| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,184,782 | Δ6,916 bp | ubiK–yqiI | ubiK, ygiL, yqiG, insC‑5, insD‑5, yqiG, yqiH, yqiI | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3184782 | 3191697 | 6916 | 129 [0] | [1] 129 | ubiK–yqiI | ubiK,ygiL,yqiG,insC‑5,insD‑5,yqiG,yqiH,yqiI |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3184781 | 0 (0.000) | 123 (1.750) | 45/66 | 0.0 | 99.6% | intergenic (‑315/‑59) | ribB/ubiK | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK |
| ? | NC_000913 | 3191698 = | 1 (0.010) | intergenic (+2/+41) | yqiI/glgS | putative fimbrial protein YqiI/surface composition regulator | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3184747‑3184781‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCC > NC_000913/3191698‑3191731 GCAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTAT < 1:2527928/35‑1GCAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTAT > 1:7867677/1‑35GCAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTAT < 1:4748358/35‑1 CAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATA > 1:5321299/1‑35 CAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATA < 1:7430187/35‑1 AGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATAT > 1:6614142/1‑35 GCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATC > 1:5955982/1‑35 GCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATC < 1:2287650/35‑1 GCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATC > 1:1446976/1‑35 GCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATC < 1:593346/35‑1 GCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATC < 1:3386403/35‑1 CAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCT > 1:1654808/1‑35 CAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCT > 1:1784281/1‑35 CAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCT < 1:3095766/35‑1 AACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTA < 1:5087353/35‑1 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1:2229312/1‑35 ATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACA < 1:3758905/35‑1 ATAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACA > 1:706588/1‑35 TAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAA > 1:4433279/1‑35 TAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAA > 1:6053732/1‑35 TAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAA > 1:6477425/1‑35 TAGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAA > 1:1035189/1‑35 AGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAA < 1:725101/35‑1 AGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAA < 1:969741/35‑1 AGCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAA < 1:3000728/35‑1 GCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAAC > 1:957724/1‑35 GCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAAC > 1:1330576/1‑35 GCTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAAC > 1:6443525/1‑35 CTTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACA > 1:5552558/1‑35 TTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACAC < 1:5405735/35‑1 TTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACAC < 1:3314561/35‑1 TTCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACAC > 1:4847305/1‑35 TCACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACT < 1:1203053/35‑1 CACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTA < 1:1468944/35‑1 CACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTA > 1:5298125/1‑35 CACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTA > 1:5029861/1‑35 CACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTA > 1:1407390/1‑35 CACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTA < 1:4333991/35‑1 CACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTA > 1:4040771/1‑35 ACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAA < 1:6769232/35‑1 ACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAA > 1:38049/1‑35 ACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAA < 1:2953389/35‑1 ACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAA > 1:3806514/1‑35 ACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAA > 1:4289441/1‑35 ACATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAA < 1:3035466/35‑1 ACATAATTCTGGGTTATATCTAATACAAACACTAA < 1:5662573/35‑1 CATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAA > 1:3045967/1‑35 CATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAA < 1:2045261/35‑1 CATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAA < 1:1042693/35‑1 ATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAA > 1:433657/1‑35 ATAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAA < 1:2252438/35‑1 TAATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAAC > 1:6445181/1‑35 ATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGG > 1:3964201/1‑35 ATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGG > 1:3786667/1‑35 ATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGG < 1:352907/35‑1 ATTCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGG > 1:2784643/1‑35 TCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGC > 1:2342829/1‑35 TCTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGC > 1:7593689/1‑35 CTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCC > 1:6700794/1‑35 CTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCC > 1:7069553/1‑35 CTGGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCC < 1:731753/35‑1 GGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAT < 1:1094112/35‑1 GGTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAT < 1:5684121/35‑1 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC < 1:3138040/35‑1 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:2780357/1‑35 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:5495279/1‑35 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:4540062/1‑35 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:5495278/1‑35 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:3386738/1‑35 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:7490517/1‑35 GTTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATC > 1:2751551/1‑35 TTTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCA > 1:5072561/1‑35 TTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAG > 1:7056843/1‑35 TTATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAG > 1:4028935/1‑35 TATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGG > 1:3643088/1‑35 TATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGG > 1:1507482/1‑35 TATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGG > 1:6603776/1‑35 TATATCTAATACAAACACCAAAACGGGCCATCAGG > 1:1393585/1‑35 ATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGC > 1:491006/1‑35 ATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGC > 1:5097147/1‑35 ATATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGC > 1:6746786/1‑35 TATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCC > 1:6796602/1‑35 GCAGCAACGCATAGCTTCACATAATTCTGGTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3184747‑3184781‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCC > NC_000913/3191698‑3191731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |