| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4499510 | NA (NA) | intergenic (+9/+84) | insD1/yjgX | IS2 transposase TnpB/pseudogene fragment | |||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAAC > NC_000913/4049778‑4050060 | taagtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAAATCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGAAAGATGga > 1:265137‑M1/1‑141 (MQ=255) gtaagCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgattt < 2:335070‑M1/143‑6 (MQ=255) gaaagcaACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAAGTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAAGTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgattt < 2:503038‑M1/141‑6 (MQ=255) aagCAACATAAGCTGTCAGGTTTTGTGATGGCTATTCGAACTAGTTATGCAGCATATGACGATAAAGTGCAAAAAGTGCTTTCTGATCTGATCCGAAAAGAGCAAAGTTAGTCTCGTAGGGTACAGAGGTAAGATggatttgc < 2:850908/143‑8 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aTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTCTTTTTTGTTGGGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCa < 2:216863‑M1/142‑1 (MQ=255) tAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCac > 2:407292/1‑142 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagctattcctgtggcgagcgataacccagcgcactatgcgtctgtctttcgatataatgctcaaaagccaatgaaagatt > 2:76649‑M1/1‑2 (MQ=255) ggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgccagatcggaagag < 1:625981‑M1/143‑143 (MQ=255) ggatttgcccctatatgtccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttc < 2:164005‑M1/143‑143 (MQ=255) ggatttgcccctatacttccatgcatctgttatcacgtaccccattacatgcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttc < 1:274406‑M1/143‑143 (MQ=255) | TAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAAC > NC_000913/4049778‑4050060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |