| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | 50 (0.800) | 42/278 | 0.4 | 86.5% | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase |
| ? | NC_000913 | = 2536318 | 8 (0.130) | coding (487/510 nt) | crr | glucose‑specific enzyme IIA component of PTS | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTGGCGATACTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGC > NC_000913/2536178‑2536460 | aggtggcaatgcgtgggacagtatccctgacagccgacaaaacggaattgaggcacgcgaggcatcgtcttaacgtggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagtgcttataGGGTGAAACCCCg < 2:198291‑M2/13‑1 (MQ=255) ggtggccattcgtgggacagtatccctgacggcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCgg < 1:459139‑M2/14‑1 (MQ=255) ggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCgg < 1:541536‑M2/14‑1 (MQ=255) gtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcctcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcacttatgGAGTGAAACACCGGt > 1:349993‑M2/129‑143 (MQ=255) ggCGATACTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCCGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataa > 1:366559‑M2/1‑139 (MQ=255) cattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaaagcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaggttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATcc > 1:177347‑M2/124‑143 (MQ=255) tGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACGCataagcgctcac < 1:224912‑M2/143‑13 (MQ=255) tCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCGCCAACATGGAGGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGCAGCCCatgagcgctaactt < 1:303201‑M2/143‑15 (MQ=255) gacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCaaga > 1:303832‑M2/115‑143 (MQ=255) 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aTTTGCTCTTCCGCTGCTGGAAGAGAACGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggtt > 1:899435‑M2/1‑122 (MQ=255) ttgtatctgCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCTAGGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttg > 2:619791‑M2/5‑121 (MQ=255) tggcgcggccggggcGGGAAGAGAAGGCCAGGTCTACCCTGGCGCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgt > 2:1060845‑M2/8‑120 (MQ=255) tatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcgacgcttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCACGAAGTaa > 1:74219‑M2/110‑143 (MQ=255) tatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTaa < 1:729453‑M2/34‑1 (MQ=255) tagccctgacagccgacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacctttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTaa < 1:45973‑M2/34‑1 (MQ=255) tccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAAtt > 1:394952‑M2/108‑143 (MQ=255) gATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAACTCCAAGACCTGTTCCACCTTTCCGCTAGCGTAACCGTGAGTTAAACCCataagcactaacttaaggattgaag < 1:185896‑M2/143‑26 (MQ=255) gATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaccttaagggctgtgg < 1:952284‑M2/143‑26 (MQ=255) accctgaccgcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAAtt < 1:873692‑M2/36‑1 (MQ=255) 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gAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCACCAACATGGACGAAATGAAAGGACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacgtaaggggggtgggattacgagcgatat < 1:1059643‑M2/143‑41 (MQ=255) agagAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga < 1:724592‑M2/143‑43 (MQ=255) gggaatgaaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATg < 2:654296‑M2/55‑1 (MQ=255) caattgtataacgctatgcatcgtcttaactaggcatcgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAATAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGgc < 2:557452‑M2/57‑1 (MQ=255) caatggaagagcgcggtgcatcgtcttaacgtggcagcgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATGCTTGCCGCAGTGAAAAATGgc < 2:949126‑M2/57‑1 (MQ=255) 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2:348512/1‑135 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccctattggtacgcccgtagcactggatacctccgcacataatgccggc < 1:91901‑M2/143‑142 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcattacgtgccgaa > 1:914645‑M2/1‑2 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgttccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccagattggtaagcccgaagaactgggtccttcggcacgtcatgccgggg < 1:874225‑M2/143‑143 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggccagcaattctggcccatattggtaatcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccgggg > 2:337312‑M2/1‑1 (MQ=255) | TTGGCGATACTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCACTTCCAGTACGC > NC_000913/2536178‑2536460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |