| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,040,502 | Δ73,763 bp | [appX]–[mdtG] | 75 genes [appX], appA, etk, etp, gfcE, gfcD, gfcC, gfcB, gfcA, insA‑4, insB‑4, cspH, cspG, ymcF, ymcE, gnsA, yccM, torS, torT, torR, torC, torA, torD, cbpM, cbpA, yccE, agp, yccJ, wrbA, ymdF, rutG, rutF, rutE, rutD, rutC, rutB, rutA, rutR, putA, ymdG, putP, efeU, efeO, efeB, phoH, pgaD, pgaC, pgaB, pgaA, dgcT, insF‑4, insE‑4, ymdE, ycdU, serX, ghrA, ycdX, ycdY, ycdZ, csgG, csgF, csgE, csgD, csgB, csgA, csgC, ymdA, ymdB, clsC, opgC, opgG, opgH, yceK, msyB, [mdtG] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1040502 | 1114264 | 73763 | 95 [0] | [0] 89 | [appX]–[mdtG] | [appX],appA,etk,etp,gfcE,gfcD,gfcC,gfcB,gfcA,insA‑4,insB‑4,cspH,cspG,ymcF,ymcE,gnsA,yccM,torS,torT,torR,torC,torA,torD,cbpM,cbpA,yccE,agp,yccJ,wrbA,ymdF,rutG,rutF,rutE,rutD,rutC,rutB,rutA,rutR,putA,ymdG,putP,efeU,efeO,efeB,phoH,pgaD,pgaC,pgaB,pgaA,dgcT,insF‑4,insE‑4,ymdE,ycdU,serX,ghrA,ycdX,ycdY,ycdZ,csgG,csgF,csgE,csgD,csgB,csgA,csgC,ymdA,ymdB,clsC,opgC,opgG,opgH,yceK,msyB,[mdtG] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040501 | 0 (0.000) | 84 (1.200) | 39/66 | 0.0 | 100% | coding (57/93 nt) | appX | small protein AppX |
| ? | NC_000913 | 1114265 = | 0 (0.000) | coding (1226/1227 nt) | mdtG | efflux pump MdtG | |||||
TCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAG > NC_000913/1114232‑1114299 | ggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCa > 1:7497892‑M2/34‑35 (MQ=255) gcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg < 1:7664565‑M2/3‑1 (MQ=255) gcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg < 1:5189887‑M2/3‑1 (MQ=255) cattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt < 1:4738654‑M2/4‑1 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt < 1:4490274‑M2/5‑1 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc > 1:5755800‑M2/30‑35 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc > 1:7003021‑M2/30‑35 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc < 1:3096033‑M2/6‑1 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc < 1:3649880‑M2/6‑1 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc < 1:1310490‑M2/6‑1 (MQ=255) tttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCg < 1:2600601‑M2/7‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa < 1:4465541‑M2/8‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa < 1:6181605‑M2/8‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa > 1:7435917‑M2/28‑35 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa < 1:3512083‑M2/8‑1 (MQ=255) ttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa > 1:3012465‑M2/28‑35 (MQ=255) tgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGAt > 1:644854‑M2/27‑35 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa > 1:5858070‑M2/26‑35 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:429328‑M2/10‑1 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:7594821‑M2/10‑1 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:1240691‑M2/10‑1 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:200886‑M2/10‑1 (MQ=255) gttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa > 1:2241145‑M2/26‑35 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacctttCAGTTCGATAc < 1:1150963‑M2/11‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:5448875‑M2/25‑35 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc < 1:3926735‑M2/11‑1 (MQ=255) ttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:2173080‑M2/25‑35 (MQ=255) tgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc < 1:6664323‑M2/12‑1 (MQ=255) tgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAcc < 1:3481270‑M2/12‑1 (MQ=255) gatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCt > 1:649383‑M2/23‑35 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTg < 1:2253309‑M2/14‑1 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTg > 1:7115204‑M2/22‑35 (MQ=255) atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTg > 1:6140195‑M2/22‑35 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 1:5697292‑M2/21‑35 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 1:3817296‑M2/21‑35 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 1:1607774‑M2/21‑35 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 1:6118805‑M2/21‑35 (MQ=255) gtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg < 1:3484290‑M2/16‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg < 1:2852699‑M2/17‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg < 1:5460531‑M2/17‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg < 1:4433196‑M2/17‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:7106023‑M2/19‑35 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:300077‑M2/19‑35 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg < 1:3009311‑M2/17‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg < 1:2150092‑M2/17‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:3500732‑M2/19‑35 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:4044782‑M2/17‑35 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:401798‑M2/17‑35 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:2114514‑M2/17‑35 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:6078696‑M2/17‑35 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:4683647‑M2/17‑35 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt < 1:7173258‑M2/20‑1 (MQ=255) cgctctcctcccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:470371‑M2/21‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:5849109‑M2/21‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:2771291‑M2/21‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:6274830‑M2/21‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:6966000‑M2/21‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt > 1:2369619‑M2/15‑35 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:763921‑M2/22‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:7875177‑M2/22‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:566889‑M2/22‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc < 1:4085451‑M2/22‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcg < 1:7370185‑M2/23‑1 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcga > 1:1397329‑M2/12‑35 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac < 1:3877276‑M2/25‑1 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac > 1:1932006‑M2/11‑35 (MQ=255) ctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgac < 1:1456028‑M2/25‑1 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacg > 1:7494857‑M2/10‑35 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacg > 1:6813228‑M2/10‑35 (MQ=255) ccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga < 1:1320433‑M2/27‑1 (MQ=255) ccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga > 1:4172871‑M2/9‑35 (MQ=255) ccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga < 1:3154302‑M2/27‑1 (MQ=255) ccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacga < 1:2410869‑M2/27‑1 (MQ=255) cacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:3110311‑M2/28‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:3042678‑M2/30‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:774664‑M2/30‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:3532546‑M2/30‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:1028527‑M2/30‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:4494856‑M2/30‑1 (MQ=255) cccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:4603301‑M2/30‑1 (MQ=255) cttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg < 1:5765713‑M2/32‑1 (MQ=255) cttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg < 1:1142622‑M2/32‑1 (MQ=255) cttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:7556781‑M2/4‑35 (MQ=255) ttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGt > 1:4397043‑M2/3‑35 (MQ=255) tCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTa < 1:5549564‑M2/34‑1 (MQ=255) tCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTa < 1:1313341‑M2/34‑1 (MQ=255) cAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg < 1:7384853/35‑1 (MQ=255) cAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg > 1:7707698/1‑35 (MQ=255) cAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg > 1:1131260/1‑35 (MQ=255) | TCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAG > NC_000913/1114232‑1114299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |