| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 68 [0] | [0] 68 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 63 (1.190) | 48/264 | 0.1 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
AAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815804‑3816081 | gcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcccc < 2:23949‑M2/7‑1 (MQ=255) attgctaagcgaaaagtcaataaacgggcgctgatatggtgtcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCt < 2:369022‑M2/8‑1 (MQ=255) ctaagcgcaaattcaagaaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcagcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCAc < 1:343143‑M2/12‑1 (MQ=255) taagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagccaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACt > 1:355535‑M2/131‑143 (MQ=255) taagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgcctcctgcCGCCCCCTGCACt > 1:264610‑M2/131‑143 (MQ=255) gcaagttcaataaactggcgctgatatggttgcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAat < 2:528640‑M2/18‑1 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAat > 1:530071‑M2/126‑143 (MQ=255) caattcaataaactgccgctgatagggtttcatgccatcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatga < 1:82866‑M2/20‑1 (MQ=255) ttcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgcctcatccgtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCCATGATgc > 1:891028‑M2/121‑143 (MQ=255) caatcaacaggcactgacattgtttcatgccttcgctcctcacctgactgccctccagaccaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaacatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcgc < 2:327962‑M2/25‑1 (MQ=255) caataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaatgcgattcattagtcgcattaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcgc < 2:803225‑M2/25‑1 (MQ=255) ataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc > 1:424431‑M2/117‑143 (MQ=255) aaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgacccatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCcgc > 1:609076‑M2/115‑142 (MQ=255) ctggtgctgttatggtttcatgccttcgcgcctcatcttactgttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCtt < 1:823768‑M2/32‑1 (MQ=255) tgtagctgagatggtttcaggccttcgcgcctcattttacttttctacttaccaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTc < 1:881259‑M2/33‑1 (MQ=255) gcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCgg < 2:407129‑M2/35‑1 (MQ=255) cgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggtgactcatcggtcgccttaaaactcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt < 2:518292‑M2/36‑1 (MQ=255) tgatatggcttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 2:527902‑M2/39‑1 (MQ=255) atatggttgcacgccttcgctccccatcttacttttcgacagacaaaaaaaaggcgacgcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 2:852757‑M2/41‑1 (MQ=255) 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agtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGAc < 2:153073‑M2/120‑1 (MQ=255) gtgtgccagcgccgccttctggCTCCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACa < 1:907863‑M2/121‑1 (MQ=255) tttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAttccgtccg > 2:904591‑M2/22‑139 (MQ=255) agctccgcgttctgcCGTCCCCCGCACCTCAATGATGCGCCCGGCTTCGGTCATCCCTACGTTCATGTCGGCCTCTGCGGCATAGTCTTTAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTg < 2:783794‑M2/128‑1 (MQ=255) agcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTg > 1:68498‑M2/16‑143 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |