Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	NC_000913	1,223,090	Δ4 bp	coding (71‑74/174 nt)	ymgI ←	uncharacterized protein YmgI

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	1223090	1223093	4	71 [0]	[0] 65	ymgI	uncharacterized protein YmgI

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 1223089	0 (0.000)	56 (0.800)	19/66	0.9	100%	coding (75/174 nt)	ymgI	uncharacterized protein YmgI
	?	NC_000913	1223094 =	0 (0.000)					coding (70/174 nt)	ymgI	uncharacterized protein YmgI

GATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACG  >  NC_000913/1223079‑1223128                |                                   atcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGa                 >  1:1322301‑M2/16‑35 (MQ=255) atcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGa                 >  1:6098993‑M2/16‑35 (MQ=255) atcagataattcaaaGCGTGGCTGGGATGATAGGa                 >  1:1757663‑M2/16‑35 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                >  1:4724031‑M2/15‑35 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                <  1:1163172‑M2/21‑1 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                >  1:7293419‑M2/15‑35 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                >  1:4431885‑M2/15‑35 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                <  1:535161‑M2/21‑1 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                >  1:2109429‑M2/15‑35 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                >  1:4228867‑M2/15‑35 (MQ=255)  tcagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGaa                >  1:3499093‑M2/15‑35 (MQ=255)   cagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt               <  1:499972‑M2/22‑1 (MQ=255)   cagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt               <  1:3789439‑M2/22‑1 (MQ=255)   cagataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt               <  1:684722‑M2/22‑1 (MQ=255)    agataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAAtt              <  1:1027277‑M2/23‑1 (MQ=255)    agataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAAtt              <  1:2655770‑M2/23‑1 (MQ=255)    agataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAAtt              >  1:2296607‑M2/13‑35 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:3071650‑M2/24‑1 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:543449‑M2/24‑1 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:5232949‑M2/24‑1 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:3472222‑M2/24‑1 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:3472221‑M2/24‑1 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:3472155‑M2/24‑1 (MQ=255)     gataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa             <  1:6194133‑M2/24‑1 (MQ=255)      ataattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAt            <  1:7444659‑M2/25‑1 (MQ=255)       taattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg           >  1:2525828‑M2/10‑35 (MQ=255)       taattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg           >  1:720952‑M2/10‑35 (MQ=255)       taattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg           >  1:4011341‑M2/10‑35 (MQ=255)       taattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg           >  1:1842236‑M2/10‑35 (MQ=255)        aattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt          <  1:4670213‑M2/27‑1 (MQ=255)        aattcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt          <  1:4401517‑M2/27‑1 (MQ=255)         attcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtt         >  1:2873781‑M2/8‑35 (MQ=255)          ttcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt        <  1:484903‑M2/29‑1 (MQ=255)          ttcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt        <  1:2872815‑M2/29‑1 (MQ=255)          ttcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt        <  1:4179727‑M2/29‑1 (MQ=255)          ttcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt        <  1:4170254‑M2/29‑1 (MQ=255)          ttcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt        <  1:3970626‑M2/29‑1 (MQ=255)           tcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttt       <  1:4563477‑M2/30‑1 (MQ=255)           tcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttt       <  1:6086735‑M2/30‑1 (MQ=255)           tcaaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttt       >  1:6913812‑M2/6‑35 (MQ=255)            caaaGCGTGGGTGTGATGATAGGAATTATGttttt      <  1:6413468‑M2/31‑1 (MQ=255)            caaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt      >  1:7062281‑M2/5‑35 (MQ=255)            caaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt      >  1:972044‑M2/5‑35 (MQ=255)            caaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt      <  1:1390664‑M2/31‑1 (MQ=255)            caaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt      <  1:2362540‑M2/31‑1 (MQ=255)            caaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt      <  1:3377590‑M2/31‑1 (MQ=255)             aaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt     <  1:436814‑M2/32‑1 (MQ=255)             aaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt     >  1:5377645‑M2/4‑35 (MQ=255)             aaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt     >  1:5629380‑M2/4‑35 (MQ=255)             aaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt     >  1:3521376‑M2/4‑35 (MQ=255)             aaaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt     <  1:2498296‑M2/32‑1 (MQ=255)              aaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa    <  1:7664555‑M2/33‑1 (MQ=255)              aaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa    <  1:5486904‑M2/33‑1 (MQ=255)              aaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa    >  1:1328035‑M2/3‑35 (MQ=255)              aaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa    <  1:698134‑M2/33‑1 (MQ=255)              aaGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa    <  1:2796061‑M2/33‑1 (MQ=255)               aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc   <  1:4769941‑M2/34‑1 (MQ=255)               aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc   >  1:1088334‑M2/2‑35 (MQ=255)               aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc   >  1:6169481‑M2/2‑35 (MQ=255)               aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc   <  1:3803411‑M2/34‑1 (MQ=255)               aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc   >  1:3982856‑M2/2‑35 (MQ=255)                gCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACg  <  1:336881/35‑1 (MQ=255)                gCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACg  <  1:559423/35‑1 (MQ=255)                gCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACg  <  1:5231425/35‑1 (MQ=255)                gCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACg  <  1:1039566/35‑1 (MQ=255)                |                                   GATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACG  >  NC_000913/1223079‑1223128

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑