| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1491910 | 1 (0.020) | 58 (1.190) | 55/274 | 0.0 | 98.4% | intergenic (+60/+12) | ydcA/hokB | putative periplasmic protein/toxic polypeptide, small |
| ? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TCTCACACTGTACGGCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAAC‑CGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACC > NC_000913/1491771‑1492051 | tctcACACTGTACGGCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGGGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCata > 2:214432‑M1/1‑140 (MQ=255) tcACACTGTACGGCAGGCGGCAGATTTGTCTGTAATGATGGTTTTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataag > 2:557042‑M1/1‑138 (MQ=255) tcACACTGTACGGCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataag < 2:145005‑M1/143‑6 (MQ=255) cacaCTGTACGGCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTCACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGCAACTGCATCTGCTAACCAAAGGTGGGGGGTAAAGCCCataagc > 1:139242‑M1/1‑137 (MQ=255) attcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgcggcgtcgcattcttcagatggttcaccccttacgttagcgcttatGGGACACTCCCCGCGCTTGccc > 2:262530‑M2/122‑143 (MQ=255) attcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttcagttagcgcctatGCGAAAATGCCCGCGCTTAccc > 1:508391‑M2/122‑143 (MQ=255) gTACGGCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaac > 2:326829‑M1/1‑131 (MQ=255) tgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGCAAATCCCCGCGCTTGCCCTTAcc > 1:800615‑M2/117‑143 (MQ=255) ggCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaa < 1:193259‑M1/143‑17 (MQ=255) cAGGCGGCAAATATGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagg < 1:110388‑M1/143‑19 (MQ=255) gacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacactaaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTCCCTgg > 1:473274‑M2/114‑143 (MQ=255) cagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGAc < 2:271135‑M2/32‑1 (MQ=255) tccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCa < 2:432440‑M2/37‑1 (MQ=255) ccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAg < 1:157425‑M2/38‑1 (MQ=255) aaTTTGTCTGTAAGGATGGTTCTAGTAGTGCAGCGAAAAAAACATGAACTAACTGAAGTGTAAAATGGGTGCCATGAGAGAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgtggta < 2:108285‑M1/143‑28 (MQ=255) cctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAgg > 2:18692‑M2/105‑143 (MQ=255) tgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGCAAAATCCGCGACCTTGCCCTTACCTGTACGTGCAGGcc > 2:682767‑M2/103‑143 (MQ=255) gacagcccgccatacgcagttgaagaccgcgaggcaccgtcgtaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCa < 1:508040‑M2/42‑1 (MQ=255) tCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc < 2:725662‑M1/143‑34 (MQ=255) agccgacaaagcgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGa < 2:777620‑M2/45‑1 (MQ=255) tGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGGAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 2:620139‑M1/1‑108 (MQ=255) gTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGGAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGGAAATCCCattagcgctaacttaagggttgtggtttttcgccct > 2:513102‑M1/1‑107 (MQ=255) aaTGACGGTTCTATAAGCGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 2:520931‑M1/143‑39 (MQ=255) atgatgGTTATATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata < 2:685880‑M1/143‑40 (MQ=255) gatgGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 2:421315‑M1/1‑102 (MQ=255) acgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAAc < 2:108727‑M2/55‑1 (MQ=255) acgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAAc < 2:694831‑M2/55‑1 (MQ=255) gcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATCAGCGCAGCAAcct > 2:284066‑M2/87‑143 (MQ=255) gcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggtgcaacccttaagttagcgcttatGGGAAGATCCCCGCGCTTGCCCGTACCTGCACGTGCCGGCCATGAGCGCAGCAAcct > 2:715727‑M2/87‑143 (MQ=255) ttaTTAGTGCATTGAAAAGCACATGCACTAACTGAAGTGTAAGAGGGGTGCTATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggttgttgtattacgcctgatatgatttaac < 1:227686‑M1/142‑49 (MQ=255) aattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAAcctcc > 2:435927‑M2/85‑143 (MQ=255) aattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAAcctcc > 2:449645‑M2/85‑143 (MQ=255) attgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAAcctcct > 2:742796‑M2/84‑143 (MQ=255) gTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGCAGCGTAAACGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCataagcgctaacttaagggctgtggtattacgcctgatatgctttaacgtgccg > 1:876539‑M1/1‑89 (MQ=255) 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tCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccg > 2:52124‑M1/1‑4 (MQ=255) tCCCataagcgctaactgaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggaccatataggtaagcccgaagaattggatacttcggcacgtaatgccg < 2:332711‑M1/143‑140 (MQ=255) ccataggcggtaacttcagggttgtggttttacgcctgagatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccggg < 1:120200‑M1/143‑142 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaatcatggcacatattaaaccgtccgttgaactggatacttcggcccgtaatgccggg > 1:385543‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggctgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaactcctgcccatattggtaagcgcgaaggcctggatactacggcacgtgatgccggg > 1:273939‑M1/1‑2 (MQ=255) cataagcgcgtacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactcgcacgatcactggtcagcaagtctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgccgggg < 1:170003‑M1/143‑143 (MQ=255) | TCTCACACTGTACGGCAGGCGGCAAATTTGTCTGTAATGATGGTTCTATTAGTGCATCGAAAAAAACATGCACTAACTGAAGTGTAAAAGGGGTGCCATGAGAAAATGAATCTGCTAGTCAAATGCGCGGGGAAAATCCCCGCGCTTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAAC‑CGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACC > NC_000913/1491771‑1492051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |