New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1201211 | 139 (1.080) | 3 (0.020) | 3/406 | NT | 2.1% | intergenic (‑179/‑286) | xisE/ymfI | e14 prophage, putative excisionase/e14 prophage, uncharacterized protein |
? | NC_000913 | = 1201229 | 151 (1.230) | intergenic (‑197/‑268) | xisE/ymfI | e14 prophage, putative excisionase/e14 prophage, uncharacterized protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAG > NC_000913/1200994‑1201465 | ttCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAATAActg < 1:386989‑M2/239‑4 (MQ=255) ttCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAActg < 1:1361829‑M2/239‑4 (MQ=255) ttCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGAATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATAGACCCTGCACGGTCGGTTAGATTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGTTCGGGTTATTAACCCGTCATCAGGGGATAATCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGTCTAAGGAAAACActg < 2:616364‑M2/239‑4 (MQ=255) cacacgcccttcCTTCAAGATTTAACTTTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTCCTACACTATCTGCTTAGTCTCAGCATAGCGCCCCTGCACGGTGGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCCCCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGTTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCCCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAActggt > 2:584874‑M2/6‑234 (MQ=255) 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ttAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTacaca > 2:546870/1‑235 (MQ=255) aaCATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTacaca > 1:880025/1‑233 (MQ=255) aaCATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTacaca < 2:880025/233‑1 (MQ=255) 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gTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGGTGCACACCAGGCGGGGGGGTATCCCCAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGGGGGCTGAGCCGCAGCCACCACAACGCAAAGGATCCTCTCTGGtt > 2:1132217/1‑239 (MQ=255) tCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTg > 1:473562/1‑239 (MQ=255) cATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGa < 1:1368379/239‑1 (MQ=255) 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TTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGTTAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATATCGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAG‑AGCACCTGTGGCCACAGCTATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAAAAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCATAAAGTTGTGGTGTCGGGTGCCCCCGGTGCCTGGCGAAGGTTGCACACCAGGCGGGTGGGTATCCACAGAAGGTCGATTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAG > NC_000913/1200994‑1201465 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |