New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2515612 | NA (NA) | 66 (1.050) | 49/280 | 0.2 | 95.7% | intergenic (+171/+29) | insL1/yfeA | IS186 transposase/putative diguanylate cyclase |
? | NC_000913 | 2536308 = | 3 (0.050) | coding (477/510 nt) | crr | glucose‑specific enzyme IIA component of PTS |
GAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTCTCGACAAACTCCGCGACCA > NC_000913/2515475‑2515750 | gAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGGCAGCGTACAAAACGCACTTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATa < 2:488907/143‑1 (MQ=2) tACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCTAATTcc > 2:458365/1‑143 (MQ=18) aGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGCATCACGCGAGGCATCGTCTTCTCTAGGCACCGTGGCGTCGACTTCTTCAGATGCTTCAACCCTTGACCTAGCCGTCCTGGGCTAATTCGCCg > 2:465806/1‑143 (MQ=2) aGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCCTCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGATTAAAAAATTAAATAAGCGCTTATGAGATAATACCCCg > 1:867734/1‑143 (MQ=11) aGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCg < 2:194292/143‑1 (MQ=35) gTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGAGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCATCGCATTGTTCAGATGGTTCCACCCTTCAGTTAGCGCTTATGAGATAATTCCCCGGt > 2:562019/1‑143 (MQ=11) ccATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGTAGTTCGCGTGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttttt < 1:367159/143‑1 (MQ=255) aTTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCATTCCCCGGtgttttt > 2:800741/1‑143 (MQ=18) tggATAGTATCTTTGACAGTCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCTTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCt < 2:568604/142‑1 (MQ=14) gggCCAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCt < 2:588387/143‑1 (MQ=255) gACAGTATCCCTGACAGTCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGt < 2:898152/143‑1 (MQ=255) gACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCCTCGTCTTCACGAGGCCCCGACGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTACGTTCGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGGTCTTTTCCGccact > 2:118733/1‑140 (MQ=11) tATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCCTATGGGATAATTGCCCGGATTTTTTACGCCAGTTCAta > 2:165299/1‑142 (MQ=14) tCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAg < 1:187328/143‑1 (MQ=255) cTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGCCTAAACAACGCACCGAGGCGTCGCATCCTGCATATCGTTCAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGCGATAATCCCCCGGTCTTCCTACGCCTGTTCACCCGCTa > 2:92661/1‑143 (MQ=14) aGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACGCTTAAGGTAGCGCTTGTGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTCCGGCGGTAAATGACCTAATGGc > 2:779708/1‑143 (MQ=14) aGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCGTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTGATCAGCTAAtagg > 2:651476/1‑140 (MQ=255) cTACAAAACGCGATTGAAGATCGCGATGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGc < 1:882693/143‑1 (MQ=255) tACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGACGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCAGTCAATCAGCTAATGGCTGCg > 1:838596/1‑143 (MQ=255) aCAAACCGCACTTGCAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCgg < 1:71395/143‑1 (MQ=255) aaaaCGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATGATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGc > 1:1075663/1‑143 (MQ=255) aaaaCGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGc > 1:1095137/1‑143 (MQ=255) cAATTGAAGAACTCGTGGGATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCaa < 1:871198/143‑1 (MQ=255) cAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTATTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCaa > 1:11355/1‑143 (MQ=255) aTTGAAGAACGCGAGGCAACGTCTGAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATc < 1:4821/143‑1 (MQ=255) agacCGCGAGGCATCGTCTTAACGACGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATa < 1:365094/143‑1 (MQ=255) agaaCGGGACGCACCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATa < 1:935869/143‑1 (MQ=255) gaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATAc > 1:483564/1‑143 (MQ=255) aCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATAccc < 2:333250/143‑1 (MQ=255) gcgAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCACTCATATCCCCtt > 1:135633/1‑143 (MQ=255) cggggCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAGGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTCATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTg < 2:544434/140‑1 (MQ=255) gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTCATCCGCTAATGGCTTCTGGCGACCAATCAAATACACttac > 1:380618/1‑141 (MQ=21) gTCTTAACGAGACACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGATCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCACCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCACTCAAATACCCTTGCAGatatct > 2:191032/1‑141 (MQ=255) cTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACTCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGTGACCAATCACATTCTCTTGCAGATATTGCa > 2:1022852/1‑143 (MQ=25) aCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCCGCGGGCGACCAACCTAATACCCTCGCAGCTATTGCGccac > 2:213714/1‑141 (MQ=25) aGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAg < 2:444322/143‑1 (MQ=255) ggCACCGAGGCGTCGCATTCGTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGc < 2:567245/143‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTGCAACCCTTAAGTTAGCGATTATGAGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTAt < 1:1055618/143‑1 (MQ=255) cGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCGGGGCTTATg > 2:920244/1‑143 (MQ=255) cGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATg < 2:534707/143‑1 (MQ=255) gccgcgggagttctcAGATGGTTCGACCCTGAAGTGAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCaa < 2:244711/130‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTCTGCAATa > 1:886036/1‑143 (MQ=255) gtctgaTTCTTCAGATGGTTCATCCCTTAACTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAg < 2:869611/138‑1 (MQ=255) tCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATATCCTTCCAGATATTGCACCAAGAGCTTACGCAATAgc > 2:285214/1‑143 (MQ=38) cGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATCGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACTCCTGTTTATCAGCTAATGCCTGCGGGCGTCCAATCAAATACCCCTCCACCCATTGCCCCCCGCGCTTATGCaacaccc > 2:314715/1‑138 (MQ=25) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAGTACCGTTGCAGATATTGCACCCGGAGCTTATGCAATGGCGCct > 1:881029/1‑143 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCctgctg > 1:921186/1‑143 (MQ=255) ggtGGTTCAAGCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCGCGGTTTTTGTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGt < 2:1082586/141‑1 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTCTGCCATAGCGCCCGCTGCTGtt > 1:564786/1‑143 (MQ=255) ggTTCAACCGTTAAGGTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTCTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGc < 1:69795/143‑1 (MQ=255) ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGc < 2:521767/143‑1 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCg > 1:997139/1‑143 (MQ=255) ttcagtccgtAAGTGAGCGCTTATGGGATAAGTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGAGATGGCGCCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGt < 2:445964/134‑1 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCGCCCTGCTCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGtct < 2:796392/143‑1 (MQ=255) ctcccTTCAATGAGCACTTCTGGCATAATTCCCCCGTTTTTTTACGCATGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGCCGACCAATCAAATTCCCTTGCAGATATTGCACCCCGATCTTATTCAATAGCCCCTGCTGCTGTTGCGtctc < 2:827062/141‑1 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTCTCg > 1:81107/1‑143 (MQ=255) aCCCTGAAGTCAGCGCTTATGCGCTAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCACATACCCTTGCAGTTATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTCTCg < 1:125044/143‑1 (MQ=255) aCCCGTAAGTTAGCGCTGATGGGATAATTCCCCGGTTGTCTTACGCCTGTTACTCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTCTCg < 1:125528/143‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCGTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTATCGACa > 1:1001/1‑143 (MQ=255) ttATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTCTCGACAAACTCCGCGACca < 2:483564/143‑1 (MQ=255) | GAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCTTGCAGATATTGCACCCCGAGCTTATGCAATAGCGCCTGCTGCTGTTGCGTCTCGACAAACTCCGCGACCA > NC_000913/2515475‑2515750 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |