Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 687,860 Δ1,185 bp IS5‑mediated insH‑3 insH‑3

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 687860 689044 1185 125 [0] [0] 121 insH‑3 insH‑3

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 6878590 (0.000)115 (1.640) 51/66 0.0 100% noncoding (1187/1195 nt) IS5 repeat region
?NC_000913 689045 = 0 (0.000)noncoding (1/1195 nt) IS5 repeat region

Only 100 of 125 total aligned reads displayed.

TTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAG  >  NC_000913/687825‑687893
                                  |                                  
ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC                                    <  1:7720780‑M1/35‑1 (MQ=255)
ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC                                    <  1:3956523‑M1/35‑1 (MQ=255)
ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC                                    >  1:2807865‑M1/1‑35 (MQ=255)
ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC                                    <  1:3434468‑M1/35‑1 (MQ=255)
ttATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC                                    >  1:5382113‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   <  1:7391161‑M1/35‑2 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   >  1:4946379‑M1/1‑34 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   <  1:6498024‑M1/35‑2 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   <  1:2684516‑M1/35‑2 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   <  1:4714064‑M1/35‑2 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   >  1:6887600‑M1/1‑34 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   >  1:4324398‑M1/1‑34 (MQ=255)
 tATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc                                   <  1:3587975‑M1/35‑2 (MQ=255)
  aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCct                                  >  1:4202482‑M1/1‑33 (MQ=255)
  aTTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCct                                  <  1:4840682‑M1/35‑3 (MQ=255)
   ttGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctt                                 <  1:5651787‑M1/35‑4 (MQ=255)
   ttGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGGGCctt                                 >  1:3877072‑M1/1‑32 (MQ=255)
    tgtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctta                                <  1:7367283‑M1/35‑5 (MQ=255)
    tgtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctta                                >  1:1305654‑M1/1‑31 (MQ=255)
     gtgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag                               <  1:3956288‑M1/35‑6 (MQ=255)
      tgCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttagg                              <  1:2035358‑M1/35‑7 (MQ=255)
       gCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt                             <  1:2401756‑M1/35‑8 (MQ=255)
       gCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt                             <  1:289200‑M1/35‑8 (MQ=255)
       gCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt                             <  1:1694775‑M1/35‑8 (MQ=255)
        cAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggta                            >  1:6597890‑M1/1‑27 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           >  1:5989327‑M1/1‑26 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           <  1:6124386‑M1/35‑10 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           <  1:2278043‑M1/35‑10 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           <  1:6829418‑M1/35‑10 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           <  1:7566763‑M1/35‑10 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           <  1:7578476‑M1/35‑10 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           >  1:1812243‑M1/1‑26 (MQ=255)
         aGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaa                           <  1:7705304‑M1/35‑10 (MQ=255)
          gtgtTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaac                          >  1:4791922‑M1/1‑25 (MQ=255)
           tgttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaaca                         <  1:4794626‑M1/35‑12 (MQ=255)
           tgttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaaca                         >  1:2405169‑M1/1‑24 (MQ=255)
           tgttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaaca                         >  1:2059547‑M1/1‑24 (MQ=255)
            gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat                        <  1:535398‑M1/35‑13 (MQ=255)
            gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat                        <  1:2341186‑M1/35‑13 (MQ=255)
            gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat                        <  1:7211545‑M1/35‑13 (MQ=255)
            gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat                        <  1:7316383‑M1/35‑13 (MQ=255)
            gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacat                        <  1:4355181‑M1/35‑13 (MQ=255)
             ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt                       <  1:4262370‑M1/35‑14 (MQ=255)
             ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt                       <  1:1875968‑M1/35‑14 (MQ=255)
             ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt                       <  1:7028852‑M1/35‑14 (MQ=255)
             ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt                       <  1:2079480‑M1/35‑14 (MQ=255)
             ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt                       >  1:6188812‑M1/1‑22 (MQ=255)
             ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatt                       <  1:5362141‑M1/35‑14 (MQ=255)
              tgtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacattt                      <  1:4310290‑M1/35‑15 (MQ=255)
              tgtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacattt                      >  1:5697568‑M1/1‑21 (MQ=255)
               gtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacattta                     >  1:6744358‑M1/1‑20 (MQ=255)
               gtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacattta                     <  1:221817‑M1/35‑16 (MQ=255)
                tgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttag                    >  1:2065634‑M1/1‑19 (MQ=255)
                 gCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagt                   <  1:766835‑M1/35‑18 (MQ=255)
                 gCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagt                   <  1:213345‑M1/35‑18 (MQ=255)
                 gCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagt                   <  1:6436945‑M1/35‑18 (MQ=255)
                  ccTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtt                  <  1:5645160‑M1/35‑19 (MQ=255)
                    tGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttg                >  1:1557028‑M1/1‑15 (MQ=255)
                    tGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttg                <  1:91533‑M1/35‑21 (MQ=255)
                    tGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttg                <  1:91534‑M1/35‑21 (MQ=255)
                    tGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttg                <  1:2611035‑M1/35‑21 (MQ=255)
                     gTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttgg               <  1:23187‑M1/35‑22 (MQ=255)
                      ttAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggc              <  1:814630‑M1/35‑23 (MQ=255)
                      ttAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggc              <  1:6751302‑M1/35‑23 (MQ=255)
                       tAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggct             <  1:7306834‑M1/35‑24 (MQ=255)
                        aGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta            >  1:906397‑M1/1‑11 (MQ=255)
                        aGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta            >  1:2404032‑M1/1‑11 (MQ=255)
                        aGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta            <  1:6798011‑M1/35‑25 (MQ=255)
                        aGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta            >  1:1822952‑M1/1‑11 (MQ=255)
                        aGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta            >  1:3811920‑M1/1‑11 (MQ=255)
                        aGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggcta            <  1:6721942‑M1/35‑25 (MQ=255)
                         gggAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaa           <  1:4627188‑M1/35‑26 (MQ=255)
                         gggAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaa           <  1:7254612‑M1/35‑26 (MQ=255)
                         gggAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaa           >  1:4150967‑M1/1‑10 (MQ=255)
                         gggAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaa           >  1:6325466‑M1/1‑10 (MQ=255)
                           gAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaat         >  1:464784‑M1/1‑8 (MQ=255)
                            aaGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg        >  1:1264829‑M1/1‑7 (MQ=255)
                            aaGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg        >  1:6297505‑M1/1‑7 (MQ=255)
                            aaGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg        <  1:4987403‑M1/35‑29 (MQ=255)
                            aaGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg        <  1:4062523‑M1/35‑29 (MQ=255)
                            aaGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg        <  1:3882335‑M1/35‑29 (MQ=255)
                             aGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgt       <  1:4567246‑M1/35‑30 (MQ=255)
                             aGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgt       <  1:5632597‑M1/35‑30 (MQ=255)
                             aGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgt       >  1:5586838‑M1/1‑6 (MQ=255)
                              ggTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgta      <  1:7105350‑M1/35‑31 (MQ=255)
                              ggTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgta      >  1:5301915‑M1/1‑5 (MQ=255)
                               gTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaa     <  1:3092062‑M1/35‑32 (MQ=255)
                               gTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaa     >  1:2486932‑M1/1‑4 (MQ=255)
                               gTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaa     >  1:337512‑M1/1‑4 (MQ=255)
                               gTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaa     >  1:647874‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                tGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaa    <  1:6224496‑M1/35‑33 (MQ=255)
                                tGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaa    <  1:2523118‑M1/35‑33 (MQ=255)
                                tGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaa    <  1:1473443‑M1/35‑33 (MQ=255)
                                tGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaa    <  1:5443454‑M1/35‑33 (MQ=255)
                                tGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaa    <  1:2859558‑M1/35‑33 (MQ=255)
                                  ccttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaaga  <  1:4259432‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  ccttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaaga  <  1:4153938‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  ccttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaaga  >  1:5922380‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                  ccttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaaga  <  1:7713402‑M1/35‑35 (MQ=255)
                                  ccttaggtaacatttagtttggctaaatgtaaaga  >  1:4920837‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                  |                                  
TTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAG  >  NC_000913/687825‑687893

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑