| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | 50 (0.800) | 42/278 | 0.4 | 86.5% | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase |
| ? | NC_000913 | = 2536318 | 8 (0.130) | coding (487/510 nt) | crr | glucose‑specific enzyme IIA component of PTS | |||||
CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATggg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2514416‑2514275‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTATCGCC < NC_000913/2536318‑2536180 CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGATTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGGCCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:337312/1‑143CCCCGGCATGACGTGCCGAAGGACCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATCTGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGAACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:874225/143‑1 ttcggcacgtaaTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:914645/13‑143 gCCGGCATTATGTGCGGAGGTATCCAGTGCTACGGGCGTACCAATAGGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:91901/142‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTACATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTCGCTCTTATGG > 2:1023347/1‑143 GGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT < 1:48387/143‑1 gccTTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGGGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTT < 2:601856/140‑1 CGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGCCCAGTTATCGTGGGAGTAATTCGTCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGCAATCCCACAACCCTTCAGTTGCCGCTGCTGGGTTCCATCCgctcgt > 1:433337/1‑137 CGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTACTTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGGTAGCGCGTATGGGTTTCACACACGGat > 1:384989/1‑141 AAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGCATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGACAAGTTAAATCATATCAGGCGTAATACAACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTAC > 1:653667/1‑143 CCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACC < 2:952426/143‑1 gcgtGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTT < 2:1114342/139‑1 CGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGCCAGTTT < 2:193797/143‑1 CGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTCATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACGGTTT < 1:787476/143‑1 GCTGACCAATAGGGGCCAGAATTGCTGACCAGATATCGGGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTAAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGAT < 2:403402/143‑1 CTTACCAATATGGGCCAGGATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATC < 2:369773/143‑1 TTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACGGTTGGAGCA > 1:769186/1‑143 TTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCA > 1:821539/1‑143 TATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAGTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTT < 2:576206/143‑1 ATGGGCCAGAATTGGTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTG < 2:110406/143‑1 CCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAACCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCCCGGTTACGCTACCGGACCGTTTGATCAGTTCTTTGGTTTC > 1:790322/1‑143 AGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATGCCACCACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACACACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTCTGATTTCGT > 2:184397/1‑143 GAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTC < 1:500867/143‑1 GAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTC < 1:497958/143‑1 AATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATTCACCCACGGGTACGCTACCGGAAAGTTTGACGAGTGCTTTGATTTCGctc > 1:197719/1‑140 TGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTCCCGGACAGTTTGATGAGTTCTTTGATGTCGTCCATGTTG > 1:67229/1‑143 CCAGTTATCGTGAGGGTAATTCATCGGTACGTTAAAGCCTATCAGGCGCTCTACCACATCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGGTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAG < 2:363264/143‑1 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGCCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTCTGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGCCAGTTTGATCAGTTCTTCGATTTCGTCCATGTTGCAGATA > 1:1017060/1‑143 TCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAA < 2:758596/143‑1 CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAAC < 2:907677/143‑1 TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACACACGGTTACGCTACTGGACAGTTTGATCAGTTCTATGATTTCGTCAATGTTGGGGGTAACAACCt > 2:1050966/1‑142 agtGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTGAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGA < 2:843120/140‑1 AGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGA < 1:337312/143‑1 GAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCATATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGAGAACAACCGGAG > 1:379875/1‑143 ATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGAGTAATACCACAACCGTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGG < 2:1040807/143‑1 GGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAATTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACT < 2:980357/143‑1 gAATCATATCAGGGCTAATACCACCACCCTTAAGTTAGCTCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTC < 2:465667/142‑1 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCT < 1:724592/143‑1 atatcgctCGTAATCCCACCCCCCTTACGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTCCTTTCATTTCGTCCATGTTGGTGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTC < 1:1059643/135‑1 ATCAGGCGTAATACCACAACCCTTCACTTCGGATTTAGGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCA < 1:1050329/143‑1 TCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGCTCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATACCAACCGGCGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAG > 2:529052/1‑143 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCGGGGTAGACTTGCCTTTCTCTTTCAACAGCcg > 1:927469/1‑141 tgccccaagcgTTAAGTGAGCGCTTAGGGGCTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGGTCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGA < 2:610539/132‑1 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGAT > 1:951531/1‑143 cttCAATCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGTTTAACTCACGGTTACGCTAGCGGAAAGGTGGAACAGGTCTTGGAGTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATC < 1:185896/140‑1 CCACAGCCCTTAAGGTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATC < 1:952284/143‑1 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGCTCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAA > 1:893947/1‑143 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGCGCCAGGGTAGACCTGGCCTTCTCTTCCCGCCCCGGCcgcgcca > 2:1060845/1‑136 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACCTAGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATacaa > 2:619791/1‑139 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCGTTCTCTTCCAGCAGCGGAAGAGCAAAT > 1:899435/1‑143 CCCTTAAGTGAGCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTC < 2:765761/143‑1 AAGTTAGCGCTCATGGGCTGCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCCTCCATGTTGGCGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGA < 1:303201/143‑1 gtgAGCGCTTATGCGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACA < 1:224912/140‑1 GCGCTTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTAg > 2:298838/1‑142 TTATGGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCGGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTATCGCC > 1:366559/1‑143 CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATATGGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATggg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2514416‑2514275‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGTTTCACCCACGGTTACGCTACCGGACAGTTTGATCAGTTCTTTGATTTCGTCCATGTTGGAGATAACAACCGGAGTCAGGGTAGACTTGGCTTTCTCTTCCAGCAGCGGCAGATCAAATTCAATGACAGTATCGCC < NC_000913/2536318‑2536180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |