New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3154351 | 40 (0.740) | 3 (0.060) | 3/466 | NT | 7.2% | coding (866/957 nt) | yqhC | transcriptional activator of yqhD |
? | NC_000913 | = 3154364 | 39 (0.750) | coding (853/957 nt) | yqhC | transcriptional activator of yqhD |
GCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAGTCTGGCGACTGACCAGCGCCAGTAACG > NC_000913/3154080‑3154624 | gCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGGTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGTGCACGTATTTAATTCACCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCCTCTTCCCCCGGCCTCACACCCAACTAACGTTTAAACTCCCGGCTCACTTGCGATGCGCttt > 2:443250/1‑275 (MQ=255) gATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACCCCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGCTGCGCTTTCCTAGCCGAc > 1:57734/1‑274 (MQ=255) cgttcgttAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTACACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACgcgca < 2:95452‑M2/274‑6 (MQ=255) aTGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGCAGTAACGTTTAAACCCACGGCCAAATTGCGCTGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCgctgcccggct > 2:4851/1‑266 (MQ=255) gTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCCCACCGCAGTACCGTTTAAACTCACGGCTACATTGCGCTGCGCTTTCCTAGCCGACGCGCATCCCTCCTGCGCTGCCCTCCCTTCCGt > 2:131144/1‑275 (MQ=255) cGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGga < 1:299248/274‑1 (MQ=255) tCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGCCACACCGACGTAACTTTTTAACTCCCGGCTAAATTGCGCTGCTCtttcatcgccgacgcgcatcgcactctatacgtgagtttgaacgttactgcggtc > 1:171506‑M1/1‑220 (MQ=255) atgtgtatgagaaacaggTTAGCCGTTGGCTTTGTAGGACCGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCGGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATcc < 2:5048/258‑1 (MQ=255) atCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCGGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTACCGCCGGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATcc < 1:79939/275‑1 (MQ=255) aaCCGGTGGTTTGTTAGTCACGCTGTTTGGAGTGATTAAAAAAAAATACTGT‑ACGCCTGACGATTTCCCTCGTCCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCGTCTTCCCCCGGCGTCACCCCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCtttcatagccgacgcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgggggaagatgcggcaagaat < 1:324152‑M1/274‑84 (MQ=255) ctctgGTTTGTTAGGCACGCGGTTGTTGGTGATTAAAAAAAACTACTGTAACGCCCGCGGCTTGTCCCCGTTCCCGGTTGCCGTACTGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTCGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAACCTCACGGCTAAATTGGGATGCGCtttcatagccgacgcgcatcgcaatttagccgtgagtttaaacgttacttcggtgtgacgccgggggaagatgcggcaagaatgcg < 2:171505‑M1/273‑87 (MQ=255) gCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTAACGGCCAACTTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCCTGCCGTCATGGACGATGCTCAACCCCCCCTTTTGcctgcctcttattcccat > 1:5048/1‑258 (MQ=255) cACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCCCGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCAGGCCGTGATGGACTATCATCCACCGCGCCTTATGAAGACGGTAACTTTTTAAAtcacgc > 2:208219/1‑267 (MQ=255) 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2:9513/1‑275 (MQ=255) gATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCAATGCGCTTTCATAGCAGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGGTCATCATCCGCGCCTTCTTCAGACGGTCATTCTTCAAATACTGCAACGCCACGGTACTg > 1:276977/1‑272 (MQ=255) aTTAAAAAAAAATACTGTCACCCCTGGCGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTCCCGGGAACCTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGa < 2:276976/275‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaTACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACa < 1:4851/274‑1 (MQ=255) aTACTGTAACGCCTGACGTTTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTTGACCCGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCCCACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTaaaa < 2:124262/275‑1 (MQ=255) gACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCACCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCCGACGGTAATCCTTCAAATACTGACACGGCGAGGTACGGGTGCCAGACTTAAAATTATGGTGGAACGc > 2:29101/1‑275 (MQ=255) gACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATAGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTACTGCCGTCATGGACGATTATACTCCGCGCCTTATGCAGACGGTAAATCTTCAAATACTGCAAAGGCGAGGAACTTGTTACCGGCTTAAAATTTTGGTGGAACGc > 2:367531/1‑275 (MQ=255) 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cATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTACCGTTTAAACTCACTGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCTACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCgg < 1:206902/275‑1 (MQ=255) cccGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGGTGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAACATTATGGTGGAACGCCGATACGCCCATGTTGGCTTCTGCCGCCCGTTGCCCGCCGCTCCGGTTTTCGGTGtat > 2:91959/1‑275 (MQ=255) cccGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAAc > 1:216171/1‑176 (MQ=255) 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gCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACCGACTTAAACTTATGGTGGAACGCCGATCCGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCATGTTCTCGGCGTATCTATtcttact > 1:291472/1‑271 (MQ=255) ccccGGCGTCCCACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCa < 1:9513/275‑1 (MQ=255) tccGTCACACCGAATGAACGTTTAAACTCACGGCTATATTGCGATGCTCTTTCATAGCCTACCCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTAGGCAGACGGTAATTCTTCAAAGACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCAcgcg < 1:253953/273‑1 (MQ=255) gaccGCAGTAACGTTCAAACTCACGTATAGAGTGCGATGCGCGT‑CGGCGATGAAagagcagcgcaatttagccgggagttaaaaagttacgtcggtgtggcgccgggggaagatgcggcaagaatgcgggcgatgcaggggaattaaatacgttcccggtacagcaaccgggaacggggaaaatcgtcaggcgttacagtatttttttttaatcaccacaaacagcgtgcctaacaagccagcggttaacaaggcaattggcaggatcatcagga > 1:171506‑M2/2‑54 (MQ=255) cGAAGTAACGTTTAAACTCCAGGCTAAATTTCGATGCGCTTTCCTGTCCGACGCGCAGCGCTGCTGCGCTGGCCTTCAGGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGa < 1:525402/275‑1 (MQ=255) tttAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAg > 2:338848/1‑275 (MQ=255) 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aTGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAGTCTGGCGACt > 2:326525/1‑262 (MQ=255) aTGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAGTCTGGCGACTGACCAGCGCCAGt > 2:151652/1‑275 (MQ=255) tGCGCgtcggctatgaaagcgcatcgcaatttagccgtgagtgtaaacgttacttcggtgtgacgccgggggaagatgcggcaagaatgcgggcgatgcaggggaattaaatacgttcccggtacagcaaccgggaacggggaaaatcgtcaggcgttacagtatttttttttaatcaccacaaacagcgtgcctaacaagccagcggttaacaaggcaattggcaggatcatcaggaacgtcattacctgatcttcatggcgtttaacgaacg < 2:95452‑M1/274‑270 (MQ=255) 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GCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAGTCTGGCGACTGACCAGCGCCAGTAACG > NC_000913/3154080‑3154624 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |