| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4049902 = | 3 (0.050) | 68 (1.160) | 57/284 | 0.0 | 95.8% | noncoding (5/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | 4498182 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology,IS, phage, Tn, Phage‑related functions and prophages, KpLE2 phage‑like element, P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
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TGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTA > NC_000913/4049760‑4050044 | tGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAgg > 1:231052/1‑143 (MQ=255)tGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTCTGAAAAGGCTATTAGAAATTACTATGCAACCACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTAAGCCGCGCAgg > 1:554541/1‑143 (MQ=255)cgAACATGCCTCTTTTCGAAAGTAAGCAACATAAGCTGGCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAgg < 2:49814/142‑1 (MQ=255) tgtggggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTAc < 2:586689‑M1/5‑1 (MQ=255) 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cAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttcca < 2:100082‑M1/143‑23 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtataaagactatcacttatttaagtgatcttggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCa < 2:42185‑M1/29‑1 (MQ=255) cATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCGGAACTGAACAAAACAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccccatagttccagg > 1:489088‑M1/1‑119 (MQ=255) cATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggaattgcccctatattcccagac > 1:489034‑M1/1‑118 (MQ=255) cggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggcgattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGa < 1:346824‑M1/31‑1 (MQ=255) 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agTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactgtgcggatgccactcgttata > 2:784925‑M1/1‑24 (MQ=255) ttcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGCCCTTTTACTTCACGTAATCGGAGTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCg > 2:69794‑M1/18‑143 (MQ=255) tAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataccccagcgcaccacgcggctgcccttcgctacaat > 1:659882‑M1/1‑22 (MQ=255) aacgtgagtcgcgTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttagcccattaccagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatg < 1:764142‑M1/137‑123 (MQ=255) gggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAAt > 2:794550‑M1/14‑143 (MQ=255) gggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAAt > 2:191399‑M1/14‑143 (MQ=255) ggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGcc > 1:420352‑M1/11‑143 (MQ=255) ggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGcc > 2:933977‑M1/11‑143 (MQ=255) aGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa < 2:886889‑M1/143‑129 (MQ=255) gtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATg < 2:646941‑M1/138‑1 (MQ=255) ctaGGGACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATgcg > 2:51080‑M1/4‑143 (MQ=255) | TGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTG‑AAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTA > NC_000913/4049760‑4050044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |