| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979268 | 1979278 | 11–776 | 76 [0] | [1] 78 | insB1–insA | insB1, insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 71 (1.000) | 53/266 | 0.2 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
GGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTAT > NC_000913/1979141‑1979421 | ctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctacgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 2:369199‑M2/5‑1 (MQ=255)ctgtacacttatctaagatgtttcctaaaccgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 1:782856‑M2/5‑1 (MQ=255) tttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTAAAAg > 2:778033‑M2/138‑143 (MQ=255) acacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggcggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa > 1:1269706‑M2/135‑143 (MQ=255) acacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttaacaaggccagggtgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa > 1:606547‑M2/135‑143 (MQ=255) acttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATa > 1:1118452‑M2/133‑143 (MQ=255) aagatttttcctaaatcgacgcaactgtgctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtt > 1:874072‑M2/125‑143 (MQ=255) attttttctatatcgacgtacatttactcgttactacacgcacatacaacggaggggggctgctattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaatacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg < 2:319001‑M2/22‑1 (MQ=255) tttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcacatacaaattattgtttTATAAGTCATACTTTTGTCTTgg > 1:239511‑M2/121‑143 (MQ=255) ttgctccgaaatcgacgtgactgtacgcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaagtacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg < 2:924814‑M2/23‑1 (MQ=255) ctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacgctcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACCTTTGTGTTGGGTGTAt > 1:609930‑M2/115‑143 (MQ=255) ctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgactttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGTTGTAt > 2:112204‑M2/115‑143 (MQ=255) taaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgcttttcaatactgagtgatgcagaccacacaaaacactcaattacttaacatacctgTATACGTCATACTATTGCTCTGGGTGTAtt > 2:302010‑M2/114‑143 (MQ=255) taaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAtt > 2:116027‑M2/114‑143 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |