| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,184,782 | Δ6,916 bp | ubiK–yqiI | ubiK, ygiL, yqiG, insC‑5, insD‑5, yqiG, yqiH, yqiI | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3184782 | 3191697 | 6916 | 129 [0] | [1] 129 | ubiK–yqiI | ubiK,ygiL,yqiG,insC‑5,insD‑5,yqiG,yqiH,yqiI |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3184781 | 0 (0.000) | 123 (1.750) | 45/66 | 0.0 | 99.6% | intergenic (‑315/‑59) | ribB/ubiK | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK |
| ? | NC_000913 | 3191698 = | 1 (0.010) | intergenic (+2/+41) | yqiI/glgS | putative fimbrial protein YqiI/surface composition regulator | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCC > NC_000913/3191664‑3191732 | cagcaacgcatagcttcacataattctggtttata > 1:5321299‑M2/35‑35 (MQ=255)cagcaacgcatagcttcacataattctggtttata < 1:2130438‑M2/1‑1 (MQ=255)cagcaacgcatagcttcacataattctggtttata < 1:7430187‑M2/1‑1 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 1:6614142‑M2/34‑35 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:1446976‑M2/33‑35 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc < 1:2287650‑M2/3‑1 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:5955982‑M2/33‑35 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:139430‑M2/33‑35 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc < 1:593346‑M2/3‑1 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc < 1:3386403‑M2/3‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCt < 1:3095766‑M2/4‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCt > 1:1654808‑M2/32‑35 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCt > 1:1784281‑M2/32‑35 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTa < 1:5087353‑M2/5‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:4733793‑M2/6‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:3613092‑M2/6‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:5769660‑M2/6‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:6312751‑M2/6‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:7437712‑M2/6‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:1319738‑M2/6‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAAt < 1:787644‑M2/7‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAAt < 1:902831‑M2/7‑1 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:2151382‑M2/8‑1 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:5304684‑M2/8‑1 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:7673208‑M2/8‑1 (MQ=255) catagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:2229312‑M2/27‑35 (MQ=255) catagcttcacataattctggtttatATCTAATAc < 1:6926539‑M2/9‑1 (MQ=255) catagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:6548505‑M2/27‑35 (MQ=255) catagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:4983161‑M2/27‑35 (MQ=255) 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gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAac > 1:1330576‑M2/23‑35 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAac > 1:4792227‑M2/23‑35 (MQ=255) cttcacataattctggtttatATCTAATACAAaca > 1:5552558‑M2/22‑35 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAacac < 1:5405735‑M2/15‑1 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAacac < 1:3314561‑M2/15‑1 (MQ=255) tcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt < 1:1203053‑M2/16‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa > 1:5298125‑M2/19‑35 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa > 1:5029861‑M2/19‑35 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa > 1:1517711‑M2/19‑35 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa < 1:1468944‑M2/17‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa > 1:1407390‑M2/19‑35 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa < 1:4333991‑M2/17‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa > 1:4040771‑M2/19‑35 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa < 1:3035466‑M2/18‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa > 1:3806514‑M2/18‑35 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa < 1:2953389‑M2/18‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa < 1:6769232‑M2/18‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa > 1:2269532‑M2/18‑35 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa > 1:38049‑M2/18‑35 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa > 1:4289441‑M2/18‑35 (MQ=255) acataattctgggttatATCTAATACAAACACTaa < 1:5662573‑M2/18‑1 (MQ=255) cataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa > 1:3045967‑M2/17‑35 (MQ=255) cataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa < 1:1042693‑M2/19‑1 (MQ=255) ataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:433657‑M2/16‑35 (MQ=255) taattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc > 1:6445181‑M2/15‑35 (MQ=255) attctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg > 1:3964201‑M2/13‑35 (MQ=255) attctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg > 1:3786667‑M2/13‑35 (MQ=255) attctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg > 1:2784643‑M2/13‑35 (MQ=255) attctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg < 1:352907‑M2/23‑1 (MQ=255) tctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 1:2342829‑M2/11‑35 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |