| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,023,805 | (CTTTA)2→1 | intergenic (+127/‑159) | fliR → / → rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2023796 | 2023800 | 5 | 51 [0] | [0] 53 | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2023801 = | 0 (0.000) | 47 (1.230) | 38/266 | 0.1 | 100% | intergenic (+123/‑167) | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| ? | NC_000913 | = 2023795 | 0 (0.000) | intergenic (+117/‑173) | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis | |||||
CGATAATTCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2023943‑2023801‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaagtaaaTGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCACTAA < NC_000913/2023795‑2023656 CGATAATTCCCCTGATCTGAAGATTGCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAAGGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTAACCCATAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA < 1:320081/143‑1CGATAATGCCCCTTACCTGAATATTCCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA < 2:526210/143‑1 GATAATTCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAAT > 2:34623/1‑143 TCCCCTTAGCTGTCTAGTTCATCTGGGCTCGTCGTAACACCATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCG < 1:657010/143‑1 TCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAGTGTTGCG > 2:291974/1‑143 CTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATAT < 1:318621/143‑1 CCTGCATACTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGA < 1:679722/143‑1 CTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAG > 1:189522/1‑143 CTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAG > 2:43477/1‑143 cCATAATAACTAGGCGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAA < 2:59220/142‑1 ATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAA < 2:520258/143‑1 TGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAA < 1:116756/143‑1 TAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGAGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAACTTAAAACAAATATT > 1:25052/1‑143 AACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCATTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAATTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTACAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAATCAATTATTTC > 2:47168/1‑143 ACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCAGTAAAGTGTTGTATAATTGGCCTGGAATTGTCGTAAAGTAAATGTTGCGATATGCGGGTGAGCTTAAAACAAATATTTCG > 1:368211/1‑143 CAACCTGGGTCGCCTAATGCGCCACGCTCGCGATTTTTCAGGCGGACGTACTATCCCGTAAAGTGGTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAG < 1:212673/143‑1 GTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCC > 2:218845/1‑143 AATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGGCTTGTATAGTTTGCCTGGAAATGTACTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTCAAGACAAATATTTGGCAGCAGGAGTAGCGTGGccga > 1:647487/1‑139 cccccCTCTCGCGTTTCTTCAGGCGGCCTTACTACCCCGGAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCGTAAACTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAAGATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTT < 2:302571/138‑1 CGCCACTCTCGCCATTCTACAAGCTGACTTACTACCCCCTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAACTGTCTTAAATGCAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTT < 2:301936/143‑1 GCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTC > 1:188143/1‑143 ACTCTCGCGTTTTTTCTGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTA < 1:629482/143‑1 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTc > 1:68553/1‑142 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGAAGCATGGAAGATGTTCGTAGGTA > 1:41374/1‑143 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGAAGTATACTGGAAGATGTTGGTAGGTA > 1:8610/1‑143 TCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTCAACTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCGTGGAAGATGTTCGTAGGTA > 2:406574/1‑143 TTTCATGCGGACTCACTATCTCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGTAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTT < 1:426368/143‑1 TTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTT > 1:240576/1‑143 TTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATAATTTTT > 1:298001/1‑143 gTCAGGCGGACGTACTAGCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTC < 2:252464/142‑1 TCATGCGGTCTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGATGTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGTGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCG < 1:35689/143‑1 CGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAATGTAGTGGGTATTATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAA < 2:330259/143‑1 TTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTT < 2:51257/143‑1 aACTATACGGGAAAGGGATGTATAATTGGCCGGGAATTGTCTTAAAGGAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTA < 2:189522/142‑1 ACTATCCCGTAAAGTGTTGTATACTCTGCCTCGCAGTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAG < 2:297565/143‑1 CCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAAC > 2:616993/1‑143 CGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACA > 2:234923/1‑143 GTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACAT < 1:34623/143‑1 TAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAAGATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATTACATG < 1:595158/143‑1 gttTTGTATTATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTTAATGTTGCGAGATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACACGATAA < 1:129031/140‑1 TGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGT < 2:548187/143‑1 TATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTA > 2:459031/1‑143 TAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGGTAAACGTTACG > 1:213929/1‑143 TAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACG < 2:476448/143‑1 CCTGGAATTGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTGAGTGAAAGATACCGCGGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTAT < 2:521000/143‑1 TGTCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAATAAATTTTTCGCCACAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGG < 2:520830/143‑1 TCTTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGACA > 1:276083/1‑143 TTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAACTATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACCAGATAAACCTTATAGCATGATAATAATGACAAT > 1:614359/1‑143 TTAAAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAAT > 2:117750/1‑143 AAGTAAATGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATGAATGTCAATTta > 1:678298/1‑141 AAGCAAATTTTGCGATATGTGAGTGAGCGTAAAACAAATATTTCGATGCAGGAGCATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCA < 2:273532/143‑1 AGTAAATGTTGCGATATGTAAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCAC < 2:253214/143‑1 AAATGTCGCGATAGGGGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCACTAA < 2:324031/143‑1 CGATAATTCCCCTTACCTGAATATTTCATCATGACTAAACGGAACAACATGGGTCACCTAATGCGCCACTCTCGCGATTTTTCAGGCGGACTTACTATCCCGTAAAGTGTTGTATAATTTGCCTGGAATTGTCTTAAAGTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2023943‑2023801‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaagtaaaTGTTGCGATATGTGAGTGAGCTTAAAACAAATATTTCGCTGCAGGAGTATCCTGGAAGATGTTCGTAGGTATTATTTTTCGGATAATCCTTAGGATAACATGATAAACGTTACGGAATTATATTAATGGCAATTCACTAA < NC_000913/2023795‑2023656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |