| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1899984 = | 39 (0.540) | 5 (0.100) | 3/46 | 3.7 | 10.9% | coding (1558/1599 nt) | pdeD | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeD |
| ? | NC_000913 | 1900017 = | 55 (1.120) | coding (1591/1599 nt) | pdeD | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeD | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCG > NC_000913/1899983‑1900051 | ccgGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgt < 1:7754315/35‑1 (MQ=255)ccgGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgt < 1:4181813/35‑1 (MQ=255)acgGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgt > 1:715104/2‑35 (MQ=255)acgGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgt > 1:2896141/2‑35 (MQ=255) cgGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgtt > 1:4292626/1‑35 (MQ=255) cgGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgta > 1:36305/1‑34 (MQ=255) ggCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgtta < 1:702668/35‑1 (MQ=255) ggCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgtta < 1:3449735/35‑1 (MQ=255) gCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttac > 1:1126818/1‑35 (MQ=255) gCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttac < 1:4134731/35‑1 (MQ=255) gCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttac < 1:775860/35‑1 (MQ=255) aTAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgt < 1:7673701/35‑1 (MQ=255) aTAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgt > 1:5203747/1‑35 (MQ=255) tAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgtt > 1:3503387/1‑35 (MQ=255) tAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgtt > 1:325212/1‑35 (MQ=255) tAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgtt < 1:3155429/35‑1 (MQ=255) tAATGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgtt > 1:2679411/1‑35 (MQ=255) aaTGGACATATCACGCCCATTATGCcgttacgtta > 1:4250794/1‑35 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTaa < 1:5022710/35‑1 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTaa > 1:6437944/1‑35 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTaa < 1:2599628/35‑1 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTaa < 1:7504486/35‑1 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTaa < 1:2229733/35‑1 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTaa > 1:2116199/1‑35 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGCTaa > 1:4910150/1‑35 (MQ=255) tGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAAc < 1:3905773/35‑1 (MQ=255) tGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAAc < 1:5918764/35‑1 (MQ=255) tGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAAc > 1:96384/1‑35 (MQ=255) ggACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACg > 1:5841526/1‑35 (MQ=255) gACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGc > 1:6143426/1‑35 (MQ=255) gcATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCt < 1:1039043/34‑1 (MQ=255) aCATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCt > 1:1998492/1‑35 (MQ=255) aCATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCt < 1:6247468/35‑1 (MQ=255) cATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCtt > 1:7126646/1‑35 (MQ=255) atatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTa < 1:4698782/35‑1 (MQ=255) atatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTa > 1:541926/1‑35 (MQ=255) tatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTAc < 1:7244908/35‑1 (MQ=255) tatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTAc > 1:7721628/1‑35 (MQ=255) tatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTAc < 1:2159211/35‑1 (MQ=255) tatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTAc > 1:1087263/1‑35 (MQ=255) tatCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTAc > 1:2079546/1‑35 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACt > 1:2208085/1‑35 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACt > 1:237736/1‑35 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACt > 1:5831498/1‑35 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACt > 1:5092040/1‑35 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACt < 1:2576926/35‑1 (MQ=255) tCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTc > 1:7123358/1‑35 (MQ=255) tCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTc > 1:6622917/1‑35 (MQ=255) aCGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCAt > 1:761267/1‑35 (MQ=255) aCGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCAt > 1:4781220/1‑35 (MQ=255) aCGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCAt > 1:2766632/1‑35 (MQ=255) aCGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCAt < 1:1454443/35‑1 (MQ=255) aCGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCAt < 1:2430111/35‑1 (MQ=255) gCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCt < 1:5288890/35‑1 (MQ=255) gCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCt < 1:6875872/35‑1 (MQ=255) cccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCtt < 1:5191018/35‑1 (MQ=255) cccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCtt < 1:5870395/35‑1 (MQ=255) ccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTc < 1:5908288/35‑1 (MQ=255) ccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTc < 1:6205365/35‑1 (MQ=255) cATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCa < 1:5257478/35‑1 (MQ=255) cATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCa < 1:3356801/35‑1 (MQ=255) cATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCa < 1:705738/35‑1 (MQ=255) cATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCa < 1:5969477/35‑1 (MQ=255) cATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCa < 1:5969439/35‑1 (MQ=255) cATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCa < 1:1731688/35‑1 (MQ=255) aTTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCAt > 1:2957840/1‑35 (MQ=255) aTTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCAt > 1:7360911/1‑35 (MQ=255) aTTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCAt > 1:5600621/1‑35 (MQ=255) ttATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATc > 1:4777727/1‑35 (MQ=255) ttATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATc > 1:5998672/1‑35 (MQ=255) ttATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATc > 1:21915/1‑35 (MQ=255) tATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCg > 1:456946/1‑35 (MQ=255) tATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCg > 1:955266/1‑35 (MQ=255) aTGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGt > 1:5135547/1‑35 (MQ=255) aTGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGt > 1:6227741/1‑35 (MQ=255) aTGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGt > 1:2818179/1‑35 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTg > 1:6347221/1‑35 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTg < 1:6274877/35‑1 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTg > 1:5493308/1‑35 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTg > 1:2904937/1‑35 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTg > 1:932618/1‑35 (MQ=255) ccGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTgcg < 1:1042591/35‑1 (MQ=255) cgttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTgcgc < 1:4317672/35‑1 (MQ=255) gttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGcc > 1:4587133/1‑35 (MQ=255) gttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGcc < 1:909340/35‑1 (MQ=255) ttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCg > 1:5775074/1‑35 (MQ=255) ttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCg > 1:549682/1‑35 (MQ=255) ttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCg > 1:2681742/1‑35 (MQ=255) | CCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCG > NC_000913/1899983‑1900051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |