| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 60 [0] | [0] 59 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 56 (0.850) | 46/274 | 0.4 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
CCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACG > NC_000913/1300563‑1300838 | gttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagcataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgcgaaataataat > 2:449877‑M2/136‑143 (MQ=255) tgttataaggatttccttaactgcttctcctcaccgtcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa < 2:616970‑M2/11‑1 (MQ=255) ttataaggctttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcctaatcctggccttcctgacgaataattgaaatgatattattaattcccctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt > 2:461179‑M2/131‑143 (MQ=255) ttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt < 2:1062435‑M2/13‑1 (MQ=255) ataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATtgc > 2:650968‑M2/129‑142 (MQ=255) taaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt > 1:307445‑M2/128‑143 (MQ=255) ggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttgggaaggtgttttggtagATAATAATCAATTGTTaaa > 1:918131‑M2/125‑143 (MQ=255) atttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctcggcttgctgcagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAACAATCAATTCTTAaatc > 2:963804‑M2/123‑142 (MQ=255) tccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt < 1:228373‑M2/24‑1 (MQ=255) tccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt < 1:247760‑M2/24‑1 (MQ=255) ttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaataatattattaattccactacctttgatatatgaaaatgctaaATAATAATCAATAGTTAAATTATtttg > 2:74221‑M2/117‑143 (MQ=255) cttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa < 1:123184‑M2/34‑1 (MQ=255) cttctcctcaccatcatgttattttcgccacagcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa < 1:491517‑M2/34‑1 (MQ=255) cctcaccatcatgttattttcgccgcatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 1:873565‑M2/105‑143 (MQ=255) ctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg > 1:1057979‑M2/104‑143 (MQ=255) catcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt > 2:202534‑M2/99‑143 (MQ=255) catgttattttcgccacatcatactcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattatcaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaAATATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa < 1:840298‑M2/48‑1 (MQ=255) tgttatttgcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑At < 2:157593‑M2/50‑1 (MQ=255) tgttattgtcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑At < 1:176315‑M2/50‑1 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATc > 1:84577‑M2/93‑143 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATc > 1:889890‑M2/93‑143 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattataaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATc > 1:79929‑M2/93‑143 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCa > 1:1095125‑M2/92‑143 (MQ=255) ttgtcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagacgaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGATCATTTCACTACTAGAACTATA‑ATCAGaa > 2:1135261‑M2/89‑143 (MQ=255) tttcgtcacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGaaa < 2:1031362‑M2/56‑1 (MQ=255) cacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAg < 1:477655‑M2/62‑1 (MQ=255) cacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACCACTGAAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAg > 2:445200‑M2/82‑143 (MQ=255) acatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGa > 1:233415‑M2/81‑143 (MQ=255) acatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGa < 1:682467‑M2/63‑1 (MQ=255) atcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACa < 1:983920‑M2/65‑1 (MQ=255) cataatcctgcgcttgcgtaagaataattgaaattatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATg < 1:189841‑M2/67‑1 (MQ=255) ataatcctgggcttgctggagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGc < 1:218339‑M2/68‑1 (MQ=255) tcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAg > 2:741333‑M2/72‑143 (MQ=255) ggcttgcggaagaataattgaaatgagattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAt < 2:8943‑M2/77‑1 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTATA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCATAGCCACTCTCGAtt > 2:911517‑M2/60‑143 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt < 1:837090‑M2/85‑1 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt < 1:193907‑M2/85‑1 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttga < 2:647208‑M2/87‑1 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttga < 2:119782‑M2/87‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgatt > 2:590232‑M2/55‑143 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 1:1137836‑M2/92‑1 (MQ=255) actcatgagatattattagtgccaccgcctctggtagaggaaagtgctacATAATAATCAATTGTCAAATTATTGTGCACTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCGTAGCCAATCTCTATTTGattgaat < 1:874944‑M2/93‑1 (MQ=255) aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGAgtgacttgaa > 2:1076743‑M2/47‑143 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGaaa < 1:217266‑M2/98‑1 (MQ=255) atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtg > 2:541039‑M2/42‑143 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGCTAGACATGCTTAGCCAATATCTATTTGATTGAACTGAAAGAtgtt > 1:384529‑M2/40‑143 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtt > 1:384534‑M2/40‑143 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtt > 1:384535‑M2/40‑143 (MQ=255) attagtaattccacgggctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAGTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtt < 2:1119257‑M2/104‑1 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTaa < 2:1183593‑M2/110‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTACATC‑GTACTAAGAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAg > 1:547145‑M2/33‑143 (MQ=255) ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAgg > 1:189734‑M2/32‑143 (MQ=255) cactgcctttggtcgaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCAt < 2:1095125‑M2/115‑1 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCAt > 1:412047‑M2/29‑143 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctacATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTAACAACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCa > 1:345402‑M2/22‑143 (MQ=255) ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCaa < 1:706152‑M2/123‑1 (MQ=255) ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATa < 2:1057979‑M2/139‑1 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAGTTGAAAGATGTGTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGAtag > 1:726923‑M2/4‑142 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACCACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCGGTCGCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACg < 1:445200‑M2/141‑1 (MQ=255) | CCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACG > NC_000913/1300563‑1300838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |