| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 4049906 | 2 (0.030) | 71 (1.210) | 55/284 | 0.0 | 97.3% | noncoding (9/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 4499512 | NA (NA) | intergenic (+11/+82) | insD1/yjgX | IS2 transposase TnpB/pseudogene fragment | |||||
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ATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTT > NC_000913/4049765‑4050048 | gtgtggtacgccgtctgcgtttctccggacctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtatggagattcagagggcaagcctaGGTACa < 1:328483‑M1/6‑1 (MQ=255) gCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtgg > 1:121998‑M1/1‑140 (MQ=255) gCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtgg > 1:668966‑M1/1‑140 (MQ=255) gCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtgg < 1:418840‑M1/143‑4 (MQ=255) tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACagag < 2:705331‑M1/9‑1 (MQ=255) ttgttttccgAAGTAAGTAATATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGAAACAACTGAAAAAAAAGTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggat < 1:316843‑M1/140‑6 (MQ=255) cTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTTTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAACAGTAAAGTTAGTCGCGTCGGGTACtggat > 1:329150‑M1/1‑138 (MQ=255) ttttttCGTAAGTAAGCACCGTAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggaat > 1:529413‑M1/1‑137 (MQ=255) tttCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgc < 2:850602‑M1/143‑10 (MQ=255) 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caatcatctgttctccaatgactaggctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACg > 2:875683‑M1/99‑143 (MQ=255) ttctgatgGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 2:360209‑M1/140‑42 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatatgggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGGTGTTCTATGTTTCAGACCTTTTACTTCACGt < 2:53904‑M1/46‑1 (MQ=255) tgtatggCTATTAGAAATTCATAGGAAACAGTTGGGCACAACTTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 1:714422‑M1/140‑44 (MQ=255) gtgATGGCTAGTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 2:250358‑M1/143‑44 (MQ=255) 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ggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGcc > 2:933977‑M1/11‑143 (MQ=255) aGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa < 2:886889‑M1/143‑129 (MQ=255) gtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATg < 2:646941‑M1/138‑1 (MQ=255) ctaGGGACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATgcg > 2:51080‑M1/4‑143 (MQ=255) aGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCt > 1:469116‑M1/2‑143 (MQ=255) tACtggatttgcccctctcctcccacacatctgttatcacttaacccagtacgagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaag < 1:402937‑M1/143‑141 (MQ=255) tACtcgatttgcccctatatgtccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaag < 2:49006‑M1/143‑141 (MQ=255) aCtgtatttccccctagctttccagacatctgatatcacgtaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaagg < 1:752724‑M1/143‑142 (MQ=255) aCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagataatcacgtggtgagcggtaacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaagg > 2:791745‑M1/1‑2 (MQ=255) ctggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggt > 2:414893‑M1/1‑1 (MQ=255) ctggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgcagcggatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggagcccattcgttagaaagctcgaacgcccctgcacggt > 1:236316‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTT > NC_000913/4049765‑4050048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |