| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_000913 | = 4499510 | NA (NA) | intergenic (+9/+84) | insD1/yjgX | IS2 transposase TnpB/pseudogene fragment | |||||
TAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAAC > NC_000913/4049778‑4050060 | taagtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGga < 1:225502‑M1/143‑3 (MQ=255) ggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTc > 2:364905‑M1/134‑143 (MQ=255) aagtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgat > 1:664059‑M1/1‑140 (MQ=255) gacgccctctgcgcttctccggccctaagacatcaatcctctgttctccattgtctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTa > 2:384170‑M1/132‑143 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aTAAGCTATCACGTTATGAGAGGGCAATTAAAAATTCCTATGAAAAAACAGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctata < 2:652072‑M1/143‑15 (MQ=255) gtcgccggccctatcacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagcgatatgggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCttt > 2:721797‑M1/118‑143 (MQ=255) ctctccgcccctgagcgagcaagcatctgtgctccaatgactagtctaaaaactagtattaaggcgatcacgtatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCttt > 2:713239‑M1/118‑143 (MQ=255) cggtcACGTTTTGCGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttcc < 1:423613‑M1/141‑20 (MQ=255) cTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGCAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctacatttcc > 2:400284‑M1/1‑124 (MQ=255) 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cagtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACGGGGGCGTTTTTTACTGGGCGAAAGAAGAGATACGTAATGcctgatgcgtggtgt < 2:226612‑M1/136‑7 (MQ=255) aCAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattccaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccgtacgttgtaatgctcgaacgc > 1:652746‑M1/1‑14 (MQ=255) cAGAGCTAAGATGgatttgcccctatagttccagacatctgttatcacttaccccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 2:619545‑M1/143‑131 (MQ=255) aTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGGGAGGTTTATCa < 2:368851‑M1/142‑1 (MQ=255) aGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcacg > 1:637273‑M1/1‑5 (MQ=255) aGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATACGCCATGTTTATCAGGc > 1:615601/1‑143 (MQ=255) aTGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTAGCAGGCCa > 1:567745/1‑143 (MQ=255) tGggtttgcccctatatttccagacctctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggtt < 2:190978‑M1/143‑142 (MQ=255) ggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttc < 1:181802‑M1/143‑143 (MQ=255) | TAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAAC > NC_000913/4049778‑4050060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |