| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4049912 = | 0 (0.000) | 43 (0.960) | 35/284 | 0.2 | 100% | noncoding (15/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | 4498182 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology,IS, phage, Tn, Phage‑related functions and prophages, KpLE2 phage‑like element, P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
TTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCA > NC_000913/4049772‑4050053 | cctgtgtggtccgccgtctgcgtttctcccgccctaagccatcaatcgtctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTaa > 1:71506‑M1/141‑143 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaaaacaataagttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGa < 1:653200‑M1/5‑1 (MQ=255) tCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAGAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGAT > 1:395832‑M1/1‑143 (MQ=255) taagtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGga < 1:225502‑M1/143‑3 (MQ=255) ggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTc > 2:364905‑M1/134‑143 (MQ=255) aagtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgat > 1:664059‑M1/1‑140 (MQ=255) gacgccctctgcgcttctccggccctaagacatcaatcctctgttctccattgtctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTa > 2:384170‑M1/132‑143 (MQ=255) gCACCACAAGATGTCACGCTTTGTAATCGTCATTCGAAATTCCTATGCAACAACTTAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgccc < 1:485673‑M1/143‑10 (MQ=255) gCAACATAAGCTGTCACGTTTTGAGATGGCTAATAGAAACTCCAATGCAACAACAAAAAAAAAATTACAAAAAGTGGTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgccc < 2:141877‑M1/143‑10 (MQ=255) ccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGAGGTTCTATCtt < 1:231779‑M1/16‑1 (MQ=255) gtctgcgtttctccggtcctaagacattaatcatctgttctcgaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTc > 2:508764‑M1/126‑143 (MQ=255) aaCATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACCGAGGTAAGATGgatttgcccct < 2:96904‑M1/143‑12 (MQ=255) aTAAGCTATCACGTTATGAGAGGGCAATTAAAAATTCCTATGAAAAAACAGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctata < 2:652072‑M1/143‑15 (MQ=255) gtcgccggccctatcacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagcgatatgggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCttt > 2:721797‑M1/118‑143 (MQ=255) ctctccgcccctgagcgagcaagcatctgtgctccaatgactagtctaaaaactagtattaaggcgatcacgtatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCttt > 2:713239‑M1/118‑143 (MQ=255) cggtcACGTTTTGCGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttcc < 1:423613‑M1/141‑20 (MQ=255) cTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGCAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctacatttcc > 2:400284‑M1/1‑124 (MQ=255) cGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacat > 1:572041‑M1/1‑118 (MQ=255) cGTTTCGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacat < 2:396916‑M1/143‑26 (MQ=255) ttttGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGCGTAAAGCTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgacttgcccctatatttccagacatct > 2:513912‑M1/1‑116 (MQ=255) ttgtgggatggctATTAGCAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTGAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatct < 1:676629‑M1/137‑28 (MQ=255) ccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatctaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTGTCAGACCTTTTACGTcaa < 2:403027‑M1/34‑2 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCCGAGCTGTGACTTcacat < 2:687633‑M1/36‑3 (MQ=255) ccaacacatctatcctctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGt > 1:733574‑M1/108‑143 (MQ=255) tgATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAATAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGGAGAGAGGTAAGATGgagttgcacctatagtgcacgacagctgttat > 2:10014‑M1/1‑111 (MQ=255) aTGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatca < 1:422724‑M1/143‑35 (MQ=255) ggggtattaGAATGTCCTATGCAACAACAGCAAAAAAATTACAAAAAGTGCTCTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcac < 2:258566‑M1/139‑36 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtctttagactatgatgtatttaagtgatattgcttgtcttgagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGAtt > 1:773307‑M1/99‑143 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgaccagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGAttt > 1:270535‑M1/98‑143 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggctagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTACTCGGCTTTg < 2:585954‑M1/47‑1 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTg > 1:716456‑M1/97‑143 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactattattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCt > 2:373885‑M1/94‑143 (MQ=255) ggaagtccgatGCAACAAGGGAAGAAAAATGACACAAAGTGCGTTCTGAGCTGAACAAAAAAGAGTAAAGTGAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat < 1:678807‑M1/138‑45 (MQ=255) gAAATTCATATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGATAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccgtatatttcgagacatctgtgagcacttaaccgat > 2:103304‑M1/1‑99 (MQ=255) aaaTTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:774590‑M1/143‑46 (MQ=255) aaaTTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGATAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacgtctgttatcacttaacccatt > 1:249018‑M1/1‑98 (MQ=255) aaTTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 2:618919‑M1/143‑47 (MQ=255) aaTTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 2:2255‑M1/143‑47 (MQ=255) gtttttcaattactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatagtggatgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAat > 1:46250‑M1/90‑143 (MQ=255) 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tCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaa < 1:680865‑M1/143‑50 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGCGTTGGCTGCATAttt < 2:589112‑M1/58‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTGCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTACTCGGATTTGGCTGAATAttt < 1:194453‑M1/58‑1 (MQ=255) caatgactagtctaaaatctagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTa > 2:393882‑M1/84‑143 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagatacagggggccagtctaTATGATGTTCTCTCTTTCAGACCTTTTCCTTCACGTAATCGGATTCGGCTGAATCTTTTAgc < 2:128744‑M1/62‑1 (MQ=255) 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ggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGTATTTGGCTTAATATATTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACAGGGGCGATTTTTAATAGGAGAAAGAAAAGATCcgtactg < 2:11559‑M1/121‑4 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATg < 2:199755‑M1/121‑1 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATg < 2:455550‑M1/121‑1 (MQ=255) gcgccgcgtaggGTACAGAGGCAAGATGgctttgcccctagatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgtta < 1:635065‑M1/139‑116 (MQ=255) tgcagggggccactctaTAAGATCTTCTATCTTTCATACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGa > 2:23066‑M1/18‑143 (MQ=255) tAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatgacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc < 2:319623‑M1/143‑124 (MQ=255) ggTACCGAGGTAACATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa < 2:255452‑M1/143‑127 (MQ=255) gTACAGAGGGAAGGTGgatttgcccctatatttccagacatcggttatcacctaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaac < 1:584592‑M1/143‑128 (MQ=255) cagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACGGGGGCGTTTTTTACTGGGCGAAAGAAGAGATACGTAATGcctgatgcgtggtgt < 2:226612‑M1/136‑7 (MQ=255) aCAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattccaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccgtacgttgtaatgctcgaacgc > 1:652746‑M1/1‑14 (MQ=255) cAGAGCTAAGATGgatttgcccctatagttccagacatctgttatcacttaccccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 2:619545‑M1/143‑131 (MQ=255) aTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGGGAGGTTTATCa < 2:368851‑M1/142‑1 (MQ=255) | TTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCA > NC_000913/4049772‑4050053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |