| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,197,137 | 25956 bp→CAGATAATTCAA | [ymfD]–[ymgI] | 42 genes [ymfD], ymfE, lit, intE, xisE, ymfH, ymfI, ymfJ, ymfK, ymfT, ymfL, ymfM, oweE, ymfN, aaaE, ymfR, beeE, jayE, ymfQ, ycfK, tfaP, tfaE, stfE, pinE, mcrA, icdC, iraM, ymgK, ymgL, ycgX, bluR, bluF, ycgZ, ymgA, ariR, ymgC, pdeG, ymgF, ycgH, ymgD, ymgG, [ymgI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1197137 | 1223092 | 25956 | 105 [0] | [0] 100 | [ymfD]–[ymgI] | [ymfD],ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,icdC,iraM,ymgK,ymgL,ycgX,bluR,bluF,ycgZ,ymgA,ariR,ymgC,pdeG,ymgF,ycgH,ymgD,ymgG,[ymgI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 0 (0.000) | 80 (1.280) +CAGATAATTCAA |
51/74 | 0.0 | 100% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 0 (0.000) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
GATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAAT > NC_000913/1223044‑1223142 | ctcctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaa < 1:4710632‑M2/1‑1 (MQ=255) tcctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAg > 1:6154771‑M2/49‑50 (MQ=255) ctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAg < 1:4906623‑M2/2‑1 (MQ=255) ctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGc < 1:1058647‑M2/3‑1 (MQ=255) ctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCg > 1:1271249‑M2/47‑50 (MQ=255) ctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCg < 1:5207414‑M2/4‑1 (MQ=255) ctgattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCg < 1:991193‑M2/4‑1 (MQ=255) gattttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTg > 1:4283721‑M2/45‑50 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGt < 1:3522543‑M2/5‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGt < 1:5728758‑M2/5‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGt < 1:3604212‑M2/5‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGt < 1:6382420‑M2/5‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTg < 1:88085‑M2/6‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTg < 1:3964760‑M2/6‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTg < 1:674984‑M2/6‑1 (MQ=255) attttagtaatctcttgatgctaagaacgatcagataattcaaAGCGTg < 1:4791378‑M2/6‑1 (MQ=255) ttttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGc > 1:4968125‑M2/43‑50 (MQ=255) tttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCt > 1:6339288‑M2/42‑50 (MQ=255) tttagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCt > 1:3029448‑M2/42‑50 (MQ=255) tagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCtgt > 1:4981964‑M2/40‑50 (MQ=255) tagtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCtgt > 1:3262274‑M2/40‑50 (MQ=255) agtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCtgt < 1:223109‑M2/11‑1 (MQ=255) agtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCtgt < 1:5795860‑M2/11‑1 (MQ=255) gtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCtgtg < 1:4337203‑M2/12‑1 (MQ=255) gtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtga > 1:542936‑M2/38‑50 (MQ=255) gtaatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtga < 1:6223955‑M2/13‑1 (MQ=255) taatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgat > 1:5246840‑M2/37‑50 (MQ=255) aatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgat > 1:4274565‑M2/36‑49 (MQ=255) aatctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgat > 1:1679042‑M2/36‑49 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga > 1:5806847‑M2/35‑50 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga < 1:3110062‑M2/16‑1 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga < 1:3767919‑M2/16‑1 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga < 1:2118253‑M2/16‑1 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga > 1:1678813‑M2/35‑50 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatg < 1:4886284‑M2/15‑1 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatg < 1:3078670‑M2/15‑1 (MQ=255) atctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatg < 1:228808‑M2/15‑1 (MQ=255) tctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga > 1:1450080‑M2/34‑49 (MQ=255) tctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga > 1:2924336‑M2/34‑49 (MQ=255) tctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga > 1:4707136‑M2/34‑49 (MQ=255) ctcttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGtgatga > 1:2509035‑M2/33‑48 (MQ=255) cttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAg > 1:6291627‑M2/31‑49 (MQ=255) ttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAg < 1:2835716‑M2/19‑1 (MQ=255) ttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAg < 1:805270‑M2/19‑1 (MQ=255) ttgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAg < 1:1817079‑M2/19‑1 (MQ=255) tgatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGaa > 1:3961494‑M2/29‑50 (MQ=255) gatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAgg < 1:2202152‑M2/20‑1 (MQ=255) gatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGa < 1:644841‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt > 1:2388752‑M2/28‑50 (MQ=255) gatgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt > 1:4094623‑M2/28‑50 (MQ=255) atgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAtt < 1:4094796‑M2/24‑1 (MQ=255) atgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt < 1:5635175‑M2/23‑1 (MQ=255) atgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAt > 1:3596411‑M2/27‑49 (MQ=255) tgctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa > 1:977478‑M2/26‑50 (MQ=255) gctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAt > 1:1641301‑M2/25‑50 (MQ=255) ctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAt < 1:4981985‑M2/26‑1 (MQ=255) ctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAt < 1:6194644‑M2/26‑1 (MQ=255) ctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTAt < 1:246770‑M2/26‑1 (MQ=255) ctaagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg < 1:37891‑M2/27‑1 (MQ=255) taagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt > 1:3143416‑M2/23‑50 (MQ=255) aagaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtt > 1:1586113‑M2/22‑50 (MQ=255) agaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt < 1:4511425‑M2/30‑1 (MQ=255) agaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt < 1:2856873‑M2/30‑1 (MQ=255) agaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttt > 1:4864450‑M2/21‑50 (MQ=255) gaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttt < 1:716719‑M2/31‑1 (MQ=255) gaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttt > 1:4861327‑M2/20‑50 (MQ=255) gaactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttt < 1:2110825‑M2/31‑1 (MQ=255) aactatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt < 1:6153998‑M2/32‑1 (MQ=255) actatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGCTAGGAATTATGttttt > 1:5132655‑M2/18‑49 (MQ=255) actatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt < 1:3536012‑M2/33‑1 (MQ=255) actatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtttttt < 1:2538841‑M2/33‑1 (MQ=255) actatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt > 1:762597‑M2/18‑49 (MQ=255) ctatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa > 1:3371060‑M2/17‑50 (MQ=255) ctatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa > 1:3717450‑M2/17‑50 (MQ=255) tatcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc > 1:970105‑M2/16‑50 (MQ=255) atcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACg > 1:1525135‑M2/15‑50 (MQ=255) tcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc < 1:2957071‑M2/35‑1 (MQ=255) tcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTAc < 1:5025907‑M2/35‑1 (MQ=255) tcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACg < 1:413842‑M2/36‑1 (MQ=255) tcagataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGt < 1:689571‑M2/37‑1 (MQ=255) agataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg < 1:5013457‑M2/38‑1 (MQ=255) agataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg > 1:3526055‑M2/12‑49 (MQ=255) gataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTATGTGaa > 1:1962837‑M2/11‑50 (MQ=255) gataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGaa < 1:4285212‑M2/40‑1 (MQ=255) gataattcaaAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGaa < 1:5082497‑M2/40‑1 (MQ=255) 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aAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGaataa > 1:274269‑M2/2‑50 (MQ=255) aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGaataat > 1:6150893/1‑50 (MQ=255) aGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGaataat > 1:4280006/1‑50 (MQ=255) | GATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAATGAGAATAAT > NC_000913/1223044‑1223142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |