAGCATATCGCCCCTGCACGGGCGGTTAGTTTCTCCACAAACCAGAGAAG‑AGCCCCTGTGGCCACAGCTATCGGGATGGGTCGGGTTATTACCCCGTCATCGGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTCCCAGAAAGGACTAAGGAAAAACCTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGa < 2:1117551/239‑1 (MQ=255) 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cATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGa < 1:1368379/239‑1 (MQ=255) cATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAAACCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAAAGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGa > 1:1369799/1‑239 (MQ=255) gggATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGttttttccttagtcctttctggtaccgccctttttacaaaacagagaagagtatccccggatgacgggttaataacccgaccc < 1:1217147‑M1/122‑84 (MQ=255) gATACTCTTCTTTGTTTTGAAAAAAGGGGGGTGCCAAAAAGGACTAAGAAAAAACCTGGGACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACt < 2:756685/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |