| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2515612 | NA (NA) | 66 (1.050) | 49/280 | 0.2 | 95.7% | intergenic (+171/+29) | insL1/yfeA | IS186 transposase/putative diguanylate cyclase |
| ? | NC_000913 | 2536308 = | 3 (0.050) | coding (477/510 nt) | crr | glucose‑specific enzyme IIA component of PTS | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AGCGCGTGAAAGTTGGCGATACTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCAC > NC_000913/2536166‑2536449 | tctggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgg > 2:387941‑M2/143‑143 (MQ=255) tggcgcttacaggtggccaggcgggggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggg < 2:942702‑M2/3‑1 (MQ=255) ggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGt > 1:3635‑M2/140‑143 (MQ=255) ggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggagccgcattcttcatgttgttcaacccttaagttagcgcttatgGGGt < 1:211928‑M2/4‑1 (MQ=255) gcttcaaaGTTGGCGTTACTGTCATTGATTTTGATCTGTTGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCGTGGCACCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGt < 1:647324/138‑1 (MQ=255) ttGGCGATACTTTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAATGTCAATTCTACCCTGTCTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAGCTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGtttcacccac < 1:397216/143‑10 (MQ=255) aggtggcaatgcgtgggacagtatccctgacagccgacaaaacggaattgaggcacgcgaggcatcgtcttaacgtggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagtgcttataGGGTGAAACCCCg < 2:198291‑M2/13‑1 (MQ=255) ggtggccattcgtgggacagtatccctgacggcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCgg < 1:459139‑M2/14‑1 (MQ=255) ggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCgg < 1:541536‑M2/14‑1 (MQ=255) ggCGATACTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCCGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataa > 1:366559‑M2/1‑139 (MQ=255) ctaCTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgc > 2:298838‑M2/2‑135 (MQ=255) tGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACGCataagcgctcac < 1:224912‑M2/143‑13 (MQ=255) cgggggacggtgtccctgacggcctacaatacgcaatggaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCAt < 2:1099667‑M2/24‑1 (MQ=255) tCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCGCCAACATGGAGGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGCAGCCCatgagcgctaactt < 1:303201‑M2/143‑15 (MQ=255) gtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttacgttcgcgcttatgGGGTGAAAACCCGGATATCAGCata > 1:435224‑M2/119‑142 (MQ=255) gggacagtatccctgccagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatgtttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCaa < 1:315420‑M2/27‑1 (MQ=255) gacagtatccccgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCaaga < 1:272709‑M2/29‑1 (MQ=255) gAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctcacttaaggg < 2:765761‑M2/143‑20 (MQ=255) acggtatcccttacagcctacacaacgcaatggaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCaagaa < 2:112456‑M2/30‑1 (MQ=255) acagtatccctgacagcctgcaaagcgcaattgaagaacgcgaggtagcgtcttaacgaggcaccgaggcggcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCaagaa < 2:74453‑M2/30‑1 (MQ=255) acagtatccctcacagcccacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCaagaa < 1:413802‑M2/30‑1 (MQ=255) ttgtatctgCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCTAGGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttg > 2:619791‑M2/5‑121 (MQ=255) ttGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGAGCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgt > 1:893947‑M2/1‑120 (MQ=255) tggcgcggccggggcGGGAAGAGAAGGCCAGGTCTACCCTGGCGCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgt > 2:1060845‑M2/8‑120 (MQ=255) tatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcgacgcttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCACGAAGTaa > 1:74219‑M2/110‑143 (MQ=255) tatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTaa < 1:729453‑M2/34‑1 (MQ=255) gATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAACTCCAAGACCTGTTCCACCTTTCCGCTAGCGTAACCGTGAGTTAAACCCataagcactaacttaaggattgaag < 1:185896‑M2/143‑26 (MQ=255) gATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaccttaagggctgtgg < 1:952284‑M2/143‑26 (MQ=255) accctgaccgcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAAtt < 1:873692‑M2/36‑1 (MQ=255) accatgacagccaacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggctcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAAtt < 1:1097269‑M2/36‑1 (MQ=255) aTCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggt > 1:951531‑M2/1‑117 (MQ=255) tCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGACCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAGCCCctaagcgctcacttaacgcttggggca < 2:610539‑M2/143‑28 (MQ=255) ctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgGGGTGACACCCCGGTTATCCGCATCCAGACGTAATTCtt > 1:893820‑M2/105‑143 (MQ=255) cggctgttgaAAGAGAAAGGCAAGTCTACCCCGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 1:927469‑M2/3‑112 (MQ=255) 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tGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaa > 1:821539‑M2/1‑39 (MQ=255) gATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttcagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaatcctggcccatattggtaag < 2:369773‑M2/143‑106 (MQ=255) aaaCTGGCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccg < 2:193797‑M2/143‑110 (MQ=255) aaaCCGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgatgactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccg < 1:787476‑M2/143‑110 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTctcatacaa > 1:651778‑M2/20‑139 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCAtgctg > 1:839370‑M2/20‑143 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGCAGTAATTCTTGCCGTAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCAGTTTGTTATGGTTCCGCCATCGGCGGCAAAAGCCACTGATCGGTgtcatggtcc > 1:371371‑M2/19‑139 (MQ=255) ggTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactgg < 2:952426‑M2/143‑119 (MQ=255) ggtagggcttaggGGGTGAAACCCCCGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGgt < 1:338570‑M2/130‑1 (MQ=255) tagcgcttatgGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGCAAAATGGCGCCCATCGGCGCCAGTTTTTTATGCTTCCGCCCGCGGCGGCAAAAGCAATTCATCCCTCCCATCCtgcggggcga > 2:838492‑M2/12‑140 (MQ=255) gTAACCGTGGGTGAAACCCataagcgctaacttaagggttgttgtattacgcctgatatgatttaacttgtcgatgaattactctcacgataactggtcagcaatgctggcccatattggtaagcccgaagaactggatactt > 1:653667‑M2/1‑19 (MQ=255) atccgtGTGTGAAACCCatacgcgctaccttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaagtactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcg > 1:384989‑M2/3‑17 (MQ=255) acgagcggatggaacCCagcagcggcaactgaagggttgtgggattgcgcctgatatgatttaacgtgccgacgaattactcccacgataactgggcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcg > 1:433337‑M2/7‑17 (MQ=255) gGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCCTTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAACATCCATTCATCGCTCTCATGCTGCTCGGTTTAGCGCCTCAc > 2:164999‑M2/2‑143 (MQ=255) gGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCatccc > 1:340190‑M2/2‑141 (MQ=255) gGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCAc > 1:485353‑M2/2‑143 (MQ=255) | AGCGCGTGAAAGTTGGCGATACTGTCATTGAATTTGATCTGCCGCTGCTGGAAGAGAAAGCCAAGTCTACCCTGACTCCGGTTGTTATCTCCAACATGGACGAAATCAAAGAACTGATCAAACTGTCCGGTAGCGTAACCGTGGGTGAAACCCCGGTTATCCGCATCAAGAAGTAATTCTTGCCGCAGTGAAAAATGGCGCCCATCGGCGCCATTTTTTTATGCTTCCGCCAGCGGCGGCAAAATCAATTCATCGCTCTCATGCTGCTGGGTGTAGCGCATCAC > NC_000913/2536166‑2536449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |