| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4499512 | NA (NA) | intergenic (+11/+82) | insD1/yjgX | IS2 transposase TnpB/pseudogene fragment | |||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGT > NC_000913/4049764‑4050047 | tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTAc > 2:340839‑M1/139‑143 (MQ=255)cATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTAAAAAACTAAATCTAAAATTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTAc > 2:646720/1‑143 (MQ=255) cgcggtaggccgtctgcgttcttcctgccctaagacatcagtcatctgttctccaatgacgagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggtggtctggagattcagggggccagtctaGGTACag > 1:282451‑M1/137‑143 (MQ=255) gCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAAAAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGGACtgg > 2:847472‑M1/1‑140 (MQ=255) tttCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgc < 2:776402‑M1/143‑10 (MQ=255) tttCGTAAATAAGCAACACAAGCTGTGACATTTAGAGATAGATATAAGAAATTCATATACAACAACTAAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTTATCAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTActggatctgc < 1:776736/143‑10 (MQ=255) gtaagtaaGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcacct > 1:478134‑M1/1‑130 (MQ=255) tctgcgtttctccggccctaagacctcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGtt > 1:96688‑M1/125‑143 (MQ=255) taagtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgccccta > 2:304987‑M1/1‑129 (MQ=255) 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ttatacatcactcatctgttctccaatgactcgtctaataactagtattaatactatcacttatttaagtgatattcgttttctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCtttt > 2:696155‑M1/107‑143 (MQ=255) tCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttat > 2:640079‑M1/1‑109 (MQ=255) aCGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAATAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGATACtggatttgcccctctatttccagacctctgttagca > 1:325173‑M1/1‑107 (MQ=255) aCGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGTGTAAtggatttgcctctatatttccaggcatctgttatca > 2:119510‑M1/1‑107 (MQ=255) aCGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 2:399092‑M1/1‑107 (MQ=255) 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ttcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCg > 1:570181‑M1/18‑143 (MQ=255) gggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAAt > 2:66620‑M1/14‑143 (MQ=255) gTTAGTCGCGTAGGGTGCtggatgtgcccctatatttccagacatcttttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagtgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc < 1:160259‑M1/143‑126 (MQ=255) ggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCAGTAATg < 1:501488‑M1/131‑1 (MQ=255) gtacgcgtagCGTACtggatttgcccctatattccccgacatctgttatcacttaacccattacaagccgcctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa < 2:343445‑M1/140‑129 (MQ=255) 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NC_000913/4049764‑4050047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |